Bagaimana Memberikan Solusi Efisien untuk Penyortiran Fragmen DNA?

Saat ini, banyak masalah dalam penelitian biologi molekuler memerlukan penilaian DNA berdasarkan ukurannya, yang dikenal sebagai penyortiran fragmen. Elektroforesis pada gel agarosa memungkinkan pemisahan DNA dalam kisaran 10 ⁵~ratusan pasangan basa. Sebaliknya, elektroforesis pada gel akrilamida memungkinkan pemisahan DNA dalam kisaran ribuan pasangan basa. Untuk mencapai resolusi tinggi dalam proses pemisahan ini, perbedaan ukuran untuk memisahkan dua fragmen seharusnya 10% dan kandungan asam nukleat hingga 5 ke 10 miligram.

Metode pengendapan selektif, kombinasi polietilen glikol dan manik-manik magnetik biologis, menonjol sebagai pendekatan yang lebih efisien dan nyaman untuk penyortiran fragmen. Dalam larutan PEG dan NaCl konsentrasi tinggi, PEG mengganggu lapisan hidrasi di luar molekul DNA, menyebabkan mereka berkumpul dan mengendap. Hal ini memperlihatkan gugus fosfat yang bermuatan negatif, yang kemudian membentuk 'jembatan garam'’ dengan gugus karboksil pada manik magnet’ permukaan, memungkinkan DNA untuk teradsorpsi ke manik-manik.

Semakin panjang DNAnya, semakin banyak gugus fosfat bermuatan negatif yang terlihat di permukaan, membuat seluruh molekul lebih bermuatan negatif dan lebih mudah diserap ke manik-manik magnetik, dan dapat diperoleh kembali dengan konsentrasi PEG dan NaCl yang lebih rendah. Semakin pendek DNA-nya, semakin tinggi konsentrasi PEG dan NaCl yang diperlukan untuk memecah lapisan hidrasi pada permukaannya secara menyeluruh, mengekspos cukup banyak gugus fosfat bermuatan negatif untuk diserap oleh manik-manik magnetik dan kemudian diperoleh kembali. Jika Anda ingin memulihkan fragmen DNA yang lebih pendek, Anda perlu menambahkan manik-manik magnetik dengan volume lebih besar. Rasio suspensi manik magnetik terhadap sampel juga mempengaruhi ukuran penyaringan fragmen. Seiring meningkatnya konsentrasi suspensi manik magnetik, manik-manik magnetik akan meningkatkan kapasitas adsorpsinya terhadap fragmen kecil selain fragmen besar.

Ketika fragmen DNA dengan panjang tertentu akan dipisahkan dengan manik-manik magnet, dua putaran penyortiran biasanya dilakukan. Di babak pertama, manik-manik magnetik mengikat DNA dengan berat molekul lebih tinggi, yang kemudian dihilangkan dengan membuang manik-maniknya. Putaran kedua melibatkan sisa produk, di mana manik-manik magnetik mengikat DNA dengan berat molekul lebih tinggi dan menghilangkan DNA dengan berat molekul lebih rendah dengan membuang supernatan.

Keduanya DNA beruntai ganda, DNA beruntai tunggal, dan RNA dapat memisahkan gugus fosfat bermuatan negatif dalam larutan sehingga dapat dimurnikan dan diperoleh kembali dengan manik magnet. Namun, DNA dan RNA untai tunggal tidak dapat disaring untuk ukuran fragmen. Struktur sekunder DNA beruntai ganda umumnya merupakan molekul heliks ganda linier yang relatif stabil. Di hadapan PEG, jumlah gugus fosfat bermuatan negatif yang terdisosiasi berkorelasi positif dengan panjangnya. Namun, RNA dan DNA beruntai tunggal memiliki struktur sekunder yang kompleks, yang mencegah kelompok negatif yang terpapar berkorelasi positif dengan panjangnya, sehingga mustahil untuk menyaring fragmen seperti DNA. Selain itu, karena stabilitas DNA dan RNA yang bervariasi pada nilai pH yang berbeda, pH buffer yang digunakan untuk memurnikan DNA dan RNA berbeda karena DNA dan RNA memiliki stabilitas yang berbeda pada kondisi pH yang berbeda.

Manik-manik magnetik penyortiran fragmen Bioteknologi Lingjun Shanghai dikembangkan dan diproduksi secara independen dari bahan mentah hingga manik-manik magnetik jadi, dengan kontrol kualitas yang ketat untuk memastikan bahwa kinerja dan konsistensi produk akhir memenuhi standar tinggi dan memastikan pasokan produk yang stabil. Perusahaan terus berinvestasi dalam penelitian dan pengembangan, selalu menjaga penekanan mutlak pada kualitas produk, kepuasan pelanggan, dan daya saing pasar.

Pengenalan Pemasok

Shanghai Lingjun Bioteknologi Co., Ltd.didirikan pada 2016 yang merupakan produsen profesional bahan biomagnetik dan reagen ekstraksi asam nukleat.

Kami memiliki pengalaman yang kaya dalam ekstraksi dan pemurnian asam nukleat, pemurnian protein, pemisahan sel, chemiluminescence dan bidang teknis lainnya.

Produk kami banyak digunakan di berbagai bidang, misalnya tes kesehatan, pengujian genetik, penelitian universitas, pemuliaan genetik, dan sebagainya. Kami tidak hanya menyediakan produk tetapi juga dapat melakukan OEM, ODM, dan kebutuhan lainnya. Jika Anda memiliki kebutuhan terkait, jangan ragu untuk menghubungi kami di penjualan01@lingjunbio.com.