Come si può mitigare l'effetto inibitorio delle sfere magnetiche sulla PCR?

Con l'avanzamento di

medicina di precisione e riduzione dei costi di sequenziamento NGS,L'estrazione dell'acido nucleico basata su perline magnetiche è diventata una pratica standard nei laboratori di diagnostica molecolare. Per ottenere tassi di recupero più elevati ed evitare errori causati da un'eluizione incompleta, un numero crescente di ricercatori sceglie di aggiungere sfere magnetiche che catturano gli acidi nucleici direttamente nel sistema PCR per l'amplificazione.

Tuttavia

Mentre questo “PCR con biglie magnetiche” approccio semplifica i flussi di lavoro, ha introdotto frustrazioni insidiose per molti professionisti: Fallimenti nell'amplificazione della PCR, valori Ct elevati, o addirittura assenti curve di amplificazione. Il colpevole di questi problemi sono spesso le stesse sfere magnetiche, che inibiscono il sistema PCR.

Molti intuitivamente presumono che le sfere magnetiche siano semplicemente portatori solidi inerti che non dovrebbero interferire con l'amplificazione. Tuttavia i dati sperimentali dimostrano costantemente una diffusa inibizione della PCR indotta dalle microsfere.

Esperimenti preliminari utilizzando i nostri prodotti con perle magnetiche 160011, 160013, E 220015 per la presenza di microsfere in PCR rivelate:

NO.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011（50 mg/ml）			160013（50 mg/ml）			220015（50 mg/ml）
Contenuto	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg

Risultato come segue：

Basato sui risultati dell'elettroforesi, efficienza di amplificazione ad una concentrazione di sfere magnetiche di 0.5 mg: 220015 < 160013 < 160011; Date le dimensioni note delle particelle di sfere magnetiche: 220015 < 160013 < 160011, e considerando le loro superfici specifiche: 160011 < 160013 < 220015, i siti di legame per perlina in condizioni identiche sono così: 160011＜160013＜220015; Ciò potrebbe spiegare perché l’inibizione della PCR diventa più pronunciata all’aumentare della concentrazione delle sfere magnetiche.

Di conseguenza

In questo sistema PCR è richiesto un componente speciale, un potenziatore. Gli stimolatori comuni includono la betaina, trealosio, DMSO (dimetilsolfossido), glicerolo, e BSA (albumina sierica bovina). Tra questi, La BSA funge da substrato sacrificale, legandosi preferenzialmente alle sfere magnetiche per proteggere la polimerasi dall'interferenza degli inibitori.

Quindi abbiamo cercato di determinare se ridurre la concentrazione di sfere magnetiche (0.025 mg–0,075 mg) integrato con 100 μg/ml di BSA come potenziatore della PCR produrrebbe risultati più favorevoli.

NO.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011（50 mg/ml）			160013（50 mg/ml）			220015（10 mg/ml）
Contenuto	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.005mg	0.01mg	0.015mg

Risultato come segue：

Si può osservare che a 0.025 mg, 160011 E 160013 non mostrano alcuna differenza rispetto al controllo, mentre a 0.05 mg e 0.075 Di, la loro efficacia diminuisce progressivamente. 220015, coerente con le analisi precedenti, non solo mostra eccellenti proprietà di sospensione ma possiede anche un'ampia superficie specifica con numerosi siti di legame. Ciò consente un efficace adsorbimento della Taq polimerasi, inibendo così l'amplificazione. Quando la concentrazione delle sfere magnetiche è stata ridotta a 0.005 mg, l'intensità della banda ha raggiunto solo la metà di quella del controllo.

Dopo l'ottimizzazione fondamentale in queste condizioni, Nostro 220013 il prodotto dovrà essere selezionato per la validazione dell'efficacia.：

NO.	1	2	3	4	5	6	7	8
MB	220013（10 mg/ml）				220015（10 mg/ml）
Contenuto	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg

Risultato come segue：

It can be observed that the performance outcomes of 220013 E 22015 are indistinguishable.

The aforementioned magnetic beads 160011, 160013, 220013, E 220015 can all achieve optimal results in PCR through system optimisation. They are suitable for application in POCT rapid testing, pathogenic microorganism detection, automated extraction, and similar scenarios.

Fornitore

Shanghai Lingjun Biotecnologia Co., Ltd.è stato fondato nel 2016 che è un produttore professionale di materiali biomagnetici e reagenti per l'estrazione degli acidi nucleici.

Abbiamo una ricca esperienza nell'estrazione e purificazione degli acidi nucleici, purificazione delle proteine, separazione cellulare, chemiluminescenza, e altri campi tecnici.

I nostri prodotti sono ampiamente utilizzati in molti campi, come i test medici, test genetici, ricerca universitaria, allevamento genetico, e così via. Non solo forniamo prodotti, ma possiamo anche intraprendere l'OEM, ODM, e altre esigenze. Se hai un'esigenza correlata, non esitate a contattarci .