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PCR に対する磁気ビーズの阻害効果はどのように軽減できるか?

の進歩に伴い、

精密医療とNGSシーケンスコストの削減,磁気ビーズベースの核酸抽出は、分子診断研究室における標準的な手法となっています。. より高い回収率を達成し、不完全な溶出によるエラーを回避するため, 核酸を捕捉する磁気ビーズを増幅のために PCR システムに直接追加することを選択する研究者が増えています。.

しかし

この間 “磁気ビーズを用いたPCR” ワークフローを合理化するアプローチ, それは多くの実践者に潜在的なフラストレーションをもたらしました: PCR増幅の失敗, Ct値の上昇, あるいは増幅曲線が存在しない場合もある. これらの問題の背後にある犯人は、多くの場合、磁気ビーズ自体です。, PCRシステムを阻害するもの.

多くの人は磁気ビーズが単なる不活性な固体担体であり、増幅を妨げるべきではないと直感的に考えています。. しかし、実験データは、広範囲にわたるビーズ誘発性 PCR 阻害を一貫して示しています。.

当社磁性ビーズ製品を用いた予備実験 160011, 160013, そして 220015 ビーズインPCR用が明らかに:

いいえ.123456789
MB160011(50mg/ml)160013(50mg/ml)220015(50mg/ml)
コンテンツ0.5mg0.75mg1mg0.5mg0.75mg1mg0.5mg0.75mg1mg

結果は以下の通り:

電気泳動結果に基づく, 磁性ビーズ濃度での増幅効率 0.5 mg: 220015 < 160013 < 160011; 既知の磁気ビーズの粒子サイズを考慮すると、: 220015 < 160013 < 160011, 比表面積を考慮して: 160011 < 160013 < 220015, したがって、同一条件下でのビーズあたりの結合部位は次のようになります。: 160011<160013<220015; これは、磁性ビーズ濃度が増加すると PCR 阻害がより顕著になる理由を説明する可能性があります。.

その結果

この PCR システムには特別なコンポーネントであるエンハンサーが必要です. 一般的な強化剤にはベタインが含まれます, トレハロース, DMSO (ジメチルスルホキシド), グリセロール, およびBSA (ウシ血清アルブミン). このうち, BSAは犠牲基板として機能します, 磁性ビーズに優先的に結合して、ポリメラーゼを阻害剤の干渉から保護します。.

そこで、磁性ビーズの濃度を下げるかどうかを判断しようとしました。 (0.025 mg – 0.075 mg) で補足された 100 PCR エンハンサーとして μg/ml BSA を使用すると、より好ましい結果が得られます。.

いいえ.123456789
MB160011(50mg/ml)160013(50mg/ml)220015(10mg/ml)
コンテンツ0.025mg0.05mg0.075mg0.025mg0.05mg0.075mg0.005mg0.01mg0.015mg

結果は以下の通り:

で観察できます 0.025 mg, 160011 そして 160013 対照との違いを示さない, 一方、 0.05 mgと 0.075 の, それらの有効性は徐々に低下します. 220015, 以前の分析と一致する, 優れた懸濁特性を示すだけでなく、多数の結合部位を備えた大きな比表面積を備えています。. これにより、Taq ポリメラーゼの効率的な吸着が可能になります。, それにより増幅を阻害する. 磁性ビーズの濃度が低下したとき 0.005 mg, バンド強度は対照の半分にしか達しなかった.

これらの条件下で基本的な最適化を行うと、, 私たちの 220013 製品は有効性検証のために選択されるものとします。:

いいえ.12345678
MB220013(10mg/ml)220015(10mg/ml)
コンテンツ0.003mg0.005mg0.007mg0.01mg0.003mg0.005mg0.007mg0.01mg

結果は以下の通り:

のパフォーマンス結果が観察されます。 220013 そして 22015 区別がつかない.

前述の磁気ビーズ 160011, 160013, 220013, そして 220015 システムの最適化により、PCR で最適な結果を達成できる. POCT迅速検査への応用に適しています。, 病原微生物の検出, 自動抽出, および同様のシナリオ.

サプライヤー

上海霊軍生物技術有限公司, 株式会社に設立されました 2016 生体磁性材料と核酸抽出試薬の専門メーカーです.

核酸抽出・精製の経験が豊富です。, タンパク質の精製, 細胞分離, 化学発光, その他の技術分野.

当社の製品はさまざまな分野で広く使用されています, 医療検査など, 遺伝子検査, 大学の研究, 遺伝子育種, 等々. 製品のご提供だけでなくOEMも承ります, ODM, その他のニーズ. 関連するニーズがある場合, お気軽にお問い合わせください .

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