டிஎன்ஏ துண்டு வரிசைப்படுத்துதலுக்கான அடிப்படை உத்திகள் மற்றும் பயன்பாடு

நியூக்ளிக் அமிலங்களின் காந்த மணி சுத்திகரிப்பு கொள்கையானது திட-கட்ட மீளக்கூடிய அசையாமை தொழில்நுட்பத்தை அடிப்படையாகக் கொண்டது (SPRI), இதில் செயல்பாட்டின் வழிமுறை இன்னும் தெளிவாக இல்லை. உப்பு பாலம் கோட்பாடு தற்போது மிகவும் அறிவியல் விளக்கமாக உள்ளது, அதாவது, ஆல்கஹால் மற்றும் உப்புக் கரைசலின் அதிக செறிவுகளில் டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகளுக்கு வெளியே உள்ள நீரேற்ற அடுக்கின் நீரைக் கைப்பற்றுகிறது, டிஎன்ஏ மூலக்கூறுகள் மழைப்பொழிவு ஒருங்கிணைப்பு விளைவாக, அதனால் எதிர்மறையாக சார்ஜ் செய்யப்பட்ட பாஸ்பேட் குழுக்கள் வெளிப்படும். உப்பு அயனிகள் ஒரு "உப்பு பாலத்தை" உருவாக்குகின்றன, "மின்சார பாலம்" என்றும் அழைக்கப்படுகிறது, மணிகளின் மேற்பரப்பில் உள்ள குழுக்களுடன், டிஎன்ஏவை மணிகளின் மேற்பரப்பில் உறிஞ்சுவதற்கு காரணமாகிறது.

ஐசோப்ரோபனோல் மற்றும் எத்தனால் மழைப்பொழிவு மிகவும் வலிமையானது, எனவே துண்டு வரிசைப்படுத்துதல் பொதுவாக பயன்படுத்தப்படுவதில்லை, ஆனால் அயோனிக் நீரில் கரையக்கூடிய பாலிமர்கள் PEG, அதாவது, பாலிஎதிலீன் கிளைகோல் ஒரு வீழ்படிவு, மற்றும் பிசுபிசுப்பான PEG காரணமாக, தாங்கலில் உள்ள காந்த மணிகள் நல்ல இடைநீக்கத்தைப் பெறுகின்றன. டிஎன்ஏ பிணைப்பு செயல்பாட்டில், காந்த மணிகள் டிஎன்ஏ உடன் முழுமையாக தொடர்பு கொள்ள முடியும், மற்றும் PEG ஆனது புரதக் குறைப்பு மற்றும் குறிப்பிட்ட அல்லாத உறிஞ்சுதலை ஏற்படுத்துவது எளிதல்ல. எனினும், PEG இன் DNA படிவு விளைவு pH மற்றும் வெப்பநிலையால் எளிதில் பாதிக்கப்படுகிறது, மற்றும் வெப்பநிலை மிகவும் குறைவாக இருக்கும் போது PEG தண்ணீரில் எளிதில் கரையாது, அதனால் காந்த மணிகள் பொதுவாக பயன்படுத்துவதற்கு முன் அறை வெப்பநிலையில் சமநிலைப்படுத்தப்பட வேண்டும், மற்றும் சில குறைந்த pH நிலைப்படுத்திகள், Tris-HCl போன்றவை, முதலியன, காந்த மணி தாங்கலில் சேர்க்கப்படும்.

இனி டி.என்.ஏ, அதிக எதிர்மறையாக சார்ஜ் செய்யப்பட்ட பாஸ்பேட் குழுக்கள் மேற்பரப்பில் வெளிப்படும், முழு மூலக்கூறின் எதிர்மறை மின்னூட்டம் வலிமையானது, காந்த மணிகளுடன் உறிஞ்சப்படுவது எளிதானது, அதை மீட்டெடுக்க PEG மற்றும் NaCl இன் குறைந்த செறிவு மட்டுமே தேவை; டிஎன்ஏ குறுகியது, PEG மற்றும் NaCl இன் அதிக செறிவு மேற்பரப்பில் உள்ள நீரேற்றம் அடுக்கை இன்னும் முழுமையாக அழிக்க தேவைப்படுகிறது., மற்றும் காந்த மணிகளால் உறிஞ்சப்படுவதற்கு போதுமான எதிர்மறையாக சார்ஜ் செய்யப்பட்ட பாஸ்பேட் குழுக்களை வெளிப்படுத்த, இதனால் மீட்கப்பட்டது. இதனால் மீண்டும் மீட்கப்பட்டது. எனவே நீங்கள் குறுகிய டிஎன்ஏ துண்டுகளை மீட்டெடுக்க விரும்பினால், நீங்கள் காந்த மணிகள் ஒரு பெரிய தொகுதி சேர்க்க வேண்டும் (படத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளது 1).

