Professionel producent af biomagnetiske perler
Grundlæggende strategier og anvendelse til DNA-fragmentsortering
Princippet om magnetisk perleoprensning af nukleinsyrer er baseret på Solid-Phase Reversible Immobilization-teknologi (SPRI), hvoraf virkningsmekanismen endnu ikke er særlig klar. Saltbroteori er i øjeblikket en mere videnskabelig forklaring, altså, i højere koncentrationer af alkohol og saltopløsning beslaglægge vandet i hydreringslaget uden for DNA-molekylerne, resulterer i aggregering af DNA-molekyler udfældning, således at de negativt ladede fosfatgrupper blotlægges. Saltionerne danner en "saltbro", også kaldet en "elektrisk bro", med grupperne på overfladen af perlerne, forårsager, at DNA'et adsorberes på overfladen af perlerne.
Isopropanol og ethanol udfældning er for mægtig, så fragmentsortering bruges generelt ikke, men ikke-ioniske vandopløselige polymerer PEG, altså, polyethylenglycol som udfældningsmiddel, og på grund af den viskøse PEG, så de magnetiske perler i bufferen for at opnå en god suspension. I processen med DNA-binding, de magnetiske perler kan komme i mere fuldstændig kontakt med DNA, og PEG er ikke let at forårsage proteindenaturering og ikke-specifik adsorption. Imidlertid, DNA-aflejringseffekten af PEG påvirkes let af pH og temperatur, og PEG er ikke letopløseligt i vand, når temperaturen er for lav, så de magnetiske perler er generelt påkrævet at være ækvilibreret ved stuetemperatur før brug, og nogle lav pH stabilisatorer, såsom Tris-HCl, osv., vil blive tilføjet til den magnetiske perlebuffer.
Jo længere DNA, de mere negativt ladede fosfatgrupper eksponeres på overfladen, jo stærkere er den negative ladning af hele molekylet, jo lettere er det at blive adsorberet til de magnetiske perler, og kun en lavere koncentration af PEG og NaCl er nødvendig for at genvinde det; jo kortere er DNA'et, jo højere koncentrationen af PEG og NaCl er nødvendig for at ødelægge hydreringslaget på overfladen mere grundigt, og at blotlægge nok negativt ladede fosfatgrupper til at blive adsorberet af de magnetiske perler, og dermed restitueret. og dermed kom sig tilbage. Så hvis du vil gendanne kortere DNA-fragmenter, du skal tilføje en større mængde magnetiske perler (vist i figur 1).
Derfor, den generelle procedure for fragmentsortering er at adsorbere store fragmenter med fortyndet perlebuffer i første runde, og tilsæt derefter perlebuffer for at adsorbere de specificerede fragmenter i anden runde efter at have taget supernatanten, for at få det ønskede fragmenterede DNA. For tiden, de fleste af fragmentsorteringsordningerne på markedet bruger carboxylerede perler i kombination med forskellige koncentrationer af saltioner og procenter af PEG for at genvinde fragmenter af forskellig længde, men selvfølgelig, der er en anden ordning, hvilket er Apostlens metode af første adsorbering af store fragmenter med carboxylerede magnetiske perler (Substrat A vist i fig. 2) ved en vis koncentration af saltioner og PEG, og derefter adsorbere små fragmenter med silica-hydroxylerede magnetiske perler (Substrat B vist i fig. 2) ved en vis koncentration af saltioner og PEG [2].
Den magnetiske perlemetode til fragmentsortering er en effektiv, hurtig, og meget specifik teknik, og fragmentsortering er et af nøgletrinene i NGS-bibliotekets forberedelsesprocessen. Gennem fragmentsortering, det kan sikre, at størrelsen af DNA-fragmenter i biblioteket opfylder kravene til sekventeringsplatformen, dermed forbedre kvaliteten af sekventeringsdata og nøjagtigheden af analysen. Inden for molekylær diagnostik, fragment-sorteringsteknologi bruges til at forbedre følsomheden og specificiteten af detektion. Fragmentsortering af magnetiske perler kan også bruges til oprensning af PCR-produkter til nedstrømsforsøg.
Referencer:
[1] LIU D, LIQ, LUO J, osv. En SPRI-perlebaseret DNA-oprensningsstrategi for fleksibilitet og omkostningseffektivitet[J/OL]. BMC Genomics, 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-w.
[2] ZHANG B, ZHAO S, WAN H, osv. Højopløsnings DNA-størrelse berigelse ved hjælp af en magnetisk nano-platform og anvendelse i non-invasiv prænatal testning[J/OL]. Analytikeren, 2020, 145(17): 5733-5739. DOI:10.1039/D0AN00813C.
Leverandør
Shanghai Lingjun Biotechnology Co., Ltd.blev etableret i 2016 som er en professionel producent af biomagnetiske materialer og nukleinsyreekstraktionsreagenser.
Vi har stor erfaring med udvinding og oprensning af nukleinsyre, proteinoprensning, celleadskillelse, kemiluminescens, og andre tekniske områder.
Vores produkter er meget udbredt inden for mange områder, såsom medicinsk test, genetisk testning, universitetsforskning, genetisk avl, og så videre. Vi leverer ikke kun produkter, men kan også påtage os OEM, ODM, og andre behov. Hvis du har et relateret behov, er du velkommen til at kontakte os påsales01@lingjunbio.com.
