Onderzoek naar de toepasbaarheid van LnjnBio 22 Serie magnetische kralensegmentatie bij zuivering

Selectie van fragmentgrootte is een cruciale fundamentele stap in experimenten in de moleculaire biologie, zoals de voorbereiding en het klonen van DNA-sequencing-bibliotheken.

Het kerndoel ervan is het isoleren van DNA-fragmenten binnen een specifiek groottebereik uit een mengsel van fragmenten van verschillende lengtes, waardoor downstream-applicaties mogelijk worden.

Het principe is voornamelijk gebaseerd op de fysieke verschillen, chemisch, of elektrische eigenschappen tussen DNA-moleculen van verschillende groottes, gebruik maken van dit onderscheid om scheiding en screening te bereiken.

Magnetische parelzuivering (Omkeerbare immobilisatie in vaste fase, SPRI) is momenteel de meest gebruikte en efficiënte methode, vooral bij sequencing met hoge doorvoer (NGS) bibliotheek voorbereiding.

Beginsel:

Gebaseerd op de relatie tussen de grootte van het DNA-fragment en de bindingsefficiëntie van magnetische kralen.

Verbindend:

Voeg een specifieke concentratie polyethyleenglycol toe (PIN) en zout (NaCl) aan de oplossing van het DNA-fragment, introduceer vervolgens oppervlakte-gemodificeerde magnetische kralen. In een zoutrijke omgeving, DNA droogt uit en legt zijn fosfaatruggengraat bloot, reversibel adsorberend aan het kraaloppervlak via hydrofobe en elektrostatische interacties. Het belangrijkste punt is dat grotere DNA-fragmenten gemakkelijker en eerder binden dan kleinere fragmenten.

Neerslag en scheiding:

Plaats de reactiebuis op een magnetische standaard. Magnetische kralen (samen met gebonden DNA) zal aan de buiswand hechten, waardoor ongebonden oplossing en kleine DNA-fragmenten in het supernatant achterblijven.

Voor grote fragmenten:

Voeg een lagere concentratie PEG/zoutoplossing toe. Alleen grote DNA-fragmenten zullen aan de magnetische kralen binden. Gooi het supernatant weg (met ongewenste korte fragmenten), bewaar de magnetische kralen, en elueer het DNA om lange fragmenten te verkrijgen.

Voor korte fragmenten:

Voeg eerst een PEG/zoutoplossing met gemiddelde concentratie toe om het meeste DNA te binden (inclusief zowel lange als korte fragmenten) aan de magnetische kralen. Gooi het supernatant weg, die volledig verstoken zal zijn van DNA. Volgende, voeg een lage concentratie PEG/buffer of wateroplossing toe. Korte DNA-fragmenten zullen bij voorkeur dissociëren van de magnetische kralen. Plaats het mengsel terug op de magnetische standaard. Pipetteer het supernatant af dat de kleine doelfragmenten bevat, waarbij de grote fragmenten die nog aan de kralen vastzitten, worden weggegooid.

Experimenteel onderzoek:

We hebben magnetische kralen van het buitenlandse merk A geselecteerd (10 mg/ml) en de R. van ons bedrijf&D-producten: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), En 220022 (25 mg/ml) (Tafel 1). Hun solide inhoud was gestandaardiseerd 1.2 mg/ml onder specifieke zoutconcentraties en PEG-percentages. Volg de zuiveringsstappen voor fragmentselectie, een eerste ronde van 0,6X zuivering werd uitgevoerd, gevolgd door een tweede ronde van 0,2X zuivering op het supernatant uit de eerste ronde. De resultaten worden getoond in Figuur 1.

Tafel 1: Magnetische kralen geselecteerd voor het fragmentselectie-experiment

Nee.	1	2	3	4	5	6
Kralen	A	220011	220012	220021	220022	220022’

Opmerking: 220022′ is nog een partij magnetische kralen

De resultaten laten zien dat in de eerste ronde van 0,6x zuivering, de vreemde A-kralen, 220011, 220021, 220022 en 220022′ werden gesorteerd boven 500 bp, terwijl 220012 werd gesorteerd tot 400 bp; vanaf de tweede ronde van 0,2X scheiding, de vreemde A-kralen, 220021, 220022 en 220022′ werden voornamelijk gesorteerd op 300-500 bp, waaronder 220011 had een klein residu vanwege het grote fragment en moest verder worden geoptimaliseerd, terwijl 220012 moest verder worden geoptimaliseerd vanwege de gevoeligheid van 220011 naar pH. ‘s belangrijkste sortering 300-500bp, waarvan 220011 heeft wat residu door de grote banden, waarschijnlijk te wijten aan 220011 gevoeliger is voor pH moet verder worden geoptimaliseerd, terwijl 220012 omdat de eerste ronde van het herstel hoger is, kan de concentratie van zoutionen en PEG op passende wijze worden aangepast of de sorteervolumeverhouding worden aangepast naar 0,55X + 0.2X om hetzelfde sorteereffect te bereiken.

Uit bovenstaand onderzoek, we kunnen zien dat onze 220011, 220012, 220021 En 220022 hebben een groot potentieel om vreemde magnetische kralen te vervangen.

Magnetische parelzuivering heeft de voordelen van een hoge doorvoer, automatisering, snelheid en geen giftige reagentia (zoals ethanol), dus het kan op grote schaal worden gebruikt bij de zuivering van de NGS-bibliotheek, PCR-productzuivering, cDNA-sortering enzovoort.

Wij begrijpen dat de reproduceerbaarheid van wetenschappelijk onderzoek afhangt van de hoge stabiliteit van reagentia. Elke partij magnetische kralen ondergaat een strikte kwaliteitscontrole om ervoor te zorgen dat de deeltjes uniform zijn en de prestaties stabiel zijn, wat ervoor zorgt dat u voor elk experiment consistente en betrouwbare resultaten kunt verkrijgen. Onze producten worden veel gebruikt in verschillende moleculair-biologische scenario's, zoals de constructie van NGS-bibliotheken, zuivering van verteringsproducten, Sorteren van DNA-fragmenten, cDNA-zuivering, enz. Ze zijn onmisbaar “allrounders” in uw laboratorium.

Leverancier

Shanghai Lingjun Biotechnologie Co., Ltd.werd opgericht in 2016 dat een professionele fabrikant is van biomagnetische materialen en reagentia voor nucleïnezuurextractie.

We hebben een rijke ervaring in de extractie en zuivering van nucleïnezuren, eiwit zuivering, cel scheiding, chemiluminescentie, en andere technische gebieden.

Onze producten worden op veel gebieden veel gebruikt, zoals medische testen, genetische testen, universitair onderzoek, genetische veredeling, enzovoort. Wij leveren niet alleen producten, maar kunnen ook OEM ondernemen, ODM, en andere behoeften. Als u een gerelateerde behoefte heeft, Neem gerust contact met ons op .