Explorando a aplicabilidade do LnjnBio 22 Segmentação de contas magnéticas em série na purificação

Seleção de tamanho de fragmento é uma etapa fundamental e crítica em experimentos de biologia molecular, como preparação de biblioteca de sequenciamento de DNA e clonagem.

Seu objetivo principal é isolar fragmentos de DNA dentro de uma faixa de tamanho específica a partir de uma mistura de fragmentos de comprimentos variados., habilitando aplicativos downstream.

Seu princípio baseia-se principalmente nas diferenças físicas, químico, ou propriedades elétricas entre moléculas de DNA de tamanhos variados, aproveitando essas distinções para alcançar separação e triagem.

Purificação de contas magnéticas (Imobilização Reversível em Fase Sólida, SPRI) é atualmente o método mais utilizado e eficiente, particularmente em sequenciamento de alto rendimento (NGS) preparação da biblioteca.

Princípio:

Com base na relação entre o tamanho do fragmento de DNA e a eficiência de ligação do cordão magnético.

Vinculativo:

Adicione uma concentração específica de polietilenoglicol (PEG) e sal (NaCl) para a solução de fragmentos de DNA, em seguida, introduza esferas magnéticas modificadas na superfície. Em um ambiente com alto teor de sal, O DNA desidrata e expõe sua estrutura de fosfato, adsorvendo reversivelmente à superfície do cordão através de interações hidrofóbicas e eletrostáticas. O ponto chave é que fragmentos maiores de DNA se ligam mais prontamente e mais cedo do que fragmentos menores..

Precipitação e Separação:

Coloque o tubo de reação em um suporte magnético. Contas magnéticas (junto com DNA ligado) irá aderir à parede do tubo, deixando solução não ligada e pequenos fragmentos de DNA no sobrenadante.

Para grandes fragmentos:

Adicione uma concentração mais baixa de solução de PEG/sal. Apenas grandes fragmentos de DNA se ligarão às esferas magnéticas. Descarte o sobrenadante (contendo fragmentos curtos indesejados), retenha as esferas magnéticas, e eluir o DNA para obter fragmentos longos.

Para fragmentos curtos:

Primeiro adicione uma solução de PEG/sal de concentração média para ligar a maior parte do DNA (incluindo fragmentos longos e curtos) para as esferas magnéticas. Descarte o sobrenadante, que será completamente desprovido de DNA. Próximo, adicione uma solução tampão/PEG de baixa concentração ou água. Fragmentos curtos de DNA se dissociarão preferencialmente das esferas magnéticas. Coloque a mistura de volta no suporte magnético. Pipetar o sobrenadante contendo os pequenos fragmentos alvo, descartando os grandes fragmentos ainda presos às contas.

Investigação Experimental:

Selecionamos contas magnéticas de marca estrangeira A (10 mg/ml) e o R da nossa empresa&Produtos D: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), e 220022 (25 mg/ml) (Mesa 1). Seu conteúdo sólido foi padronizado para 1.2 mg/ml sob concentrações específicas de sal e porcentagens de PEG. Seguindo as etapas de purificação para seleção de fragmentos, uma primeira rodada de purificação 0,6X foi realizada, seguido por uma segunda rodada de purificação de 0,2X no sobrenadante da primeira rodada. Os resultados são mostrados na Figura 1.

Mesa 1: Esferas magnéticas selecionadas para o experimento de seleção de fragmentos

Não.	1	2	3	4	5	6
Miçangas	UM	220011	220012	220021	220022	220022'

Observação: 220022′ é outro lote de contas magnéticas

Os resultados mostram que na primeira rodada de purificação 0,6X, as contas A estrangeiras, 220011, 220021, 220022 e 220022′ foram classificados acima de 500 pb, enquanto 220012 foi classificado até 400bp; da segunda rodada de separação de 0,2X, as contas A estrangeiras, 220021, 220022 e 220022′ foram classificados principalmente 300-500bp, entre os quais 220011 tinha um pequeno resíduo devido ao grande fragmento e precisava ser otimizado ainda mais, enquanto 220012 precisava ser ainda mais otimizado devido à sensibilidade do 220011 para pH. Classificação principal de 300-500pb, dos quais 220011 tem um pouco de resíduo devido às bandas grandes, provavelmente devido a 220011 é mais sensível ao pH precisa ser ainda mais otimizado, enquanto 220012 devido à primeira rodada da recuperação ser maior, pode-se ajustar adequadamente a concentração de íons de sal e PEG ou ajustar a proporção do volume de classificação para 0,55X + 0.2X para obter o mesmo efeito de classificação.

Do estudo acima, podemos ver que o nosso 220011, 220012, 220021 e 220022 têm grande potencial para substituir esferas magnéticas estrangeiras.

A purificação de esferas magnéticas tem as vantagens de alto rendimento, automação, rapidez e sem reagentes tóxicos (como o etanol), então pode ser amplamente utilizado na purificação de bibliotecas NGS, Purificação de produtos PCR, classificação de cDNA e assim por diante.

Entendemos que a reprodutibilidade da pesquisa científica depende da alta estabilidade dos reagentes. Cada lote de esferas magnéticas passa por rigoroso controle de qualidade para garantir que as partículas sejam uniformes e o desempenho seja estável, o que garante que você possa obter resultados consistentes e confiáveis ​​para cada experimento. Nossos produtos são amplamente utilizados em vários cenários de biologia molecular, como construção de biblioteca NGS, purificação de produtos de digestão, Classificação de fragmentos de DNA, Purificação de cDNA, etc.. Eles são indispensáveis “versáteis” em seu laboratório.

Fornecedor

Xangai Lingjun Biotecnologia Co., Ltda.foi estabelecido em 2016 que é um fabricante profissional de materiais biomagnéticos e reagentes de extração de ácido nucleico.

Temos vasta experiência em extração e purificação de ácidos nucleicos, purificação de proteínas, separação celular, quimioluminescência, e outras áreas técnicas.

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