Mengapa Penyesuaian pH Diperlukan dalam Ekstraksi DNA?

pH sangat penting dalam Ekstraksi DNA dan alasannya adalah sebagai berikut:

1. Menjaga Stabilitas DNA

DNA tetap relatif stabil dalam larutan dengan pH lebih besar dari 5 dan kurang dari 9. Ketika pH terlalu tinggi (misalnya, di atas 12) atau rendah (misalnya, di bawah 3), ikatan hidrogen antara untai ganda DNA akan terdisosiasi, menyebabkan denaturasi DNA. Misalnya, Buffer II berisi 0.2 M NaOH dalam ekstraksi DNA plasmid, menghasilkan pH sistem sebesar 12. 6, yang menginduksi denaturasi DNA kromosom dan plasmid. Akibatnya, perlu untuk menyesuaikan pH kembali ke netral pada langkah selanjutnya. Ini memiliki dua tujuan: Pertama, ini memungkinkan DNA plasmid yang terdenaturasi untuk mengalami renaturasi dan tetap stabil; Kedua, ini memanfaatkan perbedaan ukuran fragmen antara DNA genom dan DNA plasmid (dengan plasmid menjadi lebih kecil dan lebih mungkin untuk digabungkan kembali menjadi dsDNA, sementara gDNA, menjadi terlalu lama, tidak dapat sepenuhnya melakukan reanil dan malah menjadi terjerat, mengendap dengan kompleks protein SDS di bawah pengaruh konsentrasi garam yang tinggi dalam buffer III).

2. Mencegah Degradasi DNA

 EDTA dapat mengikat ion logam seperti Mg²⁺dan Ca²⁺yang ada dalam larutan. Ion logam ini adalah kofaktor untuk DNase. EDTA menghambat aktivitas DNase, sehingga mencegah degradasi DNA dengan mengkelat ion logam ini.

3. Mengoptimalkan Efisiensi Ekstraksi

Penelitian menunjukkan bahwa pH optimal untuk ekstraksi DNA adalah 7,4. Hasil ekstraksi DNA maksimal bila buffer dengan pH 7. 4. Semakin jauh pH menyimpang dari nilai ini, semakin rendah hasil ekstraksi DNA. Misalnya, hasil ekstraksi DNA pada pH 7.4 adalah 1.09, 1.03, 1.06, Dan 1.11 kali lipat pada pH 7,2, 7.6, 7.8, Dan 8.0, masing-masing.

Memfasilitasi Pengikatan Asam Nukleat pada Manik Magnetik: PH yang sesuai dapat mendorong pengikatan asam nukleat ke manik-manik magnetik dalam metode ekstraksi DNA berbasis manik-manik magnetik. Buffer pengikat garam tinggi dapat menetralkan muatan negatif asam nukleat, mengurangi tolakan elektrostatik antara asam nukleat dan manik-manik magnetik, sehingga memfasilitasi adsorpsi asam nukleat ke permukaan manik-manik.

4. Melindungi Aktivitas Lisozim

Lisozim digunakan selama ekstraksi DNA plasmid dari bakteri Gram positif. Lisozim adalah hidrolase glikosida yang dapat menghidrolisis β-1, 4 ikatan glikosidik pada peptidoglikan, komponen kimia utama dinding sel G⁺ bakteri, sehingga memberikan efek litik. Aktivitas lisozim terhambat ketika pH buffer kurang dari 8. Karena itu, penting untuk menjaga pH yang sesuai untuk memastikan aktivitas lisozim.

5. Meningkatkan Efisiensi Elusi

PH buffer elusi secara signifikan mempengaruhi efisiensi elusi DNA. PH buffer elusi harus dijaga antara 7.0 Dan 8.5 untuk memastikan bahwa DNA terelusi sempurna. PH yang terlalu rendah akan mengurangi efisiensi elusi.

Singkatnya, penyesuaian pH sangat penting dalam proses ekstraksi DNA. Ini tidak hanya membantu menjaga stabilitas DNA dan mencegah degradasi tetapi juga mengoptimalkan efisiensi ekstraksi, melindungi aktivitas enzim yang relevan, dan mengoptimalkan kondisi elusi.

Pemasok

Shanghai Lingjun Bioteknologi Co., Ltd.didirikan pada 2016 yang merupakan produsen profesional bahan biomagnetik dan reagen ekstraksi asam nukleat.

Kami memiliki pengalaman yang kaya dalam ekstraksi dan pemurnian asam nukleat, pemurnian protein, pemisahan sel, kimialuminesensi, dan bidang teknis lainnya.

Produk kami banyak digunakan di berbagai bidang, misalnya tes kesehatan, pengujian genetik, penelitian universitas, pemuliaan genetik, dan sebagainya. Kami tidak hanya menyediakan produk tetapi juga dapat melakukan OEM, ODM, dan kebutuhan lainnya. Jika Anda memiliki kebutuhan terkait, jangan ragu untuk menghubungi kami dipenjualan01@lingjunbio.com.