ডিএনএ ফ্র্যাগমেন্ট বাছাইয়ে গবেষণা এবং অগ্রগতি

সলিড ফেজ রিভার্সিবল ইমোবিলাইজেশন (এসপিআরআই) অতীতের জন্য ডিএনএ বিচ্ছিন্নকরণের জন্য কৌশলগুলি ব্যবহার করা হয়েছে 20 বছর. এতে, সুপারপ্যারাম্যাগনেটিক কার্বক্সিলেটেড চৌম্বক পুঁতি পলিথিন গ্লাইকোলের অবস্থার অধীনে বিভিন্ন আকারের ডিএনএ অণুগুলিকে বেছে বেছে নেওয়ার জন্য ব্যবহার করা হয় (পিইজি) শতাংশ এবং লবণের ঘনত্ব, এবং প্রাপ্ত পণ্য এনজিএস নমুনা লাইব্রেরি প্রস্তুত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে. পদ্ধতির মূল পয়েন্টগুলির মধ্যে একটি হল সমালোচনামূলক পিইজি মান নির্ধারণ করা কারণ এটি ডিএনএ খণ্ডগুলির নির্বাচনী বিচ্ছেদের জন্য সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ প্যারামিটার।.

পূর্ববর্তী গবেষণায় দেখা গেছে যে ডিএনএ খণ্ডের নির্বাচনী বিচ্ছিন্নতা ডিএনএ অঙ্গসংস্থানবিদ্যার কয়েলড-কয়েল থেকে গ্লোবুলারে রূপান্তরিত পরিবর্তনের সাথে যুক্ত।. পূর্বে, গবেষকরা সমালোচনামূলক PEG ঘনত্ব নির্ধারণ করতে বিভিন্ন পদ্ধতি ব্যবহার করেছেন যা কুণ্ডলীকৃত থেকে গোলাকারে ডিএনএ অণুগুলির রূপান্তরকে প্ররোচিত করে।, যেমন অবক্ষেপন, ফ্লুরোসেন্স ইমেজিং, সান্দ্রতা, UV/ভিস সেন্ট্রিফিউগেশন, এবং গতিশীল আলো বিচ্ছুরণ (ডিএলএস), এবং সার্কুলার ডাইক্রোইজম. তবে, এই পদ্ধতিগুলি চৌম্বকীয় পুঁতিযুক্ত ডিএনএ দ্রবণগুলিতে প্রযোজ্য নয় কারণ গ্লোবুলার ডিএনএ অণুগুলি কঠিন পৃষ্ঠের উপর প্রবাহিত হবে. অতএব, পরবর্তীকালে গবেষকরা একটি নির্দিষ্ট আকারের ডিএনএ খণ্ডের জন্য সমালোচনামূলক PEG ঘনত্ব নির্ধারণ করতে জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস ব্যবহার করেছেন, যাইহোক, এই পদ্ধতির বিভিন্ন অসুবিধা আছে, যেমন অপেক্ষাকৃত দীর্ঘ ইলেক্ট্রোফোরেসিস সময় এবং সমালোচনামূলক মানগুলির জন্য কম সঠিক ফলাফল.

অতএব, মধ্যে 2013, তিনি Zhangyong এট আল. ^[1] পলিথিন গ্লাইকোলের বিভিন্ন ঘনত্বের প্রভাব অধ্যয়ন করতে ব্যবহৃত হয় (পিইজি) উপস্থিতিতে ডিএনএ টুকরা পুনরুদ্ধারের উপর 1 সোডিয়াম ক্লোরাইডের একটি নির্দিষ্ট ঘনত্বে μm কার্বক্সিলেটেড চৌম্বকীয় পুঁতি (NaCl). তারা একটি লজিস্টিক ফাংশন দ্বারা তাদের ঘনত্বকে PEG ঘনত্বের সাথে ফিট করে এবং লাগানো লজিস্টিক ফাংশন থেকে সমালোচনামূলক PEG মান নির্ধারণ করে. এই ভিত্তিতে, তারা পুনরুদ্ধার সমীকরণের ঢাল ফাংশনটি এর প্রথম-ক্রম ডেরিভেটিভগুলি অর্জন করে এবং এই পরামিতিগুলির উপর ভিত্তি করে একটি ডিএনএ ফ্র্যাগমেন্ট পুনরুদ্ধার বর্ণালী তৈরি করতে ঢাল ফাংশন ব্যবহার করে যা বিভিন্ন খণ্ডের বিচ্ছেদের জন্য NaCl এবং PEG এর ঘনত্ব নির্ধারণ করতে সক্ষম হয়েছিল। ^[2]. এ ছাড়াও ড, তারা তাদের গবেষণায় দেখেছে যে তাদের সিস্টেমের কার্যকারিতার উপর pH এর কোন প্রভাব নেই এবং PEG এর আণবিক ওজনের আকার প্রয়োজনীয় ঘনত্বের আকারের বিপরীতভাবে সমানুপাতিক।.

