Basis Strategien an Uwendung fir DNA Fragmenter Zortéieren

De Prinzip vun der magnetescher Perlereinung vun Nukleinsäuren baséiert op der Solid-Phase Reversible Immobilization Technologie (SPRI), vun deenen de Mechanismus vun der Handlung nach net ganz kloer ass. Salt Bréck Theorie ass de Moment eng méi wëssenschaftlech Erklärung, dat ass, a méi héije Konzentratioune vun Alkohol a Salzléisung gräifen d'Waasser vun der Hydratatiounsschicht ausserhalb vun den DNA Molekülen, resultéiert zu Aggregatioun vun DNA Molekülen Nidderschlag, sou datt déi negativ gelueden Phosphatgruppen ausgesat sinn. D'Salzione bilden eng "Salzbréck", och eng "elektresch Bréck" genannt, mat de Gruppen op der Uewerfläch vun de Perlen, verursaacht datt d'DNA op d'Uewerfläch vun de Perlen adsorbéiert gëtt.

Isopropanol an Ethanol Nidderschlag ass ze staark, also Fragmenter Sortéierung gëtt allgemeng net benotzt, mee nonionic Waasser-soluble polymerer PEG, dat ass, polyethylene glycol als precipitant, a wéinst dem viskose PEG sou datt d'magnetesch Perlen am Puffer fir eng gutt Suspension ze kréien. Am Prozess vun der DNA Bindung, déi magnetesch Pärelen kënne méi voll mat DNA kontaktéiert ginn, a PEG ass net einfach fir Proteindenaturatioun an net spezifesch Adsorptioun ze verursaachen. Allerdéngs, den DNA Oflagerungseffekt vu PEG gëtt liicht vum pH an Temperatur beaflosst, a PEG ass net einfach am Waasser löslech wann d'Temperatur ze niddreg ass, esou déi magnetesch Perlen Normalerweis musse se virum Gebrauch bei Raumtemperatur ausgeglach ginn, an e puer niddereg pH Stabilisatoren, wéi Tris-HCl, etc., gëtt op de magnetesche Perlebuffer bäigefüügt.

Wat méi laang d'DNA ass, déi méi negativ gelueden Phosphatgruppen sinn op der Uewerfläch ausgesat, wat méi staark ass déi negativ Ladung vum ganze Molekül, wat méi einfach ass et un d'magnetesch Perlen ze adsorbéieren, an nëmmen eng méi niddreg Konzentratioun vu PEG an NaCl ass gebraucht fir et ze recuperéieren; wat d'DNA méi kuerz ass, wat méi héich d'Konzentratioun vu PEG an NaCl ass gebraucht fir d'Hydratatiounsschicht op der Uewerfläch méi grëndlech ze zerstéieren, a genuch negativ gelueden Phosphatgruppen auszeweisen fir vun de magnetesche Perlen ze adsorbéieren, an domat erëmfonnt. an domat erëm erholl. Also wann Dir méi kuerz DNA Fragmenter recuperéiere wëllt, Dir musst e méi grousst Volumen vu magnetesche Perlen addéieren (an der Figur gewisen 1).

Dofir, déi allgemeng Prozedur fir Fragmenter Sortéierung ass grouss Fragmenter mat verdënntem Perlebuffer an der éischter Ronn ze adsorbéieren, a füügt dann Perlebuffer derbäi fir déi spezifizéiert Fragmenter an der zweeter Ronn ze adsorbéieren nodeems Dir Supernatant geholl huet, fir déi gewënscht fragmentéiert DNA ze kréien. Momentan, Déi meescht vun de Fragmenter Sortéierungsschemaen um Maart benotzen carboxyléiert Perlen a Kombinatioun mat verschiddene Konzentratioune vu Salzionen a Prozentsaz vu PEG fir Fragmenter vu verschiddene Längt ze recuperéieren, awer natierlech, et gëtt en anert Schema, wat ass Apostel Method vun éischt adsorbing grouss Fragmenter mat carboxylated magnetesche Perlen (Substrat A an Fig. 2) bei enger gewëssener Konzentratioun vu Salzionen a PEG, an dann adsorbéieren kleng Fragmenter mat silica-hydroxylated magnetesche Perlen (Substrat B an Fig. 2) bei enger gewëssener Konzentratioun vu Salzionen a PEG ^[2].

D'magnetesch Perlemethod fir Fragmenter Sortéierung ass effizient, séier, an héich spezifesch Technik, a Fragmentsortering ass ee vun de Schlëssel Schrëtt am NGS Bibliothéik Virbereedungsprozess. Duerch Fragmenter Sortéierung, et kann suergen datt d'Gréisst vun DNA Fragmenter an der Bibliothéik den Ufuerderunge vun der Sequenzéierungsplattform entsprécht, verbessert also d'Qualitéit vun de Sequenzéierungsdaten an d'Genauegkeet vun der Analyse. Am Beräich vun der molekulare Diagnostik, Fragment-Sortéierungstechnologie gëtt benotzt fir d'Sensibilitéit an d'Spezifizitéit vun der Detektioun ze verbesseren. Fragment sortéierend magnetesch Perlen kënnen och benotzt ginn fir d'Preinung vu PCR Produkter fir Downstream Experimenter.

Referenzen:

[1] LIU D, LIQ, LOU J, etc. Eng SPRI Perlen-baséiert DNA Reinigungsstrategie fir Flexibilitéit a Käschteneffizienz[J/OL]. BMC Genomics, 2023, 24(1): 125. DOI:10.1186/s12864-023-09211-w.

[2] ZENG B, ZHAO S, WAN H, etc. Héichopléisende DNA Gréisst Beräicherung mat enger magnetescher Nano-Plattform an Uwendung an net-invasiv prenataler Tester[J/OL]. Den Analyst, 2020, 145(17): 5733-5739. DOI:10.1039/D0AN00813C.

Fournisseur

Shanghai Lingjun Biotechnology Co., Ltd., Ltd.gouf etabléiert an 2016 deen e professionnelle Hiersteller vu biomagnetesche Materialien an Nukleinsäure Extraktiounsreagenz ass.

Mir hu räich Erfahrung an Nukleinsäure Extraktioun an Offäll, Protein Reinigung, Zell Trennung, Chemilumineszenz, an aner technesch Beräicher.

Eis Produkter gi wäit a ville Beräicher benotzt, wéi medizinesch Tester, genetesch Tester, Universitéit Fuerschung, genetesch Zucht, an esou weider. Mir bidden net nëmmen Produkter, awer och kënnen OEM ënnerhuelen, ODM, an aner Besoinen. Wann Dir e verbonne Besoin hutt, weg fillen gratis eis ze kontaktéieren umsales01@lingjunbio.com.