என்ஜிஎஸ் வரிசைமுறையில் பெரிய டிஎன்ஏ துண்டு தேர்வு தொழில்நுட்பம் எப்படி

பெரிய டிஎன்ஏ துண்டு தேர்வு தொழில்நுட்பம் என்ஜிஎஸ் வரிசைமுறையில் முக்கிய பங்கு வகிக்கிறது, குறிப்பாக கட்டமைப்பு மாறுபாடு கண்டறிதலில், மரபணு சட்டசபை, மற்றும் ஹாப்லோடைப் பகுப்பாய்வு. அதன் முக்கிய பயன்பாடுகள் மற்றும் தொழில்நுட்ப கோட்பாடுகள் கீழே உள்ளன:：

ஐ. விண்ணப்ப காட்சிகள்

கட்டமைப்பு மாறுபாடு (எஸ்.வி) கண்டறிதல்

சவால்: வழக்கமான குறுகிய வாசிப்பு வரிசைமுறை (எ.கா., இல்லுமினா) மாறுபாடுகளைத் துல்லியமாகப் பிடிக்க போராடுகிறது >1 கேபி (செருகல்கள், நீக்குதல்கள், தலைகீழ், இடமாற்றங்கள்).

தீர்வு: பெரிய டிஎன்ஏ துண்டுகளைத் தேர்ந்தெடுப்பதன் மூலம் (10–50 கி.பி) நூலக கட்டுமானத்திற்காக, நீண்ட வாசிப்பு வரிசைமுறையுடன் இணைந்து (PacBio/Nanopore) அல்லது இணைக்கப்பட்ட படித்த பகுப்பாய்வு, மீண்டும் நிகழும் பகுதிகளில் உள்ள சிக்கலான SVகள் தீர்க்கப்படலாம்.

உதாரணம்: புற்றுநோய் மரபணுக்களில் இணைவு நிகழ்வுகள் (எ.கா., *ALK-EML4*) பெரும்பாலும் பெரிய துண்டு தரவு தேவைப்படுகிறது.

உயர்தர ஜீனோம் அசெம்பிளி

சவால்: குறுகிய வாசிப்பு தரவு அடிக்கடி மீண்டும் மீண்டும் பிராந்தியங்களில் சட்டசபை பிழைகள் வழிவகுக்கிறது, மரபணு சிதைவை ஏற்படுத்துகிறது.

தீர்வு: பெரிய துண்டுகள் (எ.கா., ஃபாஸ்மிட் நூலகங்கள்) நீண்ட தூர உடல் இணைப்பு வழங்கும், தொடர்ச்சியான சாரக்கட்டு சட்டசபையை செயல்படுத்துகிறது (5N50 இல் –10× முன்னேற்றம்).

உதாரணம்: T2T கூட்டமைப்பு இறுதிப் போட்டியை நிரப்பியது 8% Hi-C மற்றும் அல்ட்ரா-லாங்-ரீட் தொழில்நுட்பங்களைப் பயன்படுத்தி மனித குறிப்பு மரபணுவில் இடைவெளி.

ஹாப்லோடைப் ஃபேசிங்

சவால்: குறுகிய வாசிப்பு வரிசைமுறையானது ஹெட்டோரோசைகஸ் தளங்களில் அலெலிக் இணைப்பைப் பாதுகாக்கத் தவறிவிட்டது.

தீர்வு: பார்கோடு அடிப்படையிலான தொழில்நுட்பங்கள் (எ.கா., 10எக்ஸ் ஜெனோமிக்ஸ்) நூற்றுக்கணக்கான கேபி அளவிலான ஹாப்லோடைப் தொகுதிகளை மறுகட்டமைக்கவும்.

மதிப்பு: HLA தட்டச்சு செய்வதற்கும் நோயை உண்டாக்கும் மரபணு இணைப்புகளை அடையாளம் காண்பதற்கும் முக்கியமானதாகும்.

II. முக்கிய தேர்வு தொழில்நுட்பங்கள்

1. உடல் பிரிப்பு முறைகள்

பல்ஸ் ஃபீல்ட் ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் (PFGE): துண்டுகளை பிரிக்கிறது >50 மெட்டஜெனோமிக் அல்லது சிக்கலான மாதிரி திரையிடலுக்கான kb.

காந்த மணி தேர்வு (SPRIதேர்வு): குறிப்பிட்ட துண்டு அளவுகளை மீட்டெடுக்கிறது (எ.கா., 0.1-10 kb அல்லது >15 கேபி) மணி-க்கு-மாதிரி விகிதங்களை சரிசெய்வதன் மூலம்.

2. பார்கோடு அடிப்படையிலான செறிவூட்டல்

10X ஜெனோமிக்ஸ் குரோமியம்: டிஎன்ஏ துண்டுகளை எண்ணெய் துளிகளில் இணைக்கிறது, பார்கோடுகளுடன் அதே பெரிய துண்டிலிருந்து குறுகிய வாசிப்புகளை லேபிளிடுதல்.

