Основные стратегии и приложения для сортировки фрагментов ДНК

Принцип очистки нуклеиновых кислот магнитными шариками основан на технологии твердофазной обратимой иммобилизации (SPRI)., из которых механизм действия еще не очень ясен. Теория соляных мостиков в настоящее время является более научным объяснением., то есть, в более высоких концентрациях спирт и раствор соли захватывают воду гидратного слоя вне молекул ДНК, что приводит к агрегации молекул ДНК, осаждению, так что отрицательно заряженные фосфатные группы подвергаются воздействию. Ионы соли образуют «солевой мостик»., также называется «электрический мост», с группами на поверхности бусин, вызывая адсорбцию ДНК на поверхности шариков.

Осаждение изопропанолом и этанолом слишком сильно., поэтому сортировка фрагментов обычно не используется, но неионогенные водорастворимые полимеры ПЭГ, то есть, полиэтиленгликоль в качестве осадителя, и из-за вязкого ПЭГ, чтобы магнитные шарики в буфере получили хорошую суспензию.. В процессе связывания ДНК, магнитные шарики могут более полно контактировать с ДНК, и ПЭГ нелегко вызвать денатурацию белка и неспецифическую адсорбцию.. Однако, на эффект осаждения ДНК ПЭГ легко влияют pH и температура, и ПЭГ плохо растворяется в воде при слишком низкой температуре., так магнитные бусины перед использованием обычно необходимо уравновешивать при комнатной температуре, и некоторые стабилизаторы с низким pH, такие как Трис-HCl, и т. д., будет добавлен в буфер магнитных шариков.

Чем длиннее ДНК, тем более отрицательно заряженные фосфатные группы выходят на поверхность, тем сильнее отрицательный заряд всей молекулы, тем легче он адсорбируется на магнитных шариках, и для его восстановления необходима только более низкая концентрация ПЭГ и NaCl.; чем короче ДНК, тем более высокая концентрация ПЭГ и NaCl необходима для более тщательного разрушения гидратного слоя на поверхности, и обнажить достаточное количество отрицательно заряженных фосфатных групп, которые могут быть адсорбированы магнитными шариками., и таким образом выздоровел. и таким образом восстановился обратно. Итак, если вы хотите восстановить более короткие фрагменты ДНК, вам нужно добавить больший объем магнитных бусин (показано на рисунке 1).

Поэтому, Общая процедура сортировки фрагментов заключается в адсорбции больших фрагментов разбавленным буфером в первом раунде., а затем добавить шариковый буфер для адсорбции указанных фрагментов во втором раунде после взятия супернатанта, чтобы получить желаемую фрагментированную ДНК. В настоящее время, В большинстве представленных на рынке схем сортировки фрагментов используются карбоксилированные шарики в сочетании с различными концентрациями ионов соли и процентным содержанием ПЭГ для извлечения фрагментов разной длины., но, конечно, есть другая схема, который метод апостола первой адсорбции крупных фрагментов карбоксилированными магнитными шариками (Подложка А показана на фиг.. 2) при определенной концентрации ионов соли и ПЭГ, а затем адсорбировать небольшие фрагменты магнитными шариками, гидроксилированными диоксидом кремния. (Подложка B показана на рис.. 2) при определенной концентрации ионов соли и ПЭГ ^[2].

Метод магнитных шариков для сортировки фрагментов является эффективным, стремительный, и очень специфическая техника, а сортировка фрагментов — один из ключевых этапов в процессе подготовки библиотеки NGS.. Через сортировку фрагментов, он может гарантировать, что размер фрагментов ДНК в библиотеке соответствует требованиям платформы секвенирования., тем самым улучшая качество данных секвенирования и точность анализа.. В области молекулярной диагностики, технология сортировки фрагментов используется для повышения чувствительности и специфичности обнаружения.. Магнитные шарики для сортировки фрагментов также можно использовать для очистки продуктов ПЦР для последующих экспериментов..

Ссылки:

[1] ЛЮ Д, ЖИДКОСТЬ, ЛУО Дж., и т. д.. Стратегия очистки ДНК на основе гранул SPRI, обеспечивающая гибкость и экономическую эффективность[J/OL]. БМК Геномика, 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-w.

[2] ЧЖАН Б., Чжао С, ВАН Х, и т. д.. Обогащение ДНК высокого разрешения с использованием магнитной наноплатформы и применение в неинвазивном пренатальном тестировании[J/OL]. Аналитик, 2020, 145(17): 5733-5739. DOI:10.1039/D0AN00813C.

Поставщик

Шанхайская биотехнологическая компания Линцзюнь., ОООбыл создан в 2016 который является профессиональным производителем биомагнитных материалов и реагентов для экстракции нуклеиновых кислот..

Мы имеем богатый опыт в экстракции и очистке нуклеиновых кислот., очистка белка, разделение клеток, хемилюминесценция, и другие технические области.

Наша продукция широко используется во многих областях., например, медицинское тестирование, генетическое тестирование, университетские исследования, генетическое разведение, и так далее. Мы не только поставляем продукцию, но и можем взять на себя OEM, ОДМ, и другие потребности. Если у вас есть соответствующая потребность, пожалуйста, не стесняйтесь обращаться к нам по адресуsales01@lingjunbio.com.