எனவே, துண்டு வரிசையாக்கத்தின் பொதுவான செயல்முறை முதல் சுற்றில் நீர்த்த மணி இடையகத்துடன் பெரிய துண்டுகளை உறிஞ்சுவதாகும்., சூப்பர்நேட்டன்ட் எடுத்த பிறகு இரண்டாவது சுற்றில் குறிப்பிட்ட துண்டுகளை உறிஞ்சுவதற்கு மணி இடையகத்தைச் சேர்க்கவும், விரும்பிய துண்டாக்கப்பட்ட டிஎன்ஏவைப் பெற. தற்போது, சந்தையில் உள்ள பெரும்பாலான துண்டு வரிசைப்படுத்தும் திட்டங்கள் வெவ்வேறு நீளங்களின் துண்டுகளை மீட்டெடுக்க உப்பு அயனிகளின் வெவ்வேறு செறிவுகள் மற்றும் PEG இன் சதவீதங்களுடன் இணைந்து கார்பாக்சிலேட்டட் மணிகளைப் பயன்படுத்துகின்றன., ஆனால் நிச்சயமாக, மற்றொரு திட்டம் உள்ளது, இது அப்போஸ்தலரின் முறை கார்பாக்சிலேட்டட் காந்த மணிகளுடன் கூடிய முதல் உறிஞ்சும் பெரிய துண்டுகள் (அடி மூலக்கூறு A படத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளது. 2) உப்பு அயனிகள் மற்றும் PEG ஒரு குறிப்பிட்ட செறிவு, பின்னர் சிலிக்கா-ஹைட்ராக்சிலேட்டட் காந்த மணிகளுடன் சிறிய துண்டுகளை உறிஞ்சும் (அடி மூலக்கூறு B படத்தில் காட்டப்பட்டுள்ளது. 2) உப்பு அயனிகள் மற்றும் PEG ஒரு குறிப்பிட்ட செறிவு ^[2].

துண்டு வரிசைப்படுத்தலுக்கான காந்த மணி முறை திறமையானது, விரைவான, மற்றும் மிகவும் குறிப்பிட்ட நுட்பம், மற்றும் துண்டு வரிசையாக்கம் NGS நூலக தயாரிப்பு செயல்முறையின் முக்கிய படிகளில் ஒன்றாகும். துண்டு வரிசையாக்கம் மூலம், நூலகத்தில் உள்ள டிஎன்ஏ துண்டுகளின் அளவு வரிசைப்படுத்தும் தளத்தின் தேவைகளைப் பூர்த்தி செய்வதை உறுதிசெய்ய முடியும், இதனால் தரவை வரிசைப்படுத்தும் தரம் மற்றும் பகுப்பாய்வின் துல்லியம் மேம்படும். மூலக்கூறு கண்டறிதல் துறையில், கண்டறிதலின் உணர்திறன் மற்றும் தனித்தன்மையை மேம்படுத்த துண்டு வரிசைப்படுத்தும் தொழில்நுட்பம் பயன்படுத்தப்படுகிறது. துண்டு வரிசைப்படுத்தும் காந்த மணிகள் கீழ்நிலை சோதனைகளுக்கு PCR தயாரிப்புகளை சுத்திகரிக்க பயன்படுத்தப்படலாம்..

குறிப்புகள்:

[1] லியு டி, LIQ, LUO ஜே, முதலியன. நெகிழ்வுத்தன்மை மற்றும் செலவு-செயல்திறனுக்கான SPRI மணிகள் அடிப்படையிலான டிஎன்ஏ சுத்திகரிப்பு உத்தி[J/OL]. BMC ஜெனோமிக்ஸ், 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-வ.

[2] ஜாங் பி, ஜாவ் எஸ், வான் எச், முதலியன. காந்த நானோ-தளத்தைப் பயன்படுத்தி உயர்-தெளிவுத்திறன் கொண்ட டிஎன்ஏ அளவு செறிவூட்டல் மற்றும் ஆக்கிரமிப்பு அல்லாத பிறப்புக்கு முந்தைய சோதனையில் பயன்பாடு[J/OL]. ஆய்வாளர், 2020, 145(17): 5733-5739. DOI:10.1039/D0AN00813C.

சப்ளையர்

ஷாங்காய் லிங்ஜுன் பயோடெக்னாலஜி கோ., லிமிடெட்இல் நிறுவப்பட்டது 2016 உயிர் காந்த பொருட்கள் மற்றும் நியூக்ளிக் அமிலம் பிரித்தெடுக்கும் உலைகளின் தொழில்முறை உற்பத்தியாளர்.

நியூக்ளிக் அமிலம் பிரித்தெடுத்தல் மற்றும் சுத்திகரிப்பு ஆகியவற்றில் எங்களுக்கு சிறந்த அனுபவம் உள்ளது, புரத சுத்திகரிப்பு, செல் பிரிப்பு, இரசாயன ஒளிர்வு, மற்றும் பிற தொழில்நுட்ப துறைகள்.

எங்கள் தயாரிப்புகள் பல துறைகளில் பரவலாகப் பயன்படுத்தப்படுகின்றன, மருத்துவ பரிசோதனை போன்றவை, மரபணு சோதனை, பல்கலைக்கழக ஆராய்ச்சி, மரபணு இனப்பெருக்கம், மற்றும் பல. நாங்கள் தயாரிப்புகளை வழங்குவது மட்டுமல்லாமல் OEM ஐயும் மேற்கொள்ள முடியும், ODM, மற்றும் பிற தேவைகள். உங்களுக்கு தொடர்புடைய தேவை இருந்தால், தயவு செய்து எங்களை தொடர்பு கொள்ளவும்sales01@lingjunbio.com.