டிஎன்ஏ துண்டு வரிசைப்படுத்தலில் ஆராய்ச்சி மற்றும் முன்னேற்றங்கள்

திட நிலை மீளக்கூடிய அசையாமை (SPRI) கடந்த காலங்களில் டிஎன்ஏ தனிமைப்படுத்த நுட்பங்கள் பயன்படுத்தப்பட்டன 20 ஆண்டுகள். அதில், பாலிஎதிலீன் கிளைகோலின் நிலைமைகளின் கீழ் வெவ்வேறு அளவுகளில் டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகளைத் தேர்ந்தெடுக்க சூப்பர்பரமேக்னடிக் கார்பாக்சிலேட்டட் காந்த மணிகள் பயன்படுத்தப்படுகின்றன. (PEG) சதவீதம் மற்றும் உப்பு செறிவு, மேலும் பெறப்பட்ட தயாரிப்புகளை NGS மாதிரி நூலகங்களைத் தயாரிக்கப் பயன்படுத்தலாம். டிஎன்ஏ துண்டுகளைத் தேர்ந்தெடுத்துப் பிரிப்பதற்கான மிக முக்கியமான அளவுருவாக இருப்பதால், முக்கியமான PEG மதிப்பைத் தீர்மானிப்பது முறையின் முக்கிய புள்ளிகளில் ஒன்றாகும்..

டிஎன்ஏ துண்டுகளின் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட தனிமைப்படுத்தல் டிஎன்ஏ உருவ அமைப்பில் சுருள் சுருளிலிருந்து குளோபுலருக்கு மாற்றத்துடன் தொடர்புடையது என்று முந்தைய ஆய்வுகள் கண்டறிந்துள்ளன.. முன்பு, டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகளை சுருளில் இருந்து கோளமாக மாற்றுவதைத் தூண்டும் முக்கியமான PEG செறிவைக் கண்டறிய ஆராய்ச்சியாளர்கள் பல்வேறு முறைகளைப் பயன்படுத்தியுள்ளனர்., வண்டல் போன்றவை, ஃப்ளோரசன்ஸ் இமேஜிங், பாகுத்தன்மை, UV/Vis மையவிலக்கு, மற்றும் மாறும் ஒளி சிதறல் (DLS), மற்றும் வட்ட இருகுரோயிசம். எனினும், காந்த மணிகள் கொண்ட டிஎன்ஏ தீர்வுகளுக்கு இந்த முறைகள் பொருந்தாது, ஏனெனில் குளோபுலர் டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகள் திடமான பரப்புகளில் படியும்.. எனவே, பின்னர் ஆராய்ச்சியாளர்கள் ஒரு குறிப்பிட்ட அளவிலான டிஎன்ஏ துண்டுகளுக்கான முக்கியமான PEG செறிவை தீர்மானிக்க ஜெல் எலக்ட்ரோபோரேசிஸைப் பயன்படுத்தினர்., எனினும், இந்த முறை பல குறைபாடுகளைக் கொண்டுள்ளது, ஒப்பீட்டளவில் நீண்ட எலக்ட்ரோபோரேசிஸ் நேரம் மற்றும் முக்கியமான மதிப்புகளுக்கான குறைவான துல்லியமான முடிவுகள் போன்றவை.

எனவே, உள்ளே 2013, அவர் ஜாங்யோங் மற்றும் பலர். ^[1] பாலிஎதிலீன் கிளைகோலின் வெவ்வேறு செறிவுகளின் விளைவை ஆய்வு செய்யப் பயன்படுகிறது (PEG) முன்னிலையில் டிஎன்ஏ துண்டுகள் மீட்பு மீது 1 சோடியம் குளோரைட்டின் நிலையான செறிவில் μm கார்பாக்சிலேட்டட் காந்த மணிகள் (NaCl). லாஜிஸ்டிக் செயல்பாட்டின் மூலம் PEG செறிவுக்கு அவற்றின் செறிவுகளைப் பொருத்தி, பொருத்தப்பட்ட லாஜிஸ்டிக் செயல்பாட்டிலிருந்து முக்கியமான PEG மதிப்பைத் தீர்மானித்தனர்.. இந்த அடிப்படையில், மீட்டெடுப்பு சமன்பாட்டின் சாய்வு செயல்பாட்டை அதன் முதல்-வரிசை வழித்தோன்றல்களைப் பெறுவதன் மூலம் அவர்கள் பெற்றனர் மற்றும் இந்த அளவுருக்களின் அடிப்படையில் சாய்வு செயல்பாட்டைப் பயன்படுத்தி டிஎன்ஏ துண்டு மீட்பு நிறமாலையை உருவாக்கினர், இது வெவ்வேறு துண்டுகளைப் பிரிப்பதற்காக NaCl மற்றும் PEG இன் செறிவை தீர்மானிக்க முடிந்தது. ^[2]. இது தவிர, அவர்களின் ஆய்வில் pH அவர்களின் அமைப்பின் செயல்திறனில் எந்த விளைவையும் ஏற்படுத்தாது என்றும் PEG இன் மூலக்கூறு எடை அளவு தேவையான செறிவின் அளவிற்கு நேர்மாறான விகிதத்தில் உள்ளது என்றும் கண்டறிந்தனர்..

