Esplorare l'applicabilità di LnjnBio 22 Segmentazione delle sfere magnetiche in serie nella purificazione

Selezione della dimensione del frammento è un passaggio fondamentale fondamentale negli esperimenti di biologia molecolare come la preparazione e la clonazione delle librerie di sequenziamento del DNA.

Il suo scopo principale è isolare frammenti di DNA entro un intervallo di dimensioni specifico da una miscela di frammenti di varia lunghezza, consentendo applicazioni a valle.

Il suo principio si basa principalmente sulle differenze fisiche, chimico, o proprietà elettriche tra molecole di DNA di varie dimensioni, sfruttando queste distinzioni per ottenere la separazione e lo screening.

Purificazione delle sfere magnetiche (Immobilizzazione reversibile in fase solida, SPRI) è attualmente il metodo più utilizzato ed efficiente, in particolare nel sequenziamento ad alto rendimento (NGS) preparazione della biblioteca.

Principio:

Basato sulla relazione tra la dimensione del frammento di DNA e l'efficienza di legame delle sfere magnetiche.

Legame:

Aggiungere una concentrazione specifica di polietilenglicole (PEG) e sale (NaCl) alla soluzione del frammento di DNA, quindi introdurre perline magnetiche modificate in superficie. In un ambiente ad alto contenuto di sale, Il DNA si disidrata ed espone la sua spina dorsale di fosfato, adsorbimento reversibile sulla superficie della perla tramite interazioni idrofobiche ed elettrostatiche. Il punto chiave è che i frammenti di DNA più grandi si legano più facilmente e prima rispetto ai frammenti più piccoli.

Precipitazioni e separazioni:

Posizionare la provetta di reazione su un supporto magnetico. Perline magnetiche (insieme al DNA legato) aderirà alla parete del tubo, lasciando la soluzione non legata e piccoli frammenti di DNA nel surnatante.

Per frammenti di grandi dimensioni:

Aggiungere una concentrazione inferiore di soluzione PEG/sale. Solo i frammenti di DNA di grandi dimensioni si legheranno alle sfere magnetiche. Scartare il surnatante (contenenti brevi frammenti indesiderati), conservare le sfere magnetiche, ed eluire il DNA per ottenere lunghi frammenti.

Per brevi frammenti:

Per prima cosa aggiungere una soluzione PEG/sale a media concentrazione per legare la maggior parte del DNA (compresi frammenti lunghi e brevi) alle perle magnetiche. Scartare il surnatante, che sarà completamente privo di DNA. Prossimo, aggiungere un PEG/tampone a bassa concentrazione o una soluzione acquosa. Brevi frammenti di DNA si dissoceranno preferenzialmente dalle biglie magnetiche. Riposiziona il composto sul supporto magnetico. Pipettare il surnatante contenente i piccoli frammenti target, scartando i grossi frammenti ancora legati alle perle.

Indagine sperimentale:

Abbiamo selezionato perline magnetiche del marchio straniero A (10 mg/ml) e R. della nostra azienda&prodotti D: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), E 220022 (25 mg/ml) (Tavolo 1). Il loro contenuto solido è stato standardizzato 1.2 mg/ml con concentrazioni saline e percentuali di PEG specifiche. Dopo le fasi di purificazione per la selezione dei frammenti, è stato eseguito un primo ciclo di purificazione 0,6X, seguito da un secondo ciclo di purificazione 0,2X sul surnatante del primo ciclo. I risultati sono mostrati nella Figura 1.

Tavolo 1: Perline magnetiche selezionate per l'esperimento di selezione dei frammenti

NO.	1	2	3	4	5	6
Perline	UN	220011	220012	220021	220022	220022’

Nota: 220022′ è un altro lotto di perline magnetiche

I risultati mostrano che nel primo ciclo di purificazione 0,6X, le perle A straniere, 220011, 220021, 220022 e 220022′ sono stati ordinati sopra i 500 bp, Mentre 220012 è stato ordinato fino a 400 bp; dal secondo ciclo di separazione 0,2X, le perle A straniere, 220021, 220022 e 220022′ erano principalmente classificati a 300-500 pb, tra cui 220011 presentava un piccolo residuo a causa del frammento di grandi dimensioni e necessitava di essere ulteriormente ottimizzato, Mentre 220012 necessitava di essere ulteriormente ottimizzato a causa della sensibilità di 220011 al pH. l'ordinamento principale è 300-500 bp, di cui 220011 presenta un piccolo residuo dovuto alle fasce larghe, probabilmente a causa di 220011 è più sensibile al pH deve essere ulteriormente ottimizzato, Mentre 220012 poiché il primo ciclo di recupero è più elevato, è possibile regolare opportunamente la concentrazione di ioni salini e PEG o regolare il rapporto volumetrico di smistamento su 0,55X + 0.2X per ottenere lo stesso effetto di ordinamento.

Dallo studio di cui sopra, possiamo vedere che il nostro 220011, 220012, 220021 E 220022 hanno un grande potenziale per sostituire le sfere magnetiche estranee.

La purificazione delle sfere magnetiche presenta i vantaggi di un'elevata produttività, automazione, rapidità e assenza di reagenti tossici (come l'etanolo), quindi può essere ampiamente utilizzato nella purificazione delle librerie NGS, Purificazione del prodotto PCR, ordinamento del cDNA e così via.

Comprendiamo che la riproducibilità della ricerca scientifica dipende dall'elevata stabilità dei reagenti. Ogni lotto di sfere magnetiche è sottoposto a un rigoroso controllo di qualità per garantire che le particelle siano uniformi e le prestazioni siano stabili, che garantisce di poter ottenere risultati coerenti e affidabili per ogni esperimento. I nostri prodotti sono ampiamente utilizzati in vari scenari di biologia molecolare come la costruzione di librerie NGS, purificazione dei prodotti della digestione, Ordinamento dei frammenti di DNA, Purificazione del cDNA, ecc. Sono indispensabili “tuttofare” nel tuo laboratorio.

Fornitore

Shanghai Lingjun Biotecnologia Co., Ltd.è stato fondato nel 2016 che è un produttore professionale di materiali biomagnetici e reagenti per l'estrazione degli acidi nucleici.

Abbiamo una ricca esperienza nell'estrazione e purificazione degli acidi nucleici, purificazione delle proteine, separazione cellulare, chemiluminescenza, e altri campi tecnici.

I nostri prodotti sono ampiamente utilizzati in molti campi, come i test medici, test genetici, ricerca universitaria, allevamento genetico, e così via. Non solo forniamo prodotti, ma possiamo anche intraprendere l'OEM, ODM, e altre esigenze. Se hai un'esigenza correlata, non esitate a contattarci .