¿Cómo se puede mitigar el efecto inhibidor de las perlas magnéticas en la PCR??

Con el avance de

medicina de precisión y reducción de costes de secuenciación NGS,La extracción de ácidos nucleicos basada en perlas magnéticas se ha convertido en una práctica estándar en los laboratorios de diagnóstico molecular.. Para lograr mayores tasas de recuperación y evitar errores causados ​​por elución incompleta, Un número cada vez mayor de investigadores opta por agregar perlas magnéticas que capturan ácidos nucleicos directamente en el sistema de PCR para su amplificación..

Sin embargo

Mientras esto “PCR con perlas magnéticas” El enfoque agiliza los flujos de trabajo., ha introducido frustraciones insidiosas para muchos practicantes: Fallos de amplificación por PCR, valores elevados de Ct, o incluso ausencia de curvas de amplificación. El culpable de estos problemas suele ser las propias cuentas magnéticas., que inhiben el sistema de PCR.

Muchos suponen intuitivamente que las perlas magnéticas son simplemente portadores sólidos inertes que no deberían interferir con la amplificación.. Sin embargo, los datos experimentales demuestran consistentemente una inhibición generalizada de la PCR inducida por perlas..

Experimentos preliminares empleando nuestros productos de perlas magnéticas. 160011, 160013, y 220015 para perla en PCR revelado:

No.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MEGABYTE	160011(50 mg/ml)			160013(50 mg/ml)			220015(50 mg/ml)
Contenido	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg

Resultado como sigue：

Basado en resultados de electroforesis., eficiencia de amplificación a una concentración de perlas magnéticas de 0.5 mg: 220015 < 160013 < 160011; Dados los tamaños conocidos de partículas de perlas magnéticas: 220015 < 160013 < 160011, y considerando sus superficies específicas: 160011 < 160013 < 220015, los sitios de unión por perla en condiciones idénticas son así: 160011&lt;160013&lt;220015; Esto puede explicar por qué la inhibición de la PCR se vuelve más pronunciada a medida que aumenta la concentración de perlas magnéticas..

Como consecuencia

Se requiere un componente especial, un potenciador, en este sistema de PCR. Los potenciadores comunes incluyen la betaína., trehalosa, DMSO (dimetilsulfóxido), glicerol, y BSA (albúmina sérica bovina). Entre estos, BSA actúa como sustrato de sacrificio., Se une preferentemente a perlas magnéticas para proteger la polimerasa de la interferencia del inhibidor..

Así que intentamos determinar si reducir la concentración de perlas magnéticas (0.025 mg–0,075 mg) complementado con 100 μg/ml de BSA como potenciador de la PCR produciría resultados más favorables.

No.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MEGABYTE	160011(50 mg/ml)			160013(50 mg/ml)			220015(10 mg/ml)
Contenido	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.005mg	0.01mg	0.015mg

Resultado como sigue：

Se puede observar que al 0.025 mg, 160011 y 160013 no presentan diferencias con respecto al control, mientras que en 0.05 mg y 0.075 de, su eficacia disminuye progresivamente. 220015, consistente con análisis anteriores, no sólo exhibe excelentes propiedades de suspensión sino que también posee una gran superficie específica con numerosos sitios de unión. Esto permite una adsorción eficaz de la polimerasa Taq., inhibiendo así la amplificación. Cuando la concentración de las perlas magnéticas se redujo a 0.005 mg, la intensidad de la banda alcanzó solo la mitad que la del control.

Siguiendo la optimización fundamental en estas condiciones., nuestro 220013 El producto será seleccionado para la validación de eficacia.：

No.	1	2	3	4	5	6	7	8
MEGABYTE	220013(10 mg/ml)				220015(10 mg/ml)
Contenido	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg

Resultado como sigue：

Se puede observar que los resultados de desempeño de 220013 y 22015 son indistinguibles.

Las cuentas magnéticas antes mencionadas 160011, 160013, 220013, y 220015 Todos pueden lograr resultados óptimos en PCR a través de la optimización del sistema.. Son adecuados para su aplicación en pruebas rápidas POCT., detección de microorganismos patógenos, extracción automatizada, y escenarios similares.

Proveedor

Shanghai Lingjun Biotecnología Co., Limitado.se estableció en 2016 que es un fabricante profesional de materiales biomagnéticos y reactivos de extracción de ácidos nucleicos..

Tenemos una rica experiencia en extracción y purificación de ácidos nucleicos., purificación de proteínas, separación celular, quimioluminiscencia, y otros campos técnicos.

Nuestros productos son ampliamente utilizados en muchos campos., como pruebas médicas, pruebas genéticas, investigación universitaria, mejoramiento genético, etcétera. No solo proporcionamos productos sino que también podemos realizar OEM, ODM, y otras necesidades. Si tienes una necesidad relacionada, no dude en contactarnos .