Mengapa pengenalan PCR memerlukan templat DNA berkualiti tinggi?

Kaedah manik magnet untuk mendapatkan templat DNA berkualiti tinggi daripada tisu tumbuhan adalah penting untuk pengenalpastian PCR seterusnya dan boleh dianggap sebagai asas kejayaan pengenalpastian molekul. Kepentingannya ditunjukkan terutamanya dalam aspek berikut:

1.Penyingkiran berkesan perencat PCR. 

Tisu tumbuhan kaya dengan polisakarida, polifenol, pigmen, asid tannik, dan metabolit sekunder, yang diketahui sebagai perencat PCR yang kuat. Kaedah manik magnet menghilangkan kekotoran ini dengan cekap melalui mekanisme berikut: pengikatan terpilih: di bawah keadaan penampan tertentu, manik magnet secara khusus mengikat DNA, manakala perencat kekal dalam supernatan dan dibuang.

Pencucian yang cekap: Melalui beberapa kali cucian, sisa perencat yang terjerap pada manik magnet boleh dikeluarkan sepenuhnya.

Kepentingan: Penyingkiran perencat yang tidak lengkap akan menyekat aktiviti polimerase DNA Taq dengan teruk, membawa kepada kegagalan PCR (negatif palsu), hasil produk yang rendah, jalur lemah atau tidak spesifik, dan keputusan yang sama sekali tidak boleh dipercayai.

2.Mendapatkan ketulenan tinggi dan DNA utuh Ketulenan tinggi:

 Nisbah A260/A280 DNA yang diperoleh dengan kaedah manik magnet biasanya hampir dengan 1.8, dan nisbah A260/A230 lebih besar daripada 2.0, menunjukkan sisa minimum protein, ion garam, dan pelarut organik. DNA ketulenan tinggi adalah prasyarat untuk menjalankan tindak balas enzim yang cekap (cth., PCR).

Integriti sederhana: Untuk pengenalan PCR (biasanya serpihan amplifikasi <3 kb), panjang serpihan DNA (biasanya> 20 kb) yang disediakan oleh kaedah manik magnet memenuhi sepenuhnya keperluan, sambil mengelakkan variasi kelompok yang disebabkan oleh pemotongan mekanikal rantai DNA yang panjang.

3.Peningkatan kestabilan dan kebolehulangan tindak balas PCR:

Kaedah manik magnet mempamerkan automasi yang tinggi, kesilapan operasi manusia yang minimum, dan kualiti DNA yang konsisten merentas kumpulan yang berbeza.

Ketepatan kuantitatif: DNA ketulenan tinggi boleh dikira dengan tepat menggunakan spektrofotometer atau fluorometer. Ini membolehkan penambahan kuantiti templat DNA yang tepat dan konsisten semasa persediaan tindak balas PCR, yang penting untuk mendapatkan keputusan PCR yang boleh dihasilkan semula dan boleh dipercayai. Jika DNA mengandungi kekotoran, nilai penyerapannya akan menjadi tidak tepat, membawa kepada penambahan templat yang tidak betul.

4.Sesuai untuk pemprosesan tinggi dan automatik

Untuk tugas pengenalpastian yang memerlukan pemprosesan volum sampel yang besar (cth., pemeriksaan plasma nutfah, pengesanan transgenik), kaedah manik magnet dengan cekap boleh mencapai pengekstrakan pemprosesan tinggi dalam plat 96-telaga dan serasi dengan stesen kerja pengendalian cecair automatik.

Kepentingan dicerminkan dalam kecekapan dan tahap penyeragaman kerja penilaian telah dipertingkatkan dengan ketara pada premis untuk memastikan kualiti yang tinggi..

5.Meningkatkan sensitiviti dan kekhususan PCR Kepekaan tinggi:

Templat DNA berkualiti tinggi membenarkan faktor pencairan yang lebih tinggi, dengan itu mengurangkan kepekatan perencat sisa dan membolehkan pengesanan jumlah surih DNA sasaran dalam beberapa kes.