যেখানে এর আগে ই. ফ্রোহেলিচ এট আল ^[3] পলিথিন গ্লাইকলের সাথে ডিএনএ-এর আবদ্ধতা তদন্ত করে (পিইজি) বিভিন্ন আকার এবং রচনা (যেমন, পিইজি 3350, পিইজি 6000, এবং MPEG-অ্যানথ্রাসিন) লবণ-আয়নিক দ্রবণে. কাঠামোগত বিশ্লেষণে দেখা গেছে যে পিইজি 3350 এবং পিইজি 6000 মধ্যপন্থী কমপ্লেক্স গঠন করে, যেখানে এমপিইজি-অ্যানথ্রাসিন-ডিএনএ অ্যাডাক্টের যোগাযোগে হাইড্রোফিলিক এবং হাইড্রোফোবিক গ্রুপের সাথে দুর্বল মিথস্ক্রিয়া ছিল. গঠিত কমপ্লেক্সের স্থায়িত্ব ছিল PEG এর ক্রমানুসারে 6000 > পিইজি 3350 > mPEG-অ্যানথ্রাসিন, ডিএনএ প্রতি আবদ্ধ প্রায় একটি পিইজি অণু সহ. বি-ডিএনএর জন্য কোন গঠনগত পরিবর্তন পরিলক্ষিত হয়নি, যেখানে উচ্চতর পিইজি ঘনত্বে ডিএনএ ঘনীভূত হয় এবং কণা তৈরি করে.

উপরন্তু, লিংলিং লিউ এট আল^[2] প্রমাণ করেছেন যে লাইসিন সিলিকা কণাগুলি পরিবেষ্টিত পিএইচ অনুযায়ী ডিএনএ টুকরা এবং লাইসিন-কার্যকর সিলিকা কণার পৃষ্ঠের মধ্যে ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়া সামঞ্জস্য করে বাইনারি এবং ত্রিনারি ডিএনএ মিশ্রণের আকার-নির্বাচিত বিভাজনের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে।, বিশেষ করে, আয়নিক শক্তি. ডিএনএ খণ্ডের চার্জ, এবং তাদের এবং বিপরীতভাবে চার্জযুক্ত সিলিকা কণার পৃষ্ঠের মধ্যে ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়া, পরিবেশের pH দ্বারা নির্ধারিত হয়েছিল. ডিএনএ খণ্ডের চার্জ এবং বিপরীতভাবে চার্জযুক্ত সিলিকা কণাগুলির পৃষ্ঠের সাথে তাদের ইলেক্ট্রোস্ট্যাটিক মিথস্ক্রিয়া ডিএনএ খণ্ডের আকারের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত, এবং Lys-SiO2 কণা ব্যবহার করে ডিএনএ খণ্ডের নির্বাচনী পৃথকীকরণের প্রক্রিয়া চিত্রে দেখানো হয়েছে 1.

ইন 2020 আলেক্সি এট আল ^[4] এর ডিএনএ খণ্ডের নির্বাচনী বিচ্ছিন্নতার ব্যবধান স্থানান্তরিত করেছে 150-800 bp থেকে 1.5-7 চৌম্বকীয় গুটিকা বাফারে NaCl এর ঘনত্ব সামঞ্জস্য করে Kbp. যখন NaCl কে অন্যান্য ক্যাটেশন দিয়ে প্রতিস্থাপন করা হয় এবং পলিথিনগ্লাইকোলের ঘনত্ব কমানো হয় (পিইজি) 8000, বাছাইকৃতভাবে পৃথক করা ডিএনএ খণ্ডের ব্যবধান বিভিন্ন রকম, এখানে LiCl সবচেয়ে কার্যকর.

