LnjnBio の応用可能性を探る 22 精製におけるシリーズ磁気ビーズのセグメンテーション

フラグメントサイズの選択 DNA配列ライブラリの調製やクローニングなどの分子生物学実験における重要な基礎ステップです.

その主な目的は、さまざまな長さの断片の混合物から特定のサイズ範囲内の DNA 断片を単離することです。, ダウンストリームアプリケーションを有効にする.

その原理は主に物理的な違いに依存しています。, 化学薬品, またはさまざまなサイズの DNA 分子間の電気的特性, これらの違いを活用して分離とスクリーニングを実現します.

磁気ビーズの精製 (固相可逆固定化, SPRI) 現在最も広く使用されており効率的な方法です, 特にハイスループットシーケンスにおいて (NGS) ライブラリの準備.

原理:

DNA断片サイズと磁気ビーズ結合効率の関係に基づく.

バインディング:

特定の濃度のポリエチレングリコールを追加します。 (ペグ) そして塩 (塩化ナトリウム) DNA断片溶液へ, 次に、表面修飾された磁気ビーズを導入します。. 高塩分の環境では, DNAが脱水し、リン酸骨格が露出する, 疎水性相互作用と静電相互作用により、ビーズ表面に可逆的に吸着します。. 重要な点は、大きな DNA 断片は小さな断片よりも容易に、より早く結合することです。.

沈殿と分離:

反応チューブを磁気スタンドに置きます. 磁気ビーズ (結合した DNA と一緒に) チューブの壁に付着します, 結合していない溶液と小さな DNA 断片が上清に残ります。.

大きな断片の場合:

低濃度のPEG/塩溶液を追加します。. 大きな DNA 断片のみが磁気ビーズに結合します。. 上清を捨てる (不要な短い断片が含まれている), 磁気ビーズを保持します, DNAを溶出して長い断片を取得します.

短い断片の場合:

まず中濃度のPEG/塩溶液を加えてほとんどのDNAを結合させます。 (長い断片と短い断片の両方を含む) 磁気ビーズに. 上清を捨てる, DNAが完全になくなる. 次, 低濃度のPEG/緩衝液または水溶液を追加します。. 短い DNA フラグメントは磁気ビーズから優先的に解離します。. 混合物を磁気スタンドに戻します. 目的の小さな断片を含む上清をピペットで取り除きます, まだビーズに結合している大きな断片を廃棄する.

実験的調査:

海外ブランドA磁気ビーズをセレクトしました (10 mg/ml) そして当社のR&D製品: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), そして 220022 (25 mg/ml) (テーブル 1). それらの固形分は次のように標準化されました。 1.2 特定の塩濃度およびPEGパーセンテージでのmg/ml. フラグメント選択のための精製ステップに続く, 0.6X 精製の最初のラウンドを実行しました, 続いて、最初のラウンドの上清に対して 0.2 倍の 2 回目の精製を行います。. 結果を図に示します。 1.

テーブル 1: フラグメント選択実験用に選択された磁気ビーズ

いいえ.	1	2	3	4	5	6
ビーズ	あ	220011	220012	220021	220022	220022』

注記: 220022′ 磁気ビーズの別のバッチです

結果は、最初のラウンドの 0.6X 精製で、, 外国のAビーズ, 220011, 220021, 220022 そして220022′ 500bpを超えてソートされました, その間 220012 400bpまでソートされました; 2回目の0.2X分離から, 外国のAビーズ, 220021, 220022 そして220022′ 主に300～500bpでソートされていました, その中で 220011 大きなフラグメントのため残留物が少なく、さらに最適化する必要がありました, その間 220012 の感度のためさらに最適化する必要がある 220011 pHに. メインソーティング 300-500bp, うち 220011 バンドが大きいため残留物が少しあります, おそらくそのせいで 220011 pHの影響を受けやすいため、さらに最適化する必要がある, その間 220012 最初のラウンドの回収率が高いため、塩イオンと PEG の濃度を適切に調整するか、選別容積比を 0.55 倍に調整できます。 + 0.2X を使用すると、同じ並べ替え効果が得られます.

上記の研究から, 私たちのことがわかります 220011, 220012, 220021 そして 220022 外国製の磁気ビーズに代わる大きな可能性を秘めています.

磁気ビーズ精製には高スループットという利点があります, オートメーション, 迅速かつ有毒な試薬を使用しない (エタノールなどの), NGS ライブラリの精製に広く使用できます。, PCR産物の精製, cDNAソーティングなど.

私たちは、科学研究の再現性は試薬の高い安定性に依存していることを理解しています。. 磁性ビーズの各バッチは、粒子が均一で性能が安定していることを保証するために厳格な品質管理を受けています。, これにより、すべての実験で一貫した信頼性の高い結果を得ることができます。. 当社の製品は、NGS ライブラリ構築などのさまざまな分子生物学のシナリオで広く使用されています。, 消化産物の精製, DNA断片の選別, cDNAの精製, 等. それらは欠かせないものです “オールラウンダー” あなたの研究室で.

サプライヤー

上海霊軍生物技術有限公司, 株式会社に設立されました 2016 生体磁性材料と核酸抽出試薬の専門メーカーです.

核酸抽出・精製の経験が豊富です。, タンパク質の精製, 細胞分離, 化学発光, その他の技術分野.

当社の製品はさまざまな分野で広く使用されています, 医療検査など, 遺伝子検査, 大学の研究, 遺伝子育種, 等々. 製品のご提供だけでなくOEMも承ります, ODM, その他のニーズ. 関連するニーズがある場合, お気軽にお問い合わせください .