Taighde agus Dul chun Cinn i Sórtáil Fragment DNA

Díluailithe inchúlaithe céim soladach (SPRI) baineadh úsáid as teicníochtaí le haghaidh aonrú DNA san am atá thart 20 blianta. Annsin, superparamagnetic carboxylated magnetic beads are used to selectively precipitate DNA molecules of different sizes under conditions of polyethylene glycol (PEG) percentage and salt concentration, and the products obtained can be used to prepare NGS sample libraries. One of the key points of the method is the determination of the critical PEG value since this is the most important parameter for the selective separation of DNA fragments.

Earlier studies have found that selective isolation of DNA fragments is associated with a conformational shift in DNA morphology from coiled-coil to globular. Previously, researchers have used a variety of methods to determine the critical PEG concentration that induces the transition of DNA molecules from coiled to spherical, such as sedimentation, fluorescence imaging, viscosity, Lártheifneoiriú UV/Vis, agus scaipthe solais dinimiciúil (DLS), agus dichroism ciorclach. Mar sin féin, níor bhain na modhanna seo le tuaslagáin DNA ina raibh coirníní maighnéadacha toisc go ndéanfadh na móilíní DNA cruinneogacha deascadh ar dhromchlaí soladacha. Dá bhrí sin, bhain taighdeoirí níos déanaí úsáid as leictreafóiréis glóthach chun an tiúchan criticiúil PEG do blúirí DNA de mhéid sonrach a chinneadh, áfach, tá roinnt míbhuntáistí ag an modh seo, amhail an t-am leictreafóiréis sách fada agus torthaí nach bhfuil chomh cruinn le haghaidh luachanna criticiúla.

Dá bhrí sin, isteach 2013, Sé Zhangyong et al. ^[1] a úsáidtear chun staidéar a dhéanamh ar éifeacht na dtiúchan éagsúla de glycol poileitiléin (PEG) ar aisghabháil blúirí DNA i láthair na 1 coirníní maighnéadacha carboxylated μm ag tiúchan seasta de chlóiríd sóidiam (NaCl). They also fitted their concentrations to the PEG concentration by a logistic function and determined the critical PEG value from the fitted logistic function. On this basis, they obtained the slope function of the recovery equation by deriving its first-order derivatives and used the slope function based on these parameters to build a DNA fragment recovery spectrum which was able to determine the concentration of NaCl and PEG for the separation of different fragments ^[2]. In addition to this, they found in their study that pH has no effect on the effectiveness of their system and that the molecular weight size of PEG is inversely proportional to the size of the concentration required.

Whereas earlier E. Froehlich et al ^[3] investigated the binding of DNA to polyethylene glycols (PEG) of different sizes and compositions (e.g., PEG 3350, PEG 6000, and MPEG-anthracene) in salt-ionic solutions. Structural analysis showed that PEG 3350 and PEG 6000 formed moderate complexes, whereas the mPEG-anthracene-DNA adducts had weak interactions with hydrophilic and hydrophobic groups in contact. The stability of the complexes formed was in the order of PEG 6000 > PEG 3350 > mPEG-anthracene, with almost one PEG molecule bound per DNA. No conformational changes were observed for B-DNA, whereas at higher PEG concentrations the DNA condensed and formed particles.

Ina theannta sin, Lingling Liu et al^[2] léirigh go bhféadfaí cáithníní shilice lísín a úsáid chun meascáin DNA dhénártha agus thrínártha a dheighilt go roghnaíoch trí na hidirghníomhaíochtaí leictreastatacha idir blúirí DNA agus dromchla cáithníní silice lísín-fheidhmithe a choigeartú de réir an pH comhthimpeallach, go háirithe, an neart ianach. Muirear na blúirí DNA, agus na hidirghníomhaíochtaí leictreastatacha eatarthu agus dromchla na gcáithníní shilice atá luchtaithe go contrártha, arna chinneadh ag an pH an chomhshaoil. Tá dlúthbhaint idir lucht na blúirí DNA agus a n-idirghníomhaíochtaí leictreastatacha le dromchla na gcáithníní silice atá luchtaithe go contrártha le méid na blúirí DNA, agus tá an mheicníocht deighilte roghnach blúirí DNA ag baint úsáide as cáithníní Lys-SiO2 léirithe i bhFíor 1.

