Menjelajahi Penerapan LnjnBio 22 Segmentasi Manik Magnetik Seri dalam Pemurnian

Pemilihan Ukuran Fragmen adalah langkah dasar yang penting dalam eksperimen biologi molekuler seperti persiapan perpustakaan pengurutan DNA dan kloning.

Tujuan utamanya adalah untuk mengisolasi fragmen DNA dalam rentang ukuran tertentu dari campuran fragmen dengan panjang berbeda-beda, mengaktifkan aplikasi hilir.

Prinsipnya terutama bertumpu pada perbedaan fisik, kimia, atau sifat listrik di antara molekul DNA dengan berbagai ukuran, memanfaatkan perbedaan ini untuk mencapai pemisahan dan penyaringan.

Pemurnian manik magnetik (Imobilisasi Reversibel Fase Padat, SPRI) saat ini merupakan metode yang paling banyak digunakan dan efisien, khususnya dalam pengurutan throughput tinggi (NGS) persiapan perpustakaan.

Prinsip:

Berdasarkan hubungan antara ukuran fragmen DNA dan efisiensi pengikatan manik magnetik.

Mengikat:

Tambahkan konsentrasi polietilen glikol tertentu (PASAK) dan garam (NaCl) ke dalam larutan fragmen DNA, kemudian masukkan manik-manik magnetik yang dimodifikasi permukaan. Di lingkungan yang tinggi garam, DNA mengalami dehidrasi dan memperlihatkan tulang punggung fosfatnya, menyerap secara reversibel ke permukaan manik melalui interaksi hidrofobik dan elektrostatik. Poin kuncinya adalah bahwa fragmen DNA yang lebih besar berikatan lebih mudah dan lebih awal dibandingkan fragmen yang lebih kecil.

Curah Hujan dan Pemisahan:

Tempatkan tabung reaksi pada dudukan magnet. Manik-manik magnetik (bersama dengan DNA yang terikat) akan menempel pada dinding tabung, meninggalkan larutan tidak terikat dan fragmen DNA kecil di supernatan.

Untuk pecahan berukuran besar:

Tambahkan konsentrasi PEG/larutan garam yang lebih rendah. Hanya fragmen DNA berukuran besar yang akan berikatan dengan manik magnet. Buang supernatannya (berisi fragmen pendek yang tidak diinginkan), mempertahankan manik-manik magnetik, dan mengelusi DNA untuk mendapatkan fragmen panjang.

Untuk fragmen pendek:

Pertama-tama tambahkan larutan PEG/garam konsentrasi sedang untuk mengikat sebagian besar DNA (termasuk fragmen panjang dan pendek) ke manik-manik magnetik. Buang supernatannya, yang sama sekali tidak memiliki DNA. Berikutnya, tambahkan PEG/buffer konsentrasi rendah atau larutan air. Fragmen DNA pendek akan terdisosiasi secara istimewa dari manik-manik magnetik. Tempatkan campuran kembali pada dudukan magnet. Pipet supernatan yang mengandung fragmen kecil target, membuang pecahan besar yang masih terikat pada manik-manik.

Investigasi Eksperimental:

Kami memilih manik-manik magnetik merek asing (10 mg/ml) dan R perusahaan kami&produk D: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), Dan 220022 (25 mg/ml) (Meja 1). Konten padat mereka distandarisasi menjadi 1.2 mg/ml pada konsentrasi garam tertentu dan persentase PEG. Mengikuti langkah-langkah pemurnian untuk pemilihan fragmen, putaran pertama pemurnian 0,6X dilakukan, dilanjutkan dengan pemurnian putaran kedua 0,2X pada supernatan dari putaran pertama. Hasilnya ditunjukkan pada Gambar 1.

Meja 1: Manik-manik magnetik dipilih untuk percobaan pemilihan fragmen

TIDAK.	1	2	3	4	5	6
Manik-manik	A	220011	220012	220021	220022	220022'

Catatan: 220022′ adalah kumpulan manik-manik magnet lainnya

Hasilnya menunjukkan pada putaran pertama pemurnian 0,6X, manik-manik A asing, 220011, 220021, 220022 dan 220022′ diurutkan di atas 500bp, ketika 220012 diurutkan hingga 400bp; dari putaran kedua pemisahan 0,2X, manik-manik A asing, 220021, 220022 dan 220022′ sebagian besar diurutkan 300-500bp, di antaranya 220011 memiliki sedikit residu karena fragmennya besar dan perlu dioptimalkan lebih lanjut, ketika 220012 perlu dioptimalkan lebih lanjut karena sensitivitasnya 220011 ke pH. penyortiran utama 300-500bp, di antaranya 220011 memiliki sedikit residu karena pita besar, mungkin karena 220011 lebih sensitif terhadap pH perlu lebih dioptimalkan, ketika 220012 karena putaran pertama pemulihan lebih tinggi dapat disesuaikan dengan tepat konsentrasi ion garam dan PEG atau menyesuaikan rasio volume penyortiran menjadi 0,55X + 0.2X untuk mencapai efek penyortiran yang sama.

Dari penelitian di atas, kita dapat melihat bahwa kita 220011, 220012, 220021 Dan 220022 memiliki potensi besar untuk menggantikan manik-manik magnetik asing.

Pemurnian manik magnetik memiliki keunggulan throughput yang tinggi, otomatisasi, kecepatan dan tidak ada reagen beracun (seperti etanol), sehingga dapat digunakan secara luas dalam pemurnian perpustakaan NGS, Pemurnian produk PCR, penyortiran cDNA dan sebagainya.

Kami memahami bahwa reproduksibilitas penelitian ilmiah bergantung pada stabilitas reagen yang tinggi. Setiap kumpulan manik-manik magnetik menjalani kontrol kualitas yang ketat untuk memastikan bahwa partikelnya seragam dan kinerjanya stabil, yang memastikan bahwa Anda dapat memperoleh hasil yang konsisten dan andal untuk setiap eksperimen. Produk kami banyak digunakan dalam berbagai skenario biologi molekuler seperti pembangunan perpustakaan NGS, pemurnian produk pencernaan, Penyortiran fragmen DNA, pemurnian cDNA, dll.. Mereka sangat diperlukan “serba bisa” di laboratorium Anda.

Pemasok

Shanghai Lingjun Bioteknologi Co., Ltd.didirikan pada 2016 yang merupakan produsen profesional bahan biomagnetik dan reagen ekstraksi asam nukleat.

Kami memiliki pengalaman yang kaya dalam ekstraksi dan pemurnian asam nukleat, pemurnian protein, pemisahan sel, kimialuminesensi, dan bidang teknis lainnya.

Produk kami banyak digunakan di berbagai bidang, misalnya tes kesehatan, pengujian genetik, penelitian universitas, pemuliaan genetik, dan sebagainya. Kami tidak hanya menyediakan produk tetapi juga dapat melakukan OEM, ODM, dan kebutuhan lainnya. Jika Anda memiliki kebutuhan terkait, jangan ragu untuk menghubungi kami .