Hoe kan het remmende effect van magnetische korrels op PCR worden verzacht??

Met de vooruitgang van

precisiegeneeskunde en de verlaging van de kosten voor NGS-sequencing,op magnetische kralen gebaseerde nucleïnezuurextractie is de standaardpraktijk geworden in laboratoria voor moleculaire diagnostiek. Om hogere herstelpercentages te bereiken en fouten veroorzaakt door onvolledige elutie te voorkomen, een toenemend aantal onderzoekers kiest ervoor om magnetische korrels die nucleïnezuren opvangen rechtstreeks aan het PCR-systeem toe te voegen voor amplificatie.

Echter

Terwijl dit “PCR met magnetische kralen” aanpak stroomlijnt de workflows, het heeft bij veel beoefenaars verraderlijke frustraties veroorzaakt: PCR-amplificatie mislukt, verhoogde Ct-waarden, of zelfs ontbrekende amplificatiecurven. De boosdoener achter deze problemen zijn vaak de magnetische kralen zelf, die het PCR-systeem remmen.

Velen gaan er intuïtief van uit dat magnetische kralen slechts inerte vaste dragers zijn die de versterking niet mogen verstoren. Toch tonen experimentele gegevens consistent wijdverspreide, door kralen geïnduceerde PCR-remming aan.

Voorlopige experimenten met onze magnetische kralenproducten 160011, 160013, En 220015 voor bead-in-PCR onthuld:

Nee.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011(50 mg/ml)			160013(50 mg/ml)			220015(50 mg/ml)
Inhoud	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg

Resultaat als volgt：

Gebaseerd op elektroforeseresultaten, amplificatie-efficiëntie bij een magnetische korrelconcentratie van 0.5 mg: 220015 < 160013 < 160011; Gegeven de bekende magnetische korreldeeltjesgroottes: 220015 < 160013 < 160011, en rekening houdend met hun specifieke oppervlakte: 160011 < 160013 < 220015, de bindingsplaatsen per kraal onder identieke omstandigheden zijn dus: 160011&lt;160013&lt;220015; Dit zou kunnen verklaren waarom PCR-remming duidelijker wordt naarmate de concentratie van magnetische kralen toeneemt.

Vervolgens

In dit PCR-systeem is een speciale component, een versterker, vereist. Veel voorkomende versterkers zijn betaïne, trehalose, DMSO (dimethylsulfoxide), glycerol, en BSA (runderserumalbumine). Onder deze, BSA fungeert als opofferingssubstraat, bij voorkeur binden aan magnetische korrels om het polymerase te beschermen tegen interferentie door remmers.

Daarom probeerden we te bepalen of de concentratie van magnetische kralen zou worden verminderd (0.025 mg–0,075 mg) aangevuld met 100 μg/ml BSA als PCR-versterker zou gunstiger resultaten opleveren.

Nee.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011(50 mg/ml)			160013(50 mg/ml)			220015(10mg/ml)
Inhoud	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.005mg	0.01mg	0.015mg

Resultaat als volgt：

Er kan worden opgemerkt dat bij 0.025 mg, 160011 En 160013 geen verschil vertonen met de controle, overwegende dat bij 0.05 mg en 0.075 van, hun werkzaamheid neemt geleidelijk af. 220015, consistent met eerdere analyses, vertoont niet alleen uitstekende suspensie-eigenschappen, maar bezit ook een groot specifiek oppervlak met talrijke bindingsplaatsen. Dit maakt effectieve adsorptie van Taq-polymerase mogelijk, waardoor de amplificatie wordt geremd. Toen de concentratie van de magnetische kralen werd verlaagd tot 0.005 mg, de bandintensiteit bereikte slechts de helft van die van de controle.

De fundamentele optimalisatie volgen onder deze omstandigheden, ons 220013 product moet worden geselecteerd voor validatie van de werkzaamheid.：

Nee.	1	2	3	4	5	6	7	8
MB	220013(10mg/ml)				220015(10mg/ml)
Inhoud	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg

Resultaat als volgt：

Er kan worden opgemerkt dat de prestatieresultaten van 220013 En 22015 zijn niet van elkaar te onderscheiden.

De bovengenoemde magnetische kralen 160011, 160013, 220013, En 220015 kunnen allemaal optimale resultaten behalen bij PCR door middel van systeemoptimalisatie. Ze zijn geschikt voor toepassing in POCT-sneltesten, detectie van pathogene micro-organismen, geautomatiseerde extractie, en vergelijkbare scenario's.

Leverancier

Shanghai Lingjun Biotechnologie Co., Ltd.werd opgericht in 2016 dat een professionele fabrikant is van biomagnetische materialen en reagentia voor nucleïnezuurextractie.

We hebben een rijke ervaring in de extractie en zuivering van nucleïnezuren, eiwit zuivering, cel scheiding, chemiluminescentie, en andere technische gebieden.

Onze producten worden op veel gebieden veel gebruikt, zoals medische testen, genetische testen, universitair onderzoek, genetische veredeling, enzovoort. Wij leveren niet alleen producten, maar kunnen ook OEM ondernemen, ODM, en andere behoeften. Als u een gerelateerde behoefte heeft, Neem gerust contact met ons op .