Изучение применимости LnjnBio 22 Серия «Сегментация магнитных шариков при очистке»

Выбор размера фрагмента является важным основополагающим шагом в экспериментах по молекулярной биологии, таких как подготовка и клонирование библиотеки секвенирования ДНК..

Его основная цель — изолировать фрагменты ДНК определенного диапазона размеров из смеси фрагментов различной длины., включение последующих приложений.

Ее принцип основан прежде всего на различиях физических, химический, или электрические свойства молекул ДНК разного размера, использование этих различий для разделения и проверки.

Очистка магнитными шариками (Твердофазная обратимая иммобилизация, СПРИ) на данный момент является наиболее широко используемым и эффективным методом, особенно при высокопроизводительном секвенировании (НГС) подготовка библиотеки.

Принцип:

На основе взаимосвязи между размером фрагмента ДНК и эффективностью связывания магнитных шариков..

Связывание:

Добавьте определенную концентрацию полиэтиленгликоля (ПЭГ) и соль (NaCl) в раствор фрагмента ДНК, затем введите магнитные шарики с модифицированной поверхностью. В среде с высоким содержанием соли, ДНК обезвоживается и обнажает свой фосфатный остов, обратимо адсорбируется на поверхности шариков за счет гидрофобных и электростатических взаимодействий. Ключевым моментом является то, что более крупные фрагменты ДНК связываются легче и раньше, чем более мелкие фрагменты..

Осаждение и разделение:

Поместите реакционную пробирку на магнитную подставку.. Магнитные бусины (вместе со связанной ДНК) будет прилипать к стенке трубы, оставляя несвязанный раствор и небольшие фрагменты ДНК в супернатанте.

Для крупных фрагментов:

Добавьте более низкую концентрацию раствора ПЭГ/соли.. Только большие фрагменты ДНК будут связываться с магнитными шариками.. Выбросьте супернатант (содержащий нежелательные короткие фрагменты), сохранить магнитные бусины, и элюировать ДНК для получения длинных фрагментов.

Для коротких фрагментов:

Сначала добавьте раствор ПЭГ/соли средней концентрации, чтобы связать большую часть ДНК. (включая как длинные, так и короткие фрагменты) к магнитным бусинам. Выбросьте супернатант, который будет полностью лишен ДНК. Следующий, добавьте ПЭГ/буфер низкой концентрации или водный раствор. Короткие фрагменты ДНК будут преимущественно диссоциировать от магнитных шариков.. Поместите смесь обратно на магнитную подставку.. Отберите пипеткой супернатант, содержащий целевые небольшие фрагменты., выбросив крупные фрагменты, все еще связанные с бусинами.

Экспериментальное исследование:

Мы выбрали магнитные бусины иностранного бренда А. (10 мг/мл) и R нашей компании&Д-продукты: 220011 (50 мг/мл), 220012 (25 мг/мл), 220021 (50 мг/мл), и 220022 (25 мг/мл) (Стол 1). Их твердое содержание было стандартизировано до 1.2 мг/мл при определенных концентрациях соли и процентном содержании ПЭГ. После этапов очистки для отбора фрагментов, был проведен первый раунд 0,6-кратной очистки., с последующим вторым этапом 0,2-кратной очистки супернатанта из первого этапа.. Результаты показаны на рисунке. 1.

Стол 1: Магнитные шарики, выбранные для эксперимента по выбору фрагментов

Нет.	1	2	3	4	5	6
Бусы	А	220011	220012	220021	220022	220022'

Примечание: 220022′ еще одна партия магнитных бусин

Результаты показывают, что в первом раунде очистки 0,6X, зарубежные бусины, 220011, 220021, 220022 и 220022′ были отсортированы выше 500bp, пока 220012 был отсортирован до 400bp; со второго раунда разделения 0,2X, зарубежные бусины, 220021, 220022 и 220022′ в основном сортировались по 300-500bp, среди которых 220011 имел небольшой остаток из-за большого фрагмента и нуждался в дальнейшей оптимизации, пока 220012 требует дальнейшей оптимизации из-за чувствительности 220011 к pH. основная сортировка 300-500bp, из которых 220011 имеет небольшой остаток из-за больших полос, вероятно, из-за 220011 более чувствителен к pH, требует дальнейшей оптимизации, пока 220012 из-за того, что первый раунд восстановления выше, можно соответствующим образом отрегулировать концентрацию ионов соли и ПЭГ или отрегулировать соотношение объемов сортировки до 0,55X. + 0.2X для достижения того же эффекта сортировки.

Из приведенного выше исследования, мы видим, что наш 220011, 220012, 220021 и 220022 имеют большой потенциал для замены зарубежных магнитных бусин.

Очистка магнитными шариками имеет преимущества высокой производительности., автоматизация, быстрота и отсутствие токсичных реагентов (например, этанол), поэтому его можно широко использовать при очистке библиотеки NGS., Очистка ПЦР-продукта, сортировка кДНК и так далее..

Мы понимаем, что воспроизводимость научных исследований зависит от высокой стабильности реагентов.. Каждая партия магнитных шариков проходит строгий контроль качества, чтобы гарантировать однородность частиц и стабильность характеристик., что гарантирует получение последовательных и надежных результатов для каждого эксперимента.. Наши продукты широко используются в различных сценариях молекулярной биологии, таких как создание библиотек NGS., очистка продуктов пищеварения, сортировка фрагментов ДНК, очистка кДНК, и т. д.. Они незаменимы “универсалы” в вашей лаборатории.

Поставщик

Шанхайская биотехнологическая компания Линцзюнь., ОООбыл создан в 2016 который является профессиональным производителем биомагнитных материалов и реагентов для экстракции нуклеиновых кислот..

Мы имеем богатый опыт в экстракции и очистке нуклеиновых кислот., очистка белка, разделение клеток, хемилюминесценция, и другие технические области.

Наша продукция широко используется во многих областях., например, медицинское тестирование, генетическое тестирование, университетские исследования, генетическое разведение, и так далее. Мы не только поставляем продукцию, но и можем взять на себя OEM, ОДМ, и другие потребности. Если у вас есть соответствующая потребность, пожалуйста, не стесняйтесь обращаться к нам .