Como pode o efeito inibitório das esferas magnéticas na PCR ser mitigado?

Com o avanço de

medicina de precisão e a redução nos custos de sequenciamento NGS,a extração de ácido nucleico baseada em esferas magnéticas tornou-se uma prática padrão em laboratórios de diagnóstico molecular. Para alcançar taxas de recuperação mais altas e evitar erros causados ​​por eluição incompleta, um número crescente de pesquisadores opta por adicionar esferas magnéticas que capturam ácidos nucleicos diretamente no sistema de PCR para amplificação.

No entanto

Enquanto isso “PCR com esferas magnéticas” abordagem agiliza fluxos de trabalho, introduziu frustrações insidiosas para muitos profissionais: Falhas na amplificação por PCR, valores elevados de Ct, ou mesmo curvas de amplificação ausentes. O culpado por trás desses problemas geralmente são as próprias esferas magnéticas, que inibem o sistema PCR.

Muitos assumem intuitivamente que as esferas magnéticas são meramente transportadores sólidos inertes que não devem interferir na amplificação.. No entanto, os dados experimentais demonstram consistentemente a inibição generalizada da PCR induzida por esferas.

Experimentos preliminares empregando nossos produtos de esferas magnéticas 160011, 160013, e 220015 para bead-in-PCR revelado:

Não.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011（50mg/ml）			160013（50mg/ml）			220015（50mg/ml）
Contente	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg	0.5mg	0.75mg	1mg

Resultado como segue：

Com base nos resultados da eletroforese, eficiência de amplificação em uma concentração de esfera magnética de 0.5 mg: 220015 < 160013 < 160011; Dados os tamanhos conhecidos de partículas de esferas magnéticas: 220015 < 160013 < 160011, e considerando suas áreas de superfície específicas: 160011 < 160013 < 220015, os locais de ligação por pérola sob condições idênticas são assim: 160011&lt;160013&lt;220015; Isto pode explicar porque a inibição da PCR se torna mais pronunciada à medida que a concentração de esferas magnéticas aumenta.

Consequentemente

Um componente especial – um intensificador – é necessário neste sistema de PCR. Potenciadores comuns incluem betaína, trealose, DMSO (dimetilsulfóxido), glicerol, e BSA (albumina sérica bovina). Entre estes, BSA atua como substrato sacrificial, ligando-se preferencialmente a esferas magnéticas para proteger a polimerase da interferência do inibidor.

Então, procuramos determinar se a redução da concentração de esferas magnéticas (0.025 mg–0,075 mg) complementado com 100 μg/ml de BSA como intensificador de PCR produziria resultados mais favoráveis.

Não.	1	2	3	4	5	6	7	8	9
MB	160011（50mg/ml）			160013（50mg/ml）			220015（10mg/ml）
Contente	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.025mg	0.05mg	0.075mg	0.005mg	0.01mg	0.015mg

Resultado como segue：

Pode-se observar que em 0.025 mg, 160011 e 160013 não apresentam diferença em relação ao controle, enquanto em 0.05 mg e 0.075 de, sua eficácia diminui progressivamente. 220015, consistente com análises anteriores, não só exibe excelentes propriedades de suspensão, mas também possui uma grande área superficial específica com numerosos locais de ligação. Isto permite a adsorção eficaz da polimerase Taq, inibindo assim a amplificação. Quando a concentração do grânulo magnético foi reduzida para 0.005 mg, a intensidade da banda atingiu apenas metade da do controle.

Seguindo a otimização fundamental sob estas condições, nosso 220013 o produto deve ser selecionado para validação de eficácia.：

Não.	1	2	3	4	5	6	7	8
MB	220013（10mg/ml）				220015（10mg/ml）
Contente	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg	0.003mg	0.005mg	0.007mg	0.01mg

Resultado como segue：

Pode-se observar que os resultados de desempenho de 220013 e 22015 são indistinguíveis.

As esferas magnéticas acima mencionadas 160011, 160013, 220013, e 220015 todos podem alcançar resultados ideais em PCR através da otimização do sistema. Eles são adequados para aplicação em testes rápidos POCT, detecção de microrganismos patogênicos, extração automatizada, e cenários semelhantes.

Fornecedor

Xangai Lingjun Biotecnologia Co., Ltda.foi estabelecido em 2016 que é um fabricante profissional de materiais biomagnéticos e reagentes de extração de ácido nucleico.

Temos vasta experiência em extração e purificação de ácidos nucleicos, purificação de proteínas, separação celular, quimioluminescência, e outras áreas técnicas.

Nossos produtos são amplamente utilizados em muitos campos, como exames médicos, testes genéticos, pesquisa universitária, melhoramento genético, e assim por diante. Nós não apenas fornecemos produtos, mas também podemos realizar OEM, ODM, e outras necessidades. Se você tiver uma necessidade relacionada, não hesite em contactar-nos .