DNA 단편 정렬 연구 및 발전

고상 가역적 고정화 (SPRI) 과거에는 DNA 분리를 위해 기술이 사용되어 왔습니다. 20 연령. 그 안에, 초상자성 카르복실화 자기 비드는 폴리에틸렌 글리콜 조건에서 다양한 크기의 DNA 분자를 선택적으로 침전시키는 데 사용됩니다. (못) 백분율 및 소금 농도, 얻은 제품은 NGS 샘플 라이브러리를 준비하는 데 사용할 수 있습니다.. 이 방법의 핵심 포인트 중 하나는 임계 PEG 값을 결정하는 것입니다. 이는 DNA 단편의 선택적 분리를 위한 가장 중요한 매개변수이기 때문입니다..

이전 연구에서는 DNA 단편의 선택적 분리가 코일형 코일에서 구형으로 DNA 형태의 구조적 변화와 관련이 있음을 발견했습니다.. 이전에, 연구자들은 코일형에서 구형으로 DNA 분자의 전이를 유도하는 임계 PEG 농도를 결정하기 위해 다양한 방법을 사용해 왔습니다., 침전과 같은, 형광 이미징, 점도, UV/Vis 원심분리, 동적 광산란 (DLS), 그리고 원형 이색성. 하지만, 구형 DNA 분자가 고체 표면에 침전되기 때문에 이러한 방법은 자기 비드를 포함하는 DNA 용액에는 적용되지 않았습니다.. 그러므로, 이후 연구자들은 특정 크기의 DNA 단편에 대한 임계 PEG 농도를 결정하기 위해 겔 전기영동을 사용했습니다., 하지만, 이 방법에는 몇 가지 단점이 있습니다, 상대적으로 긴 전기영동 시간과 임계값에 대한 덜 정확한 결과 등.

그러므로, ~에 2013, He Zhangyonget al. ^[1] 다양한 농도의 폴리에틸렌 글리콜의 효과를 연구하는 데 사용됩니다. (못) 존재 하에서 DNA 단편을 회수하는 방법 1 염화나트륨의 고정 농도에서 μm 카르복실화 자기 비드 (NaCl). 그들은 또한 로지스틱 함수를 사용하여 자신의 농도를 PEG 농도에 맞추고 피팅된 로지스틱 함수에서 임계 PEG 값을 결정했습니다.. 이를 바탕으로, 그들은 1차 도함수를 유도하여 회수 방정식의 기울기 함수를 얻었고 이러한 매개변수를 기반으로 기울기 함수를 사용하여 다양한 단편 분리를 위한 NaCl 및 PEG의 농도를 결정할 수 있는 DNA 단편 회수 스펙트럼을 구축했습니다. ^[2]. 이 외에도, 그들은 연구에서 pH가 시스템의 효율성에 영향을 미치지 않으며 PEG의 분자량 크기는 필요한 농도의 크기에 반비례한다는 사실을 발견했습니다..

이전 E. Froehlich 등 ^[3] 폴리에틸렌 글리콜에 대한 DNA의 결합을 조사했습니다. (못) 다양한 크기와 구성의 (예를 들어, 못 3350, 못 6000, 및 MPEG-안트라센) 염이온 용액에서. 구조 분석에 따르면 PEG 3350 그리고 PEG 6000 중간 정도의 복합체가 형성됨, mPEG-안트라센-DNA 부가물은 접촉된 친수성 및 소수성 그룹과 약한 상호작용을 나타냈습니다.. 형성된 복합체의 안정성은 PEG 순서였습니다. 6000 > 못 3350 > mPEG-안트라센, DNA당 거의 하나의 PEG 분자가 결합되어 있음. B-DNA에서는 구조적 변화가 관찰되지 않았습니다., 반면에 더 높은 PEG 농도에서는 DNA가 응축되어 입자를 형성했습니다..

게다가, 링링 리우 등^[2] 주변 pH에 따라 DNA 단편과 라이신 기능화 실리카 입자 표면 사이의 정전기적 상호 작용을 조정하여 라이신 실리카 입자가 이원 및 삼원 DNA 혼합물의 크기 선택적 분리에 사용될 수 있음을 입증했습니다., 특히, 이온 강도. DNA 단편의 전하, 그리고 이들과 반대로 하전된 실리카 입자 표면 사이의 정전기적 상호작용, 환경의 pH에 ​​따라 결정됨. DNA 단편의 전하와 반대로 전하를 띤 실리카 입자 표면과의 정전기적 상호작용은 DNA 단편의 크기와 밀접하게 관련되어 있습니다., Lys-SiO2 입자를 이용한 DNA 단편의 선택적 분리 메커니즘은 그림에 나와 있습니다. 1.

