Udforskning af anvendeligheden af ​​LnjnBio 22 Serie magnetisk perlesegmentering i rensning

Valg af fragmentstørrelse er et kritisk grundlæggende trin i molekylærbiologiske eksperimenter såsom forberedelse af DNA-sekventeringsbibliotek og kloning.

Dens kerneformål er at isolere DNA-fragmenter inden for et specifikt størrelsesområde fra en blanding af fragmenter af varierende længde, muliggør downstream-applikationer.

Dens princip bygger primært på forskellene i fysisk, kemisk, eller elektriske egenskaber blandt DNA-molekyler af varierende størrelse, udnyttelse af disse sondringer for at opnå adskillelse og screening.

Magnetisk perlerensning (Fastfase reversibel immobilisering, SPRI) er i øjeblikket den mest udbredte og effektive metode, især i high-throughput sekventering (NGS) forberedelse af biblioteket.

Princip:

Baseret på forholdet mellem DNA-fragmentstørrelse og magnetisk perlebindingseffektivitet.

Indbinding:

Tilføj en specifik koncentration af polyethylenglycol (PEG) og salt (NaCl) til DNA-fragmentopløsningen, indfør derefter overflademodificerede magnetiske perler. I et miljø med højt saltindhold, DNA dehydrerer og blotlægger dets fosfatrygrad, reversibelt adsorbering til perleoverfladen via hydrofobiske og elektrostatiske interaktioner. Nøglepunktet er, at større DNA-fragmenter binder lettere og tidligere end mindre fragmenter.

Nedbør og Adskillelse:

Placer reaktionsrøret på et magnetisk stativ. Magnetiske perler (sammen med bundet DNA) vil klæbe til rørvæggen, efterlader ubundet opløsning og små DNA-fragmenter i supernatanten.

Til store fragmenter:

Tilsæt en lavere koncentration af PEG/saltopløsning. Kun store DNA-fragmenter vil binde til de magnetiske perler. Kassér supernatanten (indeholdende uønskede korte fragmenter), fasthold de magnetiske perler, og eluere DNA'et for at opnå lange fragmenter.

Til korte fragmenter:

Tilsæt først en medium koncentration PEG/saltopløsning for at binde det meste DNA (inklusive både lange og korte fragmenter) til de magnetiske perler. Kassér supernatanten, som vil være fuldstændig blottet for DNA. Næste, tilsæt en lav koncentration PEG/buffer eller vandopløsning. Korte DNA-fragmenter vil fortrinsvis dissociere fra de magnetiske perler. Placer blandingen tilbage på det magnetiske stativ. Afpipetter supernatanten indeholdende de små målfragmenter, kassere de store fragmenter, der stadig er bundet til perlerne.

Eksperimentel undersøgelse:

Vi valgte udenlandsk mærke A magnetiske perler (10 mg/ml) og vores virksomheds R&D produkter: 220011 (50 mg/ml), 220012 (25 mg/ml), 220021 (50 mg/ml), og 220022 (25 mg/ml) (Tabel 1). Deres faste indhold var standardiseret til 1.2 mg/ml under specifikke saltkoncentrationer og PEG-procenter. Efter oprensningstrinene for fragmentudvælgelse, en første runde af 0,6X oprensning blev udført, efterfulgt af en anden runde med 0,2X oprensning på supernatanten fra den første runde. Resultaterne er vist i figur 1.

Tabel 1: Magnetiske perler udvalgt til fragmentudvælgelseseksperimentet

Ingen.	1	2	3	4	5	6
Perler	EN	220011	220012	220021	220022	220022’

Note: 220022′ er et andet parti af magnetiske perler

Resultaterne viser, at i den første runde af 0,6X oprensning, de udenlandske A-perler, 220011, 220021, 220022 og 220022′ blev sorteret over 500bp, mens 220012 blev sorteret op til 400bp; fra anden runde af 0,2X adskillelse, de udenlandske A-perler, 220021, 220022 og 220022′ blev hovedsageligt sorteret 300-500bp, blandt hvilke 220011 havde en lille rest på grund af det store fragment og skulle optimeres yderligere, mens 220012 skulle optimeres yderligere på grund af følsomheden af 220011 til pH. ’s hovedsortering 300-500bp, heraf 220011 har lidt rester på grund af de store bånd, sandsynligvis pga 220011 er mere følsom over for pH skal optimeres yderligere, mens 220012 på grund af den første runde af inddrivelsen er højere kan passende justeres koncentrationen af ​​saltioner og PEG eller justere sorteringsvolumenforholdet til 0,55X + 0.2X for at opnå den samme sorteringseffekt.

Fra ovenstående undersøgelse, vi kan se, at vores 220011, 220012, 220021 og 220022 har stort potentiale til at erstatte fremmede magnetiske perler.

Magnetisk perlerensning har fordelene ved høj gennemstrømning, automatisering, hurtighed og ingen giftige reagenser (såsom ethanol), så det kan bruges i vid udstrækning i NGS-biblioteksoprensning, PCR produkt oprensning, cDNA-sortering og så videre.

Vi forstår, at reproducerbarheden af ​​videnskabelig forskning afhænger af reagensernes høje stabilitet. Hvert parti af magnetiske perler gennemgår streng kvalitetskontrol for at sikre, at partiklerne er ensartede og ydelsen er stabil, som sikrer, at du kan opnå konsistente og pålidelige resultater for hvert eksperiment. Vores produkter er meget udbredt i forskellige molekylærbiologiske scenarier, såsom NGS-bibliotekskonstruktion, rensning af fordøjelsesprodukt, DNA-fragment sortering, cDNA-oprensning, osv. De er uundværlige “allroundere” i dit laboratorium.

Leverandør

Shanghai Lingjun Biotechnology Co., Ltd.blev etableret i 2016 som er en professionel producent af biomagnetiske materialer og nukleinsyreekstraktionsreagenser.

Vi har stor erfaring med udvinding og oprensning af nukleinsyre, proteinoprensning, celleadskillelse, kemiluminescens, og andre tekniske områder.

Vores produkter er meget udbredt inden for mange områder, såsom medicinsk test, genetisk testning, universitetsforskning, genetisk avl, og så videre. Vi leverer ikke kun produkter, men kan også påtage os OEM, ODM, og andre behov. Hvis du har et relateret behov, er du velkommen til at kontakte os .