এনজিএস সিকোয়েন্সিং-এ কীভাবে বড় ডিএনএ ফ্র্যাগমেন্ট নির্বাচন প্রযুক্তি

বড় ডিএনএ খণ্ড নির্বাচন প্রযুক্তি এনজিএস সিকোয়েন্সিংয়ে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে, বিশেষ করে কাঠামোগত বৈকল্পিক সনাক্তকরণে, জিনোম সমাবেশ, এবং হ্যাপ্লোটাইপ বিশ্লেষণ. নীচে এর মূল অ্যাপ্লিকেশন এবং প্রযুক্তিগত নীতিগুলি রয়েছে৷:：

আমি. অ্যাপ্লিকেশন দৃশ্যকল্প

কাঠামোগত বৈকল্পিক (এসভি) সনাক্তকরণ

চ্যালেঞ্জ: প্রচলিত শর্ট-রিড সিকোয়েন্সিং (যেমন, ইলুমিনা) সঠিকভাবে বৈকল্পিক ক্যাপচার সংগ্রাম >1 কেবি (সন্নিবেশ, মুছে ফেলা, বিপরীত, স্থানান্তর).

সমাধান: বড় ডিএনএ টুকরা নির্বাচন করে (10-50 কেবি) গ্রন্থাগার নির্মাণের জন্য, দীর্ঘ-পঠিত সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত (PacBio/Nanopore) অথবা লিঙ্ক-পঠিত বিশ্লেষণ, পুনরাবৃত্তিমূলক অঞ্চলে বিস্তৃত জটিল এসভিগুলি সমাধান করা যেতে পারে.

উদাহরণ: ক্যান্সার জিনোমে ফিউশন ঘটনা (যেমন, *ALK-EML4*) প্রায়ই বড়-খণ্ডিত ডেটার প্রয়োজন হয়.

উচ্চ মানের জিনোম সমাবেশ

চ্যালেঞ্জ: সংক্ষিপ্ত-পঠিত ডেটা প্রায়ই পুনরাবৃত্তিমূলক অঞ্চলে সমাবেশ ত্রুটির দিকে পরিচালিত করে, জিনোম ফ্র্যাগমেন্টেশন ঘটাচ্ছে.

সমাধান: বড় টুকরা (যেমন, ফসমিড লাইব্রেরি) দীর্ঘ পরিসীমা শারীরিক সংযোগ প্রদান, ক্রমাগত ভারা সমাবেশ সক্রিয় (5N50 এ -10× উন্নতি).

উদাহরণ: T2T কনসোর্টিয়াম ফাইনালটি পূরণ করেছে 8% হাই-সি এবং আল্ট্রা-লং-রিড প্রযুক্তি ব্যবহার করে মানব রেফারেন্স জিনোমের ফাঁক.

হ্যাপ্লোটাইপ ফেজিং

চ্যালেঞ্জ: স্বল্প-পঠিত সিকোয়েন্সিং হেটেরোজাইগাস সাইটগুলিতে অ্যালিলিক লিঙ্কেজ সংরক্ষণ করতে ব্যর্থ হয়.

সমাধান: বারকোড-ভিত্তিক প্রযুক্তি (যেমন, 10এক্স জিনোমিক্স) শত শত কেবি বিস্তৃত হ্যাপ্লোটাইপ ব্লক পুনর্গঠন.

মান: এইচএলএ টাইপিং এবং রোগ-সৃষ্টিকারী জিন সংযোগ সনাক্তকরণের জন্য গুরুত্বপূর্ণ.

২. কোর সিলেকশন টেকনোলজিস

1. শারীরিক বিচ্ছেদ পদ্ধতি

পালস ফিল্ড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস (পিএফজিই): খণ্ডগুলোকে আলাদা করে >50 মেটাজেনমিক বা জটিল নমুনা স্ক্রীনিংয়ের জন্য kb.

চৌম্বক গুটিকা নির্বাচন (SPRI নির্বাচন করুন): নির্দিষ্ট টুকরা আকার পুনরুদ্ধার করে (যেমন, 0.1-10 কেবি বা >15 কেবি) গুটিকা-থেকে-নমুনা অনুপাত সামঞ্জস্য করে.

2. বারকোড-ভিত্তিক সমৃদ্ধকরণ

10এক্স জিনোমিক্স ক্রোমিয়াম: তেলের ফোঁটায় ডিএনএ খণ্ডকে আবদ্ধ করে, বারকোড সহ একই বৃহৎ খণ্ড থেকে শর্ট রিড লেবেল করা.

