DNA খণ্ড বাছাইয়ের জন্য প্রাথমিক কৌশল এবং প্রয়োগ

নিউক্লিক অ্যাসিডের চৌম্বকীয় গুটিকা বিশুদ্ধকরণের নীতিটি সলিড-ফেজ রিভার্সিবল ইমোবিলাইজেশন প্রযুক্তি (SPRI) এর উপর ভিত্তি করে, যার কর্মের প্রক্রিয়া এখনও খুব স্পষ্ট নয়. লবণ সেতু তত্ত্ব বর্তমানে একটি আরো বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যা, যে, অ্যালকোহল এবং লবণের দ্রবণের উচ্চ ঘনত্বে ডিএনএ অণুর বাইরে হাইড্রেশন স্তরের জল জব্দ করে, ডিএনএ অণু বৃষ্টিপাতের একত্রীকরণের ফলে, যাতে নেতিবাচক চার্জযুক্ত ফসফেট গ্রুপগুলি উন্মুক্ত হয়. লবণ আয়ন একটি "লবণ সেতু" গঠন করে, একটি "বৈদ্যুতিক সেতু"ও বলা হয়, জপমালা পৃষ্ঠের গ্রুপ সঙ্গে, যার ফলে ডিএনএ পুঁতির পৃষ্ঠে শোষিত হয়.

Isopropanol এবং ইথানল বৃষ্টিপাত খুব শক্তিশালী, তাই খণ্ড বাছাই সাধারণত ব্যবহার করা হয় না, কিন্তু nonionic জল দ্রবণীয় পলিমার PEG, যে, পলিথিন গ্লাইকোল একটি প্রবর্তক হিসাবে, এবং সান্দ্র পিইজির কারণে যাতে বাফারে চৌম্বকীয় পুঁতি একটি ভাল সাসপেনশন পেতে পারে. ডিএনএ বাঁধাই প্রক্রিয়ার মধ্যে, চৌম্বক পুঁতি ডিএনএর সাথে আরও সম্পূর্ণভাবে যোগাযোগ করা যেতে পারে, এবং পিইজি প্রোটিন বিকৃতকরণ এবং অ-নির্দিষ্ট শোষণ সৃষ্টি করা সহজ নয়. তবে, PEG-এর DNA জমার প্রভাব সহজেই pH এবং তাপমাত্রা দ্বারা প্রভাবিত হয়, এবং তাপমাত্রা খুব কম হলে PEG পানিতে সহজে দ্রবণীয় হয় না, তাই চৌম্বক পুঁতি সাধারণত ব্যবহারের আগে ঘরের তাপমাত্রায় সামঞ্জস্য করা প্রয়োজন, এবং কিছু কম পিএইচ স্টেবিলাইজার, যেমন Tris-HCl, ইত্যাদি, চৌম্বক গুটিকা বাফার যোগ করা হবে.

যত লম্বা ডিএনএ, আরও নেতিবাচক চার্জযুক্ত ফসফেট গ্রুপগুলি পৃষ্ঠে উন্মুক্ত হয়, পুরো অণুর ঋণাত্মক চার্জ তত শক্তিশালী, চৌম্বক পুঁতির শোষণ করা তত সহজ, এবং এটি পুনরুদ্ধারের জন্য শুধুমাত্র PEG এবং NaCl-এর একটি কম ঘনত্ব প্রয়োজন; ডিএনএ যত ছোট, পৃষ্ঠের হাইড্রেশন স্তরকে আরও পুঙ্খানুপুঙ্খভাবে ধ্বংস করার জন্য PEG এবং NaCl এর ঘনত্ব যত বেশি হবে, এবং চৌম্বকীয় পুঁতি দ্বারা শোষিত হওয়ার জন্য যথেষ্ট নেতিবাচক চার্জযুক্ত ফসফেট গোষ্ঠীগুলিকে প্রকাশ করা, এবং এইভাবে পুনরুদ্ধার. এবং এইভাবে ফিরে ফিরে. তাই আপনি যদি খাটো ডিএনএ খণ্ড পুনরুদ্ধার করতে চান, আপনি চৌম্বক জপমালা একটি বড় ভলিউম যোগ করতে হবে (চিত্রে দেখানো হয়েছে 1).

