Bagaimana efek penghambatan manik-manik magnetik pada PCR dapat dikurangi??

Dengan kemajuan

pengobatan presisi dan pengurangan biaya pengurutan NGS,ekstraksi asam nukleat berbasis manik magnetik telah menjadi praktik standar di laboratorium diagnostik molekuler. Untuk mencapai tingkat pemulihan yang lebih tinggi dan menghindari kesalahan yang disebabkan oleh elusi yang tidak lengkap, semakin banyak peneliti yang memilih untuk menambahkan manik-manik magnetik yang menangkap asam nukleat langsung ke sistem PCR untuk amplifikasi.

Namun

Sementara ini “PCR dengan manik-manik Magnetik” pendekatan menyederhanakan alur kerja, hal ini telah menimbulkan rasa frustrasi yang berbahaya bagi banyak praktisi: Kegagalan amplifikasi PCR, nilai Ct yang tinggi, atau bahkan tidak adanya kurva amplifikasi. Penyebab di balik masalah ini sering kali adalah manik-manik magnet itu sendiri, yang menghambat sistem PCR.

Banyak orang secara intuitif berasumsi bahwa manik-manik magnet hanyalah pembawa padat inert yang tidak boleh mengganggu amplifikasi. Namun data eksperimen secara konsisten menunjukkan penghambatan PCR yang diinduksi oleh manik secara luas.

Eksperimen awal menggunakan produk manik magnetik kami 160011, 160013, Dan 220015 untuk bead-in-PCR terungkap:

TIDAK.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011（50mg/ml）			160013（50mg/ml）			220015（50mg/ml）
Isi	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg

Hasilnya sebagai berikut：

Berdasarkan hasil elektroforesis, efisiensi amplifikasi pada konsentrasi manik magnetik 0.5 mg: 220015 < 160013 < 160011; Mengingat ukuran partikel manik magnetik yang diketahui: 220015 < 160013 < 160011, dan mempertimbangkan luas permukaan spesifiknya: 160011 < 160013 < 220015, demikianlah situs pengikatan per manik dalam kondisi yang sama: 160011＜160013＜220015; Hal ini mungkin menjelaskan mengapa penghambatan PCR menjadi lebih nyata seiring dengan meningkatnya konsentrasi manik magnetik.

Akibatnya

Komponen khusus—peningkat—diperlukan dalam sistem PCR ini. Peningkat umum termasuk betaine, trehalosa, DMSO (dimetil sulfoksida), gliserin, dan BSA (albumin serum sapi). Diantaranya, BSA bertindak sebagai substrat pengorbanan, lebih disukai mengikat manik-manik magnetik untuk melindungi polimerase dari gangguan inhibitor.

Jadi kami berusaha menentukan apakah mengurangi konsentrasi manik magnetik (0.025 mg–0,075 mg) dilengkapi dengan 100 μg/ml BSA sebagai peningkat PCR akan memberikan hasil yang lebih baik.

TIDAK.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011（50mg/ml）			160013（50mg/ml）			220015（10mg/ml）
Isi	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.005mg	0.01mg	0.015mg

Hasilnya sebagai berikut：

Dapat diamati bahwa pada 0.025 mg, 160011 Dan 160013 tidak menunjukkan perbedaan dari kontrol, sedangkan di 0.05 mg dan 0.075 dari, kemanjurannya semakin berkurang. 220015, konsisten dengan analisis sebelumnya, tidak hanya menunjukkan sifat suspensi yang sangat baik tetapi juga memiliki luas permukaan spesifik yang besar dengan banyak situs pengikatan. Hal ini memungkinkan adsorpsi efektif Taq polimerase, sehingga menghambat amplifikasi. Ketika konsentrasi manik magnet dikurangi menjadi 0.005 mg, intensitas pita hanya mencapai setengah dari kontrol.

Mengikuti optimasi dasar dalam kondisi ini, kita 220013 produk harus dipilih untuk validasi kemanjuran.：

TIDAK.	1	2	3	4	5	6	7	8
MB	220013（10mg/ml）				220015（10mg/ml）
Isi	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg

Hasilnya sebagai berikut：

Dapat diamati bahwa hasil kinerja dari 220013 Dan 22015 tidak dapat dibedakan.

Manik-manik magnet yang disebutkan di atas 160011, 160013, 220013, Dan 220015 semua dapat mencapai hasil PCR yang optimal melalui optimalisasi sistem. Mereka cocok untuk diterapkan dalam pengujian cepat POCT, deteksi mikroorganisme patogen, ekstraksi otomatis, dan skenario serupa.

Pemasok

Shanghai Lingjun Bioteknologi Co., Ltd.didirikan pada 2016 yang merupakan produsen profesional bahan biomagnetik dan reagen ekstraksi asam nukleat.

Kami memiliki pengalaman yang kaya dalam ekstraksi dan pemurnian asam nukleat, pemurnian protein, pemisahan sel, kimialuminesensi, dan bidang teknis lainnya.

Produk kami banyak digunakan di berbagai bidang, misalnya tes kesehatan, pengujian genetik, penelitian universitas, pemuliaan genetik, dan sebagainya. Kami tidak hanya menyediakan produk tetapi juga dapat melakukan OEM, ODM, dan kebutuhan lainnya. Jika Anda memiliki kebutuhan terkait, jangan ragu untuk menghubungi kami .