I 2020 Alexei et al ^[4] shifted the interval of selective isolation of DNA fragments of 150-800 bp go 1.5-7 Kbp by adjusting the concentration of NaCl in the magnetic bead buffer. When replacing NaCl with other cations and lowering the concentration of polyethyleneglycol (PEG) 8000, the selectively separated DNA fragment intervals varied, with LiCl being the most effective here.

2023 Danli et al ^[5] tested the maximized recovery of critical concentrations of polyethylene glycol (PEG) 8000 agus 300 nm carboxylated magnetic beads, determining a magnetic bead buffer composition for carboxylated magnetic beads of 20% PEG 8000, 2M NaCl, agus 16.3 mM MgCl2, along with 1.25 mg/ml magnetic beads. They then tested the protocol for DNA recovery comparable to a control Beckman (AMPure XP magnetic beads).

Níl maoláin cúlchiste uilíoch mar gheall ar pharaiméadair éagsúla cineálacha éagsúla coirníní maighnéadacha. Mar sin féin, is féidir le haon taighdeoir an maolán crochta coirníní maighnéadacha a bharrfheabhsú a thuilleadh bunaithe ar thorthaí sonraí aitheanta le haghaidh aisghabháil éifeachtach nó chun críocha turgnamhacha éagsúla. Ó mhodhanna caighdeánacha íonú DNA tráchtála go dtí tiúchain coirníní SPRI agus na maoláin fionraí coirníní is fearr a choigeartú, is féidir leis seo go leor solúbthachta agus áise a sholáthar do thaighdeoirí maidir le coinníollacha éagsúla ionramhála DNA. Ina theannta sin, tá an-acmhainneacht ag straitéisí éagsúla íonú DNA a chur i bhfeidhm sna réimsí bitheolaíochta agus leighis.

Tagairt：

[1] HE Z, Zhu Y, A H. Modh nua chun tiúchan gliocól poileitiléin ríthábhachtach a chinneadh le haghaidh deascadh roghnach blúirí DNA[J/OL]. Micribhitheolaíocht Fheidhmeach agus Biteicneolaíocht, 2013, 97(20): 9175-9183. DOI:10.1007/s00253-013-5195-0.

[2] HE Z, XU H, XIONG M, et al. Scaradh DNA atá roghnaíoch ó thaobh méide: Cuidíonn speictream aisghabhála chun an clóiríd sóidiam a chinneadh (NaCl) agus glycol poileitiléin (PEG) comhchruinnithe ag teastáil[J/OL]. Iris Biteicneolaíochta, 2014, 9(10): 1241-1249. DOI:10.1002/biot.201400234.

[3] PEG agus mPEG – Antracéin aslú Comhdhlúthú DNA agus Foirmiú Cáithníní | Iris na Ceimice Fisiciúla B[EB/OL]. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp205079u.

[4] STRTCHEVOI A, KAMELA N, LEVINE S. Roghnú Méid SPRI Coirníní-bhunaithe sa Raon 2-10kb[J/OL]. Iris na dTeicnící Bithmhóilíneacha : JBT, 2020, 31(1): 7-10. DOI:10.7171/srl 20-3101-002.

[5] LIU D, LIQ, LUO J, et al. Straitéis um íonú DNA atá bunaithe ar choirníní SPRI maidir le solúbthacht agus cost-éifeachtúlacht[J/OL]. Géanómaíocht BMC, 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-w.

Soláthraí

Shanghai Lingjun Biteicneolaíocht Co., Teo.bunaíodh i 2016 atá ina mhonaróir gairmiúil d'ábhair bithmhaighnéadacha agus imoibrithe eastóscadh aigéid núicléacha.

Tá taithí shaibhir againn in eastóscadh agus íonú aigéad núicléasach, íonú próitéine, scaradh cille, ceimileacanacht, agus réimsí teicniúla eile.

Úsáidtear ár gcuid táirgí go forleathan i go leor réimsí, mar thástáil leighis, tástáil ghéiniteach, taighde ollscoile, pórú géiniteach, agus mar sin de. Ní chuirimid ar fáil ach táirgí ach freisin is féidir tabhairt faoi OEM, ODM, agus riachtanais eile. Má tá riachtanas gaolmhar agat, bíodh leisce ort teagmháil a dhéanamh linn agdíolacháin01@lingjunbio.com.