2023 ড্যানলি এট আল ^[5] পলিথিন গ্লাইকোলের সমালোচনামূলক ঘনত্বের সর্বাধিক পুনরুদ্ধারের পরীক্ষা করা হয়েছে (পিইজি) 8000 এবং 300 এনএম কার্বক্সিলেটেড চৌম্বকীয় জপমালা, এর কার্বক্সিলেটেড চৌম্বক পুঁতির জন্য একটি চৌম্বক গুটিকা বাফার রচনা নির্ধারণ করা 20% পিইজি 8000, 2M NaCl, এবং 16.3 mM MgCl2, বরাবর 1.25 mg/ml চৌম্বকীয় জপমালা. তারপরে তারা ডিএনএ পুনরুদ্ধারের জন্য একটি নিয়ন্ত্রণ বেকম্যানের সাথে তুলনীয় প্রোটোকল পরীক্ষা করে (AMPure XP চৌম্বকীয় জপমালা).

Reserve buffers are not universal due to the different parameters of different types of magnetic beads. তবে, any researcher can further optimize the magnetic bead suspension buffer based on known data results for efficient recovery or for different experimental purposes. From standard commercial DNA purification methods to adjusting SPRI bead concentrations and optimal bead suspension buffers, this can provide researchers with a great deal of flexibility and convenience for different DNA manipulation conditions. উপরন্তু, different DNA purification strategies have great potential for application in the biological and medical fields.

Reference：

[1] HE Z, ZHU Y, GU H. A new method for the determination of critical polyethylene glycol concentration for selective precipitation of DNA fragments[J/OL]. Applied Microbiology and Biotechnology, 2013, 97(20): 9175-9183. DOI:10.1007/s00253-013-5195-0.

[2] HE Z, XU H, XIONG M, et al. Size‐selective DNA separation: Recovery spectra help determine the sodium chloride (NaCl) এবং পলিথিন গ্লাইকল (পিইজি) concentrations required[J/OL]. Biotechnology Journal, 2014, 9(10): 1241-1249. DOI:10.1002/biot.201400234.

[3] PEG and mPEG–Anthracene Induce DNA Condensation and Particle Formation | The Journal of Physical Chemistry B[EB/OL]. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp205079u.

[4] STORTCHEVOI A, KAMELAMELA N, LEVINE S S. SPRI Beads-based Size Selection in the Range of 2-10kb[J/OL]. Journal of Biomolecular Techniques : JBT, 2020, 31(1): 7-10. DOI:10.7171/jbt.20-3101-002.

[5] এলআইইউ ডি, LIQ, লুও জে, et al. নমনীয়তা এবং খরচ-কার্যকারিতার জন্য একটি SPRI পুঁতি-ভিত্তিক ডিএনএ পরিশোধন কৌশল[J/OL]. বিএমসি জিনোমিক্স, 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-w.

সরবরাহকারী

সাংহাই লিংজুন বায়োটেকনোলজি কো., লিমিটেডসালে প্রতিষ্ঠিত হয় 2016 যা বায়োম্যাগনেটিক উপকরণ এবং নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন বিকারকগুলির একটি পেশাদার প্রস্তুতকারক.

আমাদের নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন এবং পরিশোধন সমৃদ্ধ অভিজ্ঞতা আছে, প্রোটিন পরিশোধন, কোষ বিচ্ছেদ, কেমিলুমিনেসেন্স, এবং অন্যান্য প্রযুক্তিগত ক্ষেত্র.

আমাদের পণ্য ব্যাপকভাবে অনেক ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়, যেমন মেডিকেল টেস্টিং, জেনেটিক পরীক্ষা, বিশ্ববিদ্যালয় গবেষণা, জেনেটিক প্রজনন, এবং তাই. আমরা কেবল পণ্য সরবরাহ করি না তবে OEM গ্রহণ করতে পারি, ওডিএম, এবং অন্যান্য প্রয়োজন. আপনি যদি একটি সম্পর্কিত প্রয়োজন আছে, এ আমাদের সাথে যোগাযোগ বিনা দ্বিধায় দয়া করেsales01@lingjunbio.com.