TELL-Seq/Linked-Reads: இல் மெய்நிகர் நீண்ட-துண்டு புனரமைப்புக்கு மைக்ரோஃப்ளூய்டிக்ஸ் பயன்படுத்துகிறது 50% 10X ஐ விட குறைந்த விலை.

3. சுற்றறிக்கை அடிப்படையிலான பெருக்கம்

லூப் ஜெனோமிக்ஸ்: டிஎன்ஏ துண்டுகள் உருளும் வட்டம் பிரதியெடுப்பு மூலம் வட்டமாக்கப்பட்டு பெருக்கப்படுகின்றன, நிலையான NGS இயங்குதளங்களுக்கான இயற்பியல் அருகாமையைப் பாதுகாத்தல்.

III. நன்மைகள் எதிராக. வழக்கமான முறைகள்

IV. சவால்கள் மற்றும் மேம்படுத்தல்

உயர் DNA தரம் தேவை: அப்படியே டிஎன்ஏ தேவை (DV200 >50%), குறைந்த சேதம் பிரித்தெடுக்கும் கருவிகளை உருவாக்குவதற்கு FFPE மாதிரிகளுடன் இணங்கவில்லை.

செலவு கட்டுப்பாடு: ஹைப்ரிட் உத்திகளுக்கு நீண்ட வாசிப்பு வரிசைமுறை விலை உயர்ந்ததாகவே உள்ளது (எ.கா., இணைக்கப்பட்ட-வாசிப்புகள் மற்றும் இல்லுமினா) செலவுகளை குறைக்க.

உயிர் தகவலியல் மேம்படுத்தல்கள்: சிறப்பு கருவிகள் தேவை (எ.கா., சட்டசபைக்கான கானு, கட்டமைக்க HapCUT2).

வி. பிரதிநிதித்துவ விண்ணப்பங்கள்

கோவிட்-19 ட்ரேசிங்: நானோபோர் வரிசைமுறை மற்றும் காந்த மணி தேர்வு (>20 kb துண்டுகள்) விரைவாக தீர்க்கப்பட்ட SARS-CoV-2 மரபணுக்கள் மற்றும் மறுசீரமைப்பு நிகழ்வுகள்.

மரபணு நோய் கண்டறிதல்: 10X ஜெனோமிக்ஸ் SMN1 எக்ஸானைக் கண்டறிந்தது 7 நீக்குதல்கள், SMN2 இலிருந்து குறுக்கீட்டைத் தவிர்க்கிறது.

தாவர மரபியல்: பார்லி மரபணு சட்டசபையில், BAC நூலகங்கள் (40-100 கி.பி) Contig N50 ஆக அதிகரித்துள்ளது 486 கேபி.

முடிவுரை

பெரிய டிஎன்ஏ துண்டு தேர்வு நீண்ட தூர மரபணு சூழலை வழங்குவதன் மூலம் குறுகிய-வாசிப்பு என்ஜிஎஸ் வரம்புகளை மீறுகிறது. பார்கோடிங்கில் முன்னேற்றத்துடன் (எ.கா., TELL-Seq) மற்றும் உள்ளூர்மயமாக்கப்பட்ட தளங்கள் (எ.கா., எம்ஜிஐ கூல்எம்பிஎஸ்), இந்த தொழில்நுட்பம் மருத்துவ நோயறிதலில் பயன்பாடுகளை துரிதப்படுத்தும், பரிணாம ஆய்வுகள், மற்றும் துல்லியமான இனப்பெருக்கம்.

சப்ளையர்

ஷாங்காய் லிங்ஜுன் பயோடெக்னாலஜி கோ., லிமிடெட்இல் நிறுவப்பட்டது 2016 உயிர் காந்த பொருட்கள் மற்றும் நியூக்ளிக் அமிலம் பிரித்தெடுக்கும் உலைகளின் தொழில்முறை உற்பத்தியாளர்.

நியூக்ளிக் அமிலம் பிரித்தெடுத்தல் மற்றும் சுத்திகரிப்பு ஆகியவற்றில் எங்களுக்கு சிறந்த அனுபவம் உள்ளது, புரத சுத்திகரிப்பு, செல் பிரிப்பு, இரசாயன ஒளிர்வு, மற்றும் பிற தொழில்நுட்ப துறைகள்.

எங்கள் தயாரிப்புகள் பல துறைகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன, மருத்துவ பரிசோதனை போன்றவை, மரபணு சோதனை, பல்கலைக்கழக ஆராய்ச்சி, மரபணு இனப்பெருக்கம், மற்றும் பல. நாங்கள் தயாரிப்புகளை வழங்குவது மட்டுமல்லாமல் OEM ஐயும் மேற்கொள்ள முடியும், ODM, மற்றும் பிற தேவைகள். உங்களுக்கு தொடர்புடைய தேவை இருந்தால், தயவு செய்து எங்களை தொடர்பு கொள்ளவும் .