TELL-Seq/লিঙ্কড-রিডস: ভার্চুয়াল লং-ফ্র্যাগমেন্ট পুনর্গঠনের জন্য মাইক্রোফ্লুইডিক্স ব্যবহার করে 50% 10X এর চেয়ে কম খরচ.

3. সার্কুলারাইজেশন-ভিত্তিক পরিবর্ধন

লুপ জিনোমিক্স: ঘূর্ণায়মান বৃত্তের প্রতিলিপির মাধ্যমে ডিএনএ খণ্ডগুলি বৃত্তাকার এবং প্রশস্ত করা হয়, স্ট্যান্ডার্ড এনজিএস প্ল্যাটফর্মের জন্য শারীরিক সংলগ্নতা সংরক্ষণ করা.

III. সুবিধা বনাম. প্রচলিত পদ্ধতি

IV. চ্যালেঞ্জ এবং অপ্টিমাইজেশান

উচ্চ ডিএনএ গুণমান প্রয়োজন: অক্ষত ডিএনএ প্রয়োজন (DV200 >50%), কম-ক্ষতি নিষ্কাশন কিটগুলির বিকাশের জন্য FFPE নমুনার সাথে বেমানান.

খরচ নিয়ন্ত্রণ: হাইব্রিড কৌশলগুলির জন্য দীর্ঘ-পঠিত সিকোয়েন্সিং ব্যয়বহুল (যেমন, লিঙ্কড-রিডস এবং ইলুমিনা) খরচ কমান.

বায়োইনফরমেটিক্স আপগ্রেড: বিশেষ সরঞ্জাম প্রয়োজন (যেমন, সমাবেশের জন্য ক্যানু, পর্যায়ক্রমে জন্য HapCUT2).

ভি. প্রতিনিধি অ্যাপ্লিকেশন

COVID-19 ট্রেসিং: ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং এবং ম্যাগনেটিক বিড নির্বাচন (>20 কেবি টুকরা) দ্রুত সমাধান করা SARS-CoV-2 জিনোম এবং পুনর্মিলন ঘটনা.

জেনেটিক রোগ নির্ণয়: 10এক্স জিনোমিক্স SMN1 এক্সন সনাক্ত করেছে 7 মুছে ফেলা, SMN2 থেকে হস্তক্ষেপ এড়ানো.

উদ্ভিদ জিনোমিক্স: বার্লি জিনোম সমাবেশে, বিএসি লাইব্রেরি (40-100 কেবি) Contig N50 থেকে বৃদ্ধি পেয়েছে 486 কেবি.

উপসংহার

বৃহৎ ডিএনএ খণ্ড নির্বাচন দীর্ঘ-সীমার জিনোমিক প্রসঙ্গ প্রদান করে স্বল্প-পঠিত এনজিএস-এর সীমাবদ্ধতাকে অতিক্রম করে. বারকোডিং অগ্রগতি সঙ্গে (যেমন, TELL-Seq) এবং স্থানীয় প্ল্যাটফর্ম (যেমন, এমজিআই কুলএমপিএস), এই প্রযুক্তি ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিকসে অ্যাপ্লিকেশনগুলিকে ত্বরান্বিত করবে, বিবর্তনীয় গবেষণা, এবং নির্ভুল প্রজনন.

সরবরাহকারী

সাংহাই লিংজুন বায়োটেকনোলজি কো., লিমিটেডসালে প্রতিষ্ঠিত হয় 2016 যা বায়োম্যাগনেটিক উপকরণ এবং নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন বিকারকগুলির একটি পেশাদার প্রস্তুতকারক.

আমাদের নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন এবং পরিশোধন সমৃদ্ধ অভিজ্ঞতা আছে, প্রোটিন পরিশোধন, কোষ বিচ্ছেদ, কেমিলুমিনেসেন্স, এবং অন্যান্য প্রযুক্তিগত ক্ষেত্র.

আমাদের পণ্য ব্যাপকভাবে অনেক ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়, যেমন মেডিকেল টেস্টিং, জেনেটিক পরীক্ষা, বিশ্ববিদ্যালয় গবেষণা, জেনেটিক প্রজনন, এবং তাই. আমরা কেবল পণ্য সরবরাহ করি না তবে OEM গ্রহণ করতে পারি, ওডিএম, এবং অন্যান্য প্রয়োজন. আপনি যদি একটি সম্পর্কিত প্রয়োজন আছে, আমাদের সাথে যোগাযোগ বিনা দ্বিধায় দয়া করে .