Utforske anvendeligheten til LnjnBio 22 Serie Magnetic Bead Segmentation in Purification

Valg av fragmentstørrelse er et kritisk grunnleggende skritt i molekylærbiologiske eksperimenter som forberedelse av DNA-sekvenseringsbibliotek og kloning.

Dens kjerneformål er å isolere DNA-fragmenter innenfor et spesifikt størrelsesområde fra en blanding av fragmenter av varierende lengde, muliggjør nedstrømsapplikasjoner.

Prinsippet er først og fremst avhengig av forskjellene i fysisk, kjemisk, eller elektriske egenskaper blant DNA-molekyler av varierende størrelse, utnytte disse distinksjonene for å oppnå separasjon og screening.

Magnetisk perlerensing (Fastfase reversibel immobilisering, SPRI) er for tiden den mest brukte og effektive metoden, spesielt i sekvensering med høy gjennomstrømning (NGS) forberedelse av biblioteket.

Prinsipp:

Basert på forholdet mellom DNA-fragmentstørrelse og magnetisk perlebindingseffektivitet.

Binding:

Legg til en spesifikk konsentrasjon av polyetylenglykol (KNAGG) og salt (NaCl) til DNA-fragmentløsningen, introduser deretter overflatemodifiserte magnetiske perler. I et miljø med høyt saltinnhold, DNA dehydrerer og avslører fosfatryggraden, reversibelt adsorberende til perleoverflaten via hydrofobe og elektrostatiske interaksjoner. Hovedpoenget er at større DNA-fragmenter binder seg lettere og tidligere enn mindre fragmenter.

Nedbør og separasjon:

Plasser reaksjonsrøret på et magnetisk stativ. Magnetiske perler (sammen med bundet DNA) vil feste seg til rørveggen, etterlater ubundet løsning og små DNA-fragmenter i supernatanten.

For store fragmenter:

Tilsett en lavere konsentrasjon av PEG/saltløsning. Bare store DNA-fragmenter vil binde seg til de magnetiske kulene. Kast supernatanten (som inneholder uønskede korte fragmenter), beholde de magnetiske kulene, og eluere DNA for å oppnå lange fragmenter.

For korte fragmenter:

Tilsett først en PEG/saltløsning med middels konsentrasjon for å binde mesteparten av DNA (inkludert både lange og korte fragmenter) til de magnetiske perlene. Kast supernatanten, som vil være fullstendig blottet for DNA. Neste, tilsett en lavkonsentrasjon PEG/buffer eller vannløsning. Korte DNA-fragmenter vil fortrinnsvis dissosiere fra de magnetiske kulene. Plasser blandingen tilbake på magnetstativet. Pipetter av supernatanten som inneholder de små målfragmentene, kaste de store fragmentene som fortsatt er bundet til perlene.

Eksperimentell undersøkelse:

Vi valgte utenlandsk merke A magnetiske perler (10 mg/ml) og vårt firmas R&D produkter: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), og 220022 (25 mg/ml) (Bord 1). Deres solide innhold ble standardisert til 1.2 mg/ml under spesifikke saltkonsentrasjoner og PEG-prosent. Følg rensetrinnene for fragmentvalg, en første runde med 0,6X rensing ble utført, etterfulgt av en andre runde med 0,2X rensing på supernatanten fra den første runden. Resultatene er vist i figur 1.

Bord 1: Magnetiske perler valgt for fragmentseleksjonseksperimentet

Ingen.	1	2	3	4	5	6
Perler	EN	220011	220012	220021	220022	220022’

Note: 220022′ er en annen gruppe med magnetiske perler

Resultatene viser at i den første runden med 0,6X rensing, de utenlandske A-perlene, 220011, 220021, 220022 og 220022′ ble sortert over 500 bp, mens 220012 ble sortert opp til 400bp; fra andre runde med 0,2X separasjon, de utenlandske A-perlene, 220021, 220022 og 220022′ ble hovedsakelig sortert 300-500bp, blant hvilke 220011 hadde litt rester på grunn av det store fragmentet og måtte optimaliseres ytterligere, mens 220012 måtte optimaliseres ytterligere på grunn av følsomheten til 220011 til pH. 's hovedsortering 300-500bp, hvorav 220011 har litt rester på grunn av de store båndene, sannsynligvis pga 220011 er mer følsom for pH må optimaliseres ytterligere, mens 220012 på grunn av den første runden av utvinningen er høyere kan passende justeres konsentrasjonen av saltioner og PEG eller justere sorteringsvolumforholdet til 0,55X + 0.2X for å oppnå samme sorteringseffekt.

Fra studien ovenfor, vi kan se at vår 220011, 220012, 220021 og 220022 har stort potensial til å erstatte fremmede magnetiske perler.

Magnetisk perlerensing har fordelene med høy gjennomstrømning, automasjon, hurtighet og ingen giftige reagenser (slik som etanol), så det kan brukes mye i NGS-bibliotekrensing, PCR produktrensing, cDNA-sortering og så videre.

Vi forstår at reproduserbarheten til vitenskapelig forskning avhenger av reagensers høye stabilitet. Hver batch av magnetiske perler gjennomgår streng kvalitetskontroll for å sikre at partiklene er jevne og ytelsen er stabil, som sikrer at du kan oppnå konsistente og pålitelige resultater for hvert eksperiment. Våre produkter er mye brukt i ulike molekylærbiologiske scenarier som NGS-bibliotekkonstruksjon, rensing av fordøyelsesprodukt, Sortering av DNA-fragmenter, cDNA-rensing, osv. De er uunnværlige “allroundere” i laboratoriet ditt.

Leverandør

Shanghai Lingjun Biotechnology Co., Ltd.ble etablert i 2016 som er en profesjonell produsent av biomagnetiske materialer og nukleinsyreekstraksjonsreagenser.

Vi har rik erfaring innen utvinning og rensing av nukleinsyre, proteinrensing, celleseparasjon, kjemiluminescens, og andre tekniske felt.

Våre produkter er mye brukt på mange felt, som medisinsk testing, genetisk testing, universitetsforskning, genetisk avl, og så videre. Vi leverer ikke bare produkter, men kan også påta oss OEM, ODM, og andre behov. Hvis du har et relatert behov, ta gjerne kontakt med oss .