Ottimizzazione dell'H. pylori con estrazione magnetica del DNA

Introduzione

Estrazione dell'acido nucleico a base di perline magnetiche è attualmente la tecnologia tradizionale e gold standard che svolge un ruolo cruciale nella rilevazione molecolare dell'Helicobacter pylori (H. pylori). Oggi, esploreremo in dettaglio l'applicazione, protocolli specifici, e le prospettive future della tecnologia di estrazione degli acidi nucleici basata su sfere magnetiche nei test degli acidi nucleici dell'Helicobacter pylori.

1. Applicazione: Perché il metodo della perla magnetica è particolarmente adatto per H. pylori Test dell'acido nucleico?

Campioni per H. pylori include tipicamente il tessuto della mucosa gastrica (biopsia), sgabello, saliva, o placca dentale. Questi campioni hanno una composizione complessa, contenente grandi quantità di cellule ospiti, muco, detriti alimentari, acidi biliari, e vari inibitori della PCR.

Perciò, L'estrazione efficiente e pura dell'acido nucleico è fondamentale per garantire l'accuratezza dei successivi test sugli acidi nucleici (come qPCR, PCR digitale, e sequenziamento).

1.1 Il metodo delle perle magnetiche offre vantaggi significativi in ​​questo contesto

• Elevata purezza e resa: Le sfere magnetiche assorbono efficacemente gli acidi nucleici e rimuovono le impurità come le proteine, polisaccaridi, e lipidi attraverso molteplici fasi di lavaggio. Sono particolarmente efficaci nell'eliminare gli inibitori della PCR in campioni gastrointestinali complessi, migliorando notevolmente la sensibilità e la specificità del rilevamento.
• Automazione e produttività elevata: Il metodo della perla magnetica è altamente suscettibile di automazione. Sono disponibili numerosi strumenti automatizzati per l'estrazione degli acidi nucleici in grado di elaborare dozzine o addirittura centinaia di campioni contemporaneamente, migliorando significativamente l’efficienza, riducendo l’errore umano, e soddisfare le esigenze di test clinici su larga scala e di screening epidemiologico.
• Sicurezza e semplicità: L'intero processo viene condotto in piastre a pozzo profondo sigillate, riducendo al minimo la contaminazione da aerosol e riducendo gli operatori’ esposizione a reagenti pericolosi, migliorando così la biosicurezza.
• Flessibilità: Il metodo è adatto a vari tipi di campioni, compreso il tessuto gastrico, sgabello, e campioni orali, con piccoli aggiustamenti al tampone di lisi e ai parametri operativi.
• Standardizzazione: I processi automatizzati garantiscono un’elevata standardizzazione, risultati affidabili, e facilitare i confronti tra laboratori e il controllo di qualità.

2. Protocollo: Flusso di lavoro di estrazione e rilevamento di acidi nucleici basato su sfere magnetiche per H. pylori

Quello che segue è un protocollo standard automatizzato basato su perline magnetiche per l'estrazione di H. DNA dei pilori (utilizzando campioni di tessuto gastrico o di feci come esempi):

2.1 Pretrattamento del campione

Tessuto della mucosa gastrica: Posizionare il tessuto bioptico in una provetta da centrifuga contenente PBS e omogeneizzare accuratamente utilizzando una smerigliatrice per tessuti.

Campione di feci: Sospendere una piccola somma (per esempio., 100–200mg) di campione di feci in una soluzione specifica per la conservazione del campione o in un tampone PBS, vortice per mescolare, e centrifugare per raccogliere il surnatante.

2.2 Estrazione dell'acido nucleico (Utilizzando un sistema di estrazione automatizzata da 96 pozzetti)

Lisi: Prendere 200 μL del surnatante del campione trattato e aggiungerlo a un potente tampone di lisi contenente proteinasi K (per esempio., un sistema di sali denaturanti a base di guanidina HCl). Incubare a 60–70°C per 10–20 minuti per lisare completamente cellule e batteri, rilasciare acidi nucleici, e inattivare qualsiasi potenziale nucleasi.