অতএব, খণ্ড বাছাইয়ের সাধারণ পদ্ধতি হল প্রথম রাউন্ডে পাতলা গুটিকা বাফারের সাহায্যে বড় টুকরা শোষণ করা।, এবং তারপর সুপারনেট্যান্ট গ্রহণের পর দ্বিতীয় রাউন্ডে নির্দিষ্ট টুকরোগুলি শোষণ করতে পুঁতি বাফার যোগ করুন, কাঙ্খিত খণ্ডিত ডিএনএ পেতে. বর্তমানে, বাজারের বেশিরভাগ ফ্র্যাগমেন্ট বাছাই স্কিম বিভিন্ন দৈর্ঘ্যের টুকরো পুনরুদ্ধার করতে লবণ আয়ন এবং PEG এর শতাংশের সাথে বিভিন্ন ঘনত্বের সংমিশ্রণে কার্বক্সিলেটেড পুঁতি ব্যবহার করে, কিন্তু অবশ্যই, আরেকটি স্কিম আছে, যা প্রেরিত পদ্ধতি কার্বক্সিলেটেড চৌম্বকীয় পুঁতি দিয়ে প্রথম শোষণকারী বড় অংশ (সাবস্ট্রেট A চিত্রে দেখানো হয়েছে. 2) লবণ আয়ন এবং পিইজি একটি নির্দিষ্ট ঘনত্বে, এবং তারপর সিলিকা-হাইড্রোক্সিলেটেড চৌম্বকীয় পুঁতি দিয়ে ছোট ছোট টুকরো শোষণ করে (সাবস্ট্রেট বি চিত্রে দেখানো হয়েছে. 2) লবণ আয়ন এবং পিইজি একটি নির্দিষ্ট ঘনত্বে ^[2].

টুকরো সাজানোর জন্য চৌম্বকীয় গুটিকা পদ্ধতি একটি দক্ষ, দ্রুত, এবং অত্যন্ত নির্দিষ্ট কৌশল, এবং খণ্ড বাছাই এনজিএস লাইব্রেরি প্রস্তুতি প্রক্রিয়ার অন্যতম প্রধান পদক্ষেপ. খণ্ড বাছাই মাধ্যমে, এটি নিশ্চিত করতে পারে যে লাইব্রেরিতে ডিএনএ খণ্ডের আকার সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মের প্রয়োজনীয়তা পূরণ করে, এইভাবে সিকোয়েন্সিং ডেটার গুণমান এবং বিশ্লেষণের নির্ভুলতা উন্নত করা. আণবিক নির্ণয়ের ক্ষেত্রে, খণ্ড-বাছাই প্রযুক্তি সংবেদনশীলতা এবং সনাক্তকরণের নির্দিষ্টতা উন্নত করতে ব্যবহৃত হয়. ফ্র্যাগমেন্ট বাছাই চৌম্বকীয় জপমালা ডাউনস্ট্রিম পরীক্ষার জন্য পিসিআর পণ্যগুলির পরিশোধনের জন্যও ব্যবহার করা যেতে পারে.

তথ্যসূত্র:

[1] এলআইইউ ডি, LIQ, লুও জে, ইত্যাদি. নমনীয়তা এবং খরচ-কার্যকারিতার জন্য একটি SPRI পুঁতি-ভিত্তিক ডিএনএ পরিশোধন কৌশল[J/OL]. বিএমসি জিনোমিক্স, 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-w.

[2] ঝাং বি, ZHAO S, WAN H, ইত্যাদি. চৌম্বকীয় ন্যানো-প্ল্যাটফর্ম ব্যবহার করে উচ্চ-রেজোলিউশন ডিএনএ আকার সমৃদ্ধকরণ এবং নন-ইনভেসিভ প্রসবপূর্ব পরীক্ষায় অ্যাপ্লিকেশন[J/OL]. বিশ্লেষক, 2020, 145(17): 5733-5739. DOI:10.1039/D0AN00813C.

সরবরাহকারী

সাংহাই লিংজুন বায়োটেকনোলজি কো., লিমিটেডসালে প্রতিষ্ঠিত হয় 2016 যা বায়োম্যাগনেটিক উপকরণ এবং নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন বিকারকগুলির একটি পেশাদার প্রস্তুতকারক.

আমাদের নিউক্লিক অ্যাসিড নিষ্কাশন এবং পরিশোধন সমৃদ্ধ অভিজ্ঞতা আছে, প্রোটিন পরিশোধন, কোষ বিচ্ছেদ, কেমিলুমিনেসেন্স, এবং অন্যান্য প্রযুক্তিগত ক্ষেত্র.

আমাদের পণ্য ব্যাপকভাবে অনেক ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়, যেমন মেডিকেল টেস্টিং, জেনেটিক পরীক্ষা, বিশ্ববিদ্যালয় গবেষণা, জেনেটিক প্রজনন, এবং তাই. আমরা কেবল পণ্য সরবরাহ করি না তবে OEM গ্রহণ করতে পারি, ওডিএম, এবং অন্যান্য প্রয়োজন. আপনি যদি একটি সম্পর্কিত প্রয়োজন আছে, এ আমাদের সাথে যোগাযোগ বিনা দ্বিধায় দয়া করেsales01@lingjunbio.com.