Kekhususan yang tinggi: Templat tulen dan kepekatan yang tepat memudahkan pengoptimuman keadaan PCR, membolehkan primer mengikat secara khusus pada templat, dengan itu mengurangkan penguatan tidak spesifik dan pembentukan dimer primer, menghasilkan jalur amplifikasi yang jelas dan tunggal.

6.Perbandingan kelebihan dengan kaedah tradisional:

Berbanding kaedah CTAB dan SDS konvensional, kaedah manik magnet menunjukkan kelebihan yang ketara dari segi kelajuan, keselamatan (mengelakkan reagen organik yang berbahaya), kesederhanaan operasi, keserasian automasi, dan kecekapan penyingkiran perencat. Ia amat sesuai untuk sampel tumbuhan yang mencabar dengan kandungan polisakarida dan polifenol yang tinggi (cth., daun teh, jarum pain, strawberi, ubi, dll.).

Ringkasan: Kepentingan teras untuk mendapatkan DNA genomik tumbuhan berkualiti tinggi melalui kaedah manik magnet untuk pengecaman PCR terletak pada rantai berikut: DNA berkualiti tinggi (kaedah manik magnetik) → ketulenan tinggi/bebas perencat → kuantifikasi templat yang tepat + persekitaran aktiviti enzim optimum → cekap, stabil, dan tindak balas PCR boleh dihasilkan semula → tepat, boleh dipercayai, dan keputusan pengenalan yang boleh dipercayai.

7.Kes Eksperimen

Pengekstrakan DNA genomik telah dilakukan menggunakan reagen pengekstrakan DNA genomik tisu tumbuhan syarikat kami (kaedah manik magnetik) pada beberapa sampel tisu muda segar. Hasilnya adalah seperti berikut:

Tidak.	Sampel	Pengambilan	A260/A280	A260/A230	Conc.(ng/μL)
1	Bok Choy	5mg	1.956	2.035	359.9
2	Bawang besar		1.922	2.108	305.9
3	Bayam		1.95	1.894	495.85
4	Hijau Shanghai		1.979	2.069	658.7
5	Brassica rapa		1.924	1.973	318.8
6	jintan		1.975	2.152	756.3
7	selada		1.896	1.84	122.55

Gambar rajah elektroforesis adalah seperti berikut:

Oleh itu, sebelum menjalankan pengenalpastian molekul tumbuhan (cth., genotaip, pengenalan spesies, pengesanan transgenik, pengesanan patogen), mengoptimumkan dan menggunakan kaedah yang boleh dipercayai seperti teknologi manik magnetik untuk mendapatkan DNA genomik berkualiti tinggi mewakili pelaburan kritikal yang menghasilkan dua kali ganda hasil dengan separuh usaha, secara langsung menentukan kejayaan atau kegagalan keseluruhan projek pengenalan. Dalam amalan, untuk sampel dengan kegagalan PCR berulang, kualiti templat DNA hendaklah dinilai semula dan disucikan dahulu.

Pembekal

Shanghai Lingjun Biotechnology Co., Ltd.ditubuhkan pada 2016 yang merupakan pengilang profesional bahan biomagnet dan reagen pengekstrakan asid nukleik.

Kami mempunyai pengalaman yang kaya dalam pengekstrakan dan penulenan asid nukleik, penulenan protein, pemisahan sel, chemiluminescence, dan bidang teknikal yang lain.

Produk kami digunakan secara meluas dalam pelbagai bidang, seperti ujian perubatan, ujian genetik, penyelidikan universiti, pembiakan genetik, dan seterusnya. Kami bukan sahaja menyediakan produk tetapi juga boleh menjalankan OEM, ODM, dan keperluan lain. Jika anda mempunyai keperluan yang berkaitan, sila hubungi kami .