அதேசமயம் முன்பு ஈ. ஃப்ரோஹ்லிச் மற்றும் பலர் ^[3] டிஎன்ஏவை பாலிஎதிலீன் கிளைகோல்களுடன் பிணைப்பதை ஆய்வு செய்தார் (PEG) வெவ்வேறு அளவுகள் மற்றும் கலவைகள் (எ.கா., PEG 3350, PEG 6000, மற்றும் MPEG-ஆந்த்ராசீன்) உப்பு-அயனி கரைசல்களில். கட்டமைப்பு பகுப்பாய்வு PEG என்று காட்டியது 3350 மற்றும் PEG 6000 மிதமான வளாகங்களை உருவாக்கியது, அதேசமயம் mPEG-anthracene-DNA சேர்க்கைகள் தொடர்பில் உள்ள ஹைட்ரோஃபிலிக் மற்றும் ஹைட்ரோபோபிக் குழுக்களுடன் பலவீனமான தொடர்புகள் இருந்தன.. உருவாக்கப்பட்ட வளாகங்களின் நிலைத்தன்மை PEG இன் வரிசையில் இருந்தது 6000 > PEG 3350 > mPEG-ஆந்த்ராசீன், கிட்டத்தட்ட ஒரு PEG மூலக்கூறு ஒரு DNAவுடன் பிணைக்கப்பட்டுள்ளது. B-DNA க்கு இணக்கமான மாற்றங்கள் எதுவும் காணப்படவில்லை, அதேசமயம் அதிக PEG செறிவுகளில் டிஎன்ஏ ஒடுங்கி துகள்களை உருவாக்குகிறது.

கூடுதலாக, லிங்லிங் லியு மற்றும் பலர்^[2] டிஎன்ஏ துண்டுகள் மற்றும் லைசின்-செயல்படுத்தப்பட்ட சிலிக்கா துகள்களின் மேற்பரப்புக்கு இடையே உள்ள மின்னியல் தொடர்புகளை சுற்றுப்புற pH இன் படி சரிசெய்வதன் மூலம் லைசின் சிலிக்கா துகள்கள் பைனரி மற்றும் ட்ரினரி டிஎன்ஏ கலவைகளின் அளவு-தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட பிரிப்புக்கு பயன்படுத்தப்படலாம் என்பதை நிரூபித்தது., குறிப்பாக, அயனி வலிமை. டிஎன்ஏ துண்டுகளின் கட்டணம், மற்றும் எதிர் மின்னூட்டம் கொண்ட சிலிக்கா துகள்களின் மேற்பரப்புக்கும் அவற்றுக்கும் இடையே உள்ள மின்னியல் இடைவினைகள், சுற்றுச்சூழலின் pH மூலம் தீர்மானிக்கப்பட்டது. டிஎன்ஏ துண்டுகளின் மின்னூட்டம் மற்றும் எதிர் சார்ஜ் செய்யப்பட்ட சிலிக்கா துகள்களின் மேற்பரப்புடன் அவற்றின் மின்னியல் தொடர்புகள் டிஎன்ஏ துண்டுகளின் அளவோடு நெருக்கமாக தொடர்புடையவை., மற்றும் Lys-SiO2 துகள்களைப் பயன்படுத்தி டிஎன்ஏ துண்டுகளைத் தேர்ந்தெடுத்துப் பிரிக்கும் வழிமுறை படத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளது 1.

இல் 2020 அலெக்ஸி மற்றும் பலர் ^[4] டிஎன்ஏ துண்டுகளின் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட தனிமைப்படுத்தலின் இடைவெளியை மாற்றியது 150-800 bp to 1.5-7 காந்த மணி இடையகத்தில் NaCl இன் செறிவை சரிசெய்வதன் மூலம் Kbp. NaCl ஐ மற்ற கேஷன்களுடன் மாற்றும் போது மற்றும் பாலிஎதிலின்கிளைகோலின் செறிவைக் குறைக்கும் போது (PEG) 8000, தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட பிரிக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ துண்டு இடைவெளிகள் வேறுபட்டது, இங்கு LiCl மிகவும் பயனுள்ளதாக இருக்கும்.

2023 டான்லி மற்றும் பலர் ^[5] பாலிஎதிலீன் கிளைகோலின் முக்கியமான செறிவுகளின் அதிகபட்ச மீட்டெடுப்பை சோதித்தது (PEG) 8000 மற்றும் 300 nm கார்பாக்சிலேட்டட் காந்த மணிகள், கார்பாக்சிலேட்டட் காந்த மணிகளுக்கான காந்த மணி தாங்கல் கலவையை தீர்மானித்தல் 20% PEG 8000, 2எம் NaCl, மற்றும் 16.3 mM MgCl2, சேர்த்து 1.25 mg/ml காந்த மணிகள். அவர்கள் பின்னர் ஒரு கட்டுப்பாட்டு பெக்மேனுடன் ஒப்பிடக்கூடிய டிஎன்ஏ மீட்புக்கான நெறிமுறையை சோதித்தனர் (AMPure XP காந்த மணிகள்).