~ 안에 2020 알렉세이 등 ^[4] DNA 단편의 선택적 분리 간격이 이동되었습니다. 150-800 bp 에 1.5-7 자기 비드 버퍼의 NaCl 농도를 조정하여 Kbp. NaCl을 다른 양이온으로 대체하고 폴리에틸렌글리콜의 농도를 낮추는 경우 (못) 8000, 선택적으로 분리된 DNA 단편 간격은 다양함, 여기서는 LiCl이 가장 효과적입니다..

2023 Danli 등 ^[5] 임계 농도의 폴리에틸렌 글리콜의 최대 회수율 테스트 (못) 8000 그리고 300 nm 카르복실화된 자기 비드, 카르복실화된 자기 비드에 대한 자기 비드 완충액 조성을 결정하는 단계 20% 못 8000, 2M NaCl, 그리고 16.3 mM MgCl2, 함께 1.25 mg/ml 자기 비드. 그런 다음 그들은 대조 Beckman과 비교 가능한 DNA 복구 프로토콜을 테스트했습니다. (AMPure XP 자기 비드).

다양한 유형의 자기 비드에 대한 매개변수가 다르기 때문에 예비 버퍼는 보편적이지 않습니다.. 하지만, 모든 연구자는 효율적인 복구 또는 다양한 실험 목적을 위해 알려진 데이터 결과를 기반으로 자기 비드 현탁 버퍼를 추가로 최적화할 수 있습니다.. 표준 상용 DNA 정제 방법부터 SPRI 비드 농도 조정 및 최적의 비드 현탁 완충액까지, 이는 연구자에게 다양한 DNA 조작 조건에 대해 상당한 유연성과 편의성을 제공할 수 있습니다.. 게다가, 다양한 DNA 정제 전략은 생물학 및 의료 분야에 적용할 수 있는 큰 잠재력을 가지고 있습니다..

참조：

[1] HE Z, 주 Y, H에게. DNA 단편의 선택적 침전을 위한 임계 폴리에틸렌 글리콜 농도를 결정하는 새로운 방법[J/OL]. 응용미생물학 및 생명공학, 2013, 97(20): 9175-9183. 도이:10.1007/s00253-013-5195-0.

[2] HE Z, XU H, 시옹엠, 외. 크기 선택적 DNA 분리: 회수 스펙트럼은 염화나트륨을 결정하는 데 도움이 됩니다. (NaCl) 및 폴리에틸렌 글리콜 (못) 필요한 농도[J/OL]. 생명공학저널, 2014, 9(10): 1241-1249. 도이:10.1002/biot.201400234.

[3] PEG 및 mPEG-안트라센은 DNA 응축 및 입자 형성을 유도합니다. | 물리화학저널B[EB/OL]. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp205079u.

[4] 스토르체보이 A, 카멜라 N, 레빈 S S. 2-10kb 범위에서 SPRI 비드 기반 크기 선택[J/OL]. 생체분자 기술 저널 : JBT, 2020, 31(1): 7-10. 도이:10.7171/등 20-3101-002.

[5] 리우 디, 리큐, 루오 J, 외. 유연성과 비용 효율성을 위한 SPRI 비드 기반 DNA 정제 전략[J/OL]. BMC 유전체학, 2023, 24(1): 125. 도이:10.1186/s12864-023-09211-w.

공급자

상하이 링쥔 생명공학 유한회사, 주식회사에 설립되었습니다 2016 생체자성재료 및 핵산추출시약 전문제조업체입니다..

핵산 추출 및 정제 분야에서 풍부한 경험을 보유하고 있습니다., 단백질 정제, 세포 분리, 화학발광, 및 기타 기술 분야.

우리의 제품은 많은 분야에서 널리 사용됩니다., 의료 테스트와 같은, 유전자 검사, 대학 연구, 유전자 육종, 등. 우리는 제품을 제공할 뿐만 아니라 OEM도 수행할 수 있습니다., ODM, 그리고 다른 필요. 관련된 필요사항이 있는 경우, 언제든지 저희에게 연락해주세요.sales01@lingjunbio.com.