Legame: Aggiungere il tampone legante e la sospensione di sferette magnetiche al lisato e mescolare. Sotto l'elevata forza ionica del sale denaturante, Il DNA viene adsorbito in modo specifico sulla superficie delle sfere magnetiche. Dopo aver incubato per diversi minuti, catturare i complessi di perline-DNA utilizzando un supporto magnetico e scartare il surnatante.

Lavaggio:

Tampone di lavaggio I: Tipicamente contiene alte concentrazioni di sale ed etanolo per rimuovere le proteine, lipidi, e altre impurità.

Tampone di lavaggio II: Solitamente contiene basse concentrazioni di sale ed etanolo per rimuovere sali e inibitori residui.

Dopo ogni fase di lavaggio, risospendere le sfere, catturarli, e scartare il liquido. Ripeti 2-3 volte.

Essiccazione: Dopo aver rimosso completamente il tampone di lavaggio, lasciare la provetta aperta a temperatura ambiente per alcuni minuti o applicare un calore moderato per consentire all'etanolo residuo di evaporare completamente, evitando interferenze con le successive reazioni PCR.

Eluizione: Aggiungere un tampone di eluizione a basso contenuto di sale o privo di sale (per esempio., Tampone Tris-EDTA o acqua sterile), risospendere le sfere, e incubare a 55–65°C per 5–10 minuti per dissociare il DNA dalle sfere. Finalmente, cattura le perline utilizzando un supporto magnetico, e il surnatante risultante contiene l'H. modello di DNA dei pylori.

2.3 Rilevazione dell'acido nucleico

Aggiungere il modello di DNA estratto a una PCR quantitativa in tempo reale (qPCR) sistema di reazione.

Geni bersaglio: Geni conservati altamente specifici comunemente selezionati di H. pylori includono:

• Gene dell'ureasi A (urea): Più comunemente usato, con specificità estremamente elevata.
• 16Gene SrRNA: Altamente conservato, adatto per l'identificazione a livello di genere.
• gene cagA: Un gene di virulenza utilizzato per distinguere i ceppi ad alta virulenza.

Reazione: Eseguire l'amplificazione in uno strumento qPCR e monitorare il segnale di fluorescenza per determinare i risultati. I campioni positivi mostreranno una caratteristica curva di amplificazione a forma di S.

Controllo qualità

Controllo interno (CIRCUITO INTEGRATO): Aggiunto all'inizio dell'estrazione per monitorare il successo dell'intero processo ed evitare falsi negativi.

Controlli positivi e negativi: Incluso in ogni esperimento per garantire l'efficacia dell'estrazione e dei reagenti PCR.

3. Prospettive e direzioni future

Le prospettive per la tecnologia di estrazione degli acidi nucleici basata su perline magnetiche in H. pylori sono vasti e si svilupperanno nelle seguenti direzioni:

• Completamente integrato “Prova, Risultato fuori” Sistemi: Le tendenze future riguardano l’integrazione dell’estrazione dell’acido nucleico, amplificazione, e rilevamento in un singolo chip o cartuccia microfluidica. Gli utenti devono solo aggiungere il campione, e lo strumento completa automaticamente l'intero processo e genera un report. Ciò semplificherà notevolmente le operazioni, ridurre il tempo di rilevamento (potenzialmente all'interno 1 ora), e lo rendono altamente adatto per gli ambulatori, ospedali di cure primarie, e anche per uso domestico.
• Rilevazione multiplex e analisi dei geni di resistenza ai farmaci: Gli acidi nucleici di alta qualità estratti tramite il metodo delle sfere magnetiche supportano i test qPCR multiplex. Una singola reazione non solo può determinare H. pylori ma rilevano anche più geni di resistenza ai farmaci (per esempio., Mutazione della resistenza alla claritromicina 23S rRNA, Mutazione gyrA della resistenza alla levofloxacina), integrare la diagnosi molecolare e i test di sensibilità ai farmaci per fornire una guida diretta per un trattamento clinico preciso.
• Metagenomica e tipizzazione dei ceppi: L'estrazione del DNA di alta qualità è un prerequisito per il sequenziamento metagenomico (mNGS). Il metodo della perla magnetica può fornire modelli di alta qualità per mNGS, consentendo la ricerca su H. pylori diversità del microbiota, relazioni evolutive, e interazioni con altri microrganismi nel microambiente dell'infezione, avanzando così studi meccanicistici più profondi.
• Divulgazione dei test non invasivi: Basato su sgabello H. pylori test del DNA (test dell'antigene nelle feci, SAB) è un ottimo metodo non invasivo. La maturazione dell’estrazione automatizzata basata su sfere magnetiche renderà possibile lo screening delle feci su larga scala, adatto ai bambini, soggetti intolleranti all'endoscopia, e monitoraggio dell’efficacia post-trattamento.
• Ottimizzazione tecnologica continua: Perline magnetiche, formulazioni tampone, e i progetti degli strumenti continueranno a essere ottimizzati per ottenere risultati più rapidi (accorciamento verso l'interno 20 minuti), più conveniente (riducendo i costi per test), e più verde (utilizzando reagenti più rispettosi dell’ambiente) estrazione di acidi nucleici di elevata purezza.

4. Raccomandazione del prodotto

Shanghai Lingjun Biotecnologia Co., Ltd. offre vari modelli di sfere magnetiche a base di silice ampiamente utilizzate nella diagnostica delle malattie patogene, in particolare il 160013 perline magnetiche, che sono adatti per l'estrazione dell'acido nucleico dell'Helicobacter pylori. IL 160013 le sfere magnetiche forniscono una sensibilità di rilevamento estremamente elevata, consentendo uno screening precoce durante l’infezione e tempo prezioso per il controllo e la prevenzione delle malattie.

【Specifiche del prodotto】

Codice prodotto: 160013

Contenuto solido: 50 mg/ml

Confezione: 2 ml / 10 ml / 50 ml / 500 ml / 1000 ml

【Parametri del prodotto】

Gruppo attivo: Si-OH

Matrice di perline magnetiche: Biossido di silicio

Dimensione media delle particelle: 1.2 µm

Forza di saturazione magnetica: 65 ± 5 emù/g

【Vantaggi del prodotto】

Alto tasso di assorbimento: Tasso di recupero massimo superato 95%.

Eccellente sospensione e forti proprietà magnetiche per un facile utilizzo.

Elevata purezza e sensibilità nell'estrazione degli acidi nucleici.

Processo di produzione maturo con eccellente coerenza lotto per lotto.

Conclusione

Tecnologia di estrazione degli acidi nucleici basata su perline magnetiche, con i vantaggi dell'automazione, rendimento elevato, elevata purezza, e alta sicurezza, è diventato il metodo gold standard per la preparazione degli acidi nucleici nella diagnostica molecolare dell'Helicobacter pylori. Non solo garantisce l’affidabilità degli attuali test qPCR, ma funge anche da base tecnologica chiave per avanzare rapidamente, preciso, e diagnosi non invasiva di H. infezione da pylori. Poiché le tecnologie molecolari continuano ad evolversi e integrarsi, l'applicazione dei metodi basati su sfere magnetiche in questo campo diventerà sempre più profonda e diffusa.

Fornitore

Shanghai Lingjun Biotecnologia Co., Ltd.è stato fondato nel 2016 che è un produttore professionale di materiali biomagnetici e reagenti per l'estrazione degli acidi nucleici.

Abbiamo una ricca esperienza nell'estrazione e purificazione degli acidi nucleici, purificazione delle proteine, separazione cellulare, chemiluminescenza, e altri campi tecnici.

I nostri prodotti sono ampiamente utilizzati in molti campi, come i test medici, test genetici, ricerca universitaria, allevamento genetico, e così via. Non solo forniamo prodotti, ma possiamo anche intraprendere l'OEM, ODM, e altre esigenze. Se hai un'esigenza correlata, non esitate a contattarci .