வெவ்வேறு வகையான காந்த மணிகளின் வெவ்வேறு அளவுருக்கள் காரணமாக ரிசர்வ் பஃபர்கள் உலகளாவியவை அல்ல. எனினும், திறமையான மீட்டெடுப்பு அல்லது வெவ்வேறு சோதனை நோக்கங்களுக்காக அறியப்பட்ட தரவு முடிவுகளின் அடிப்படையில் எந்த ஆராய்ச்சியாளரும் காந்த மணி இடைநீக்க இடையகத்தை மேலும் மேம்படுத்த முடியும்.. நிலையான வணிக டிஎன்ஏ சுத்திகரிப்பு முறைகள் முதல் SPRI பீட் செறிவுகள் மற்றும் உகந்த மணி இடைநீக்க பஃபர்களை சரிசெய்வது வரை, இது பல்வேறு டிஎன்ஏ கையாளுதல் நிலைமைகளுக்கு அதிக நெகிழ்வுத்தன்மை மற்றும் வசதியை ஆராய்ச்சியாளர்களுக்கு வழங்க முடியும். கூடுதலாக, பல்வேறு டிஎன்ஏ சுத்திகரிப்பு உத்திகள் உயிரியல் மற்றும் மருத்துவத் துறைகளில் பயன்பாட்டிற்கான பெரும் ஆற்றலைக் கொண்டுள்ளன.

குறிப்பு：

[1] HE Z, ZHU ஒய், எச். டிஎன்ஏ துண்டுகளின் தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட மழைப்பொழிவுக்கான முக்கியமான பாலிஎதிலீன் கிளைகோல் செறிவைத் தீர்மானிப்பதற்கான ஒரு புதிய முறை[J/OL]. பயன்பாட்டு நுண்ணுயிரியல் மற்றும் பயோடெக்னாலஜி, 2013, 97(20): 9175-9183. DOI:10.1007/s00253-013-5195-0.

[2] HE Z, எக்ஸ்யூ எச், சியாங் எம், மற்றும் பலர். அளவு-தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட டிஎன்ஏ பிரிப்பு: மீட்பு நிறமாலை சோடியம் குளோரைடை தீர்மானிக்க உதவுகிறது (NaCl) மற்றும் பாலிஎதிலீன் கிளைகோல் (PEG) செறிவுகள் தேவை[J/OL]. பயோடெக்னாலஜி ஜர்னல், 2014, 9(10): 1241-1249. DOI:10.1002/biot.201400234.

[3] PEG மற்றும் mPEG-ஆந்த்ராசீன் டிஎன்ஏ ஒடுக்கம் மற்றும் துகள் உருவாக்கம் தூண்டுகிறது | தி ஜர்னல் ஆஃப் பிசிகல் கெமிஸ்ட்ரி பி[EB/OL]. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp205079u.

[4] ஸ்டோர்ட்செவோய் ஏ, கமேலா என், லெவின் எஸ்.எஸ். 2-10kb வரம்பில் SPRI மணிகள் அடிப்படையிலான அளவு தேர்வு[J/OL]. பயோமோலிகுலர் டெக்னிக்ஸ் ஜர்னல் : JBT, 2020, 31(1): 7-10. DOI:10.7171/முதலியன 20-3101-002.

[5] லியு டி, LIQ, LUO ஜே, மற்றும் பலர். நெகிழ்வுத்தன்மை மற்றும் செலவு-செயல்திறனுக்கான SPRI மணிகள் அடிப்படையிலான டிஎன்ஏ சுத்திகரிப்பு உத்தி[J/OL]. BMC ஜெனோமிக்ஸ், 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-வ.

சப்ளையர்

ஷாங்காய் லிங்ஜுன் பயோடெக்னாலஜி கோ., லிமிடெட்இல் நிறுவப்பட்டது 2016 உயிர் காந்த பொருட்கள் மற்றும் நியூக்ளிக் அமிலம் பிரித்தெடுக்கும் உலைகளின் தொழில்முறை உற்பத்தியாளர்.

நியூக்ளிக் அமிலம் பிரித்தெடுத்தல் மற்றும் சுத்திகரிப்பு ஆகியவற்றில் எங்களுக்கு சிறந்த அனுபவம் உள்ளது, புரத சுத்திகரிப்பு, செல் பிரிப்பு, இரசாயன ஒளிர்வு, மற்றும் பிற தொழில்நுட்ப துறைகள்.

எங்கள் தயாரிப்புகள் பல துறைகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன, மருத்துவ பரிசோதனை போன்றவை, மரபணு சோதனை, பல்கலைக்கழக ஆராய்ச்சி, மரபணு இனப்பெருக்கம், மற்றும் பல. நாங்கள் தயாரிப்புகளை வழங்குவது மட்டுமல்லாமல் OEM ஐயும் மேற்கொள்ள முடியும், ODM, மற்றும் பிற தேவைகள். உங்களுக்கு தொடர்புடைய தேவை இருந்தால், தயவு செய்து எங்களை தொடர்பு கொள்ளவும்sales01@